2014 Fiscal Year Research-status Report
新規な長鎖逆方向反復配列の役割と分子機構に対するゲノムワイド解析
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26650127
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
片山 勉 九州大学, 薬学研究科(研究院), 教授 (70264059)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 遺伝学 / 遺伝子 / ゲノム / 細菌 / 生体生命情報学 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究の準備段階において、大腸菌と出芽酵母のゲノムデータベースを利用して独自のプログラムにより多数の長鎖逆方向反復配列を見出していた。また大腸菌の１つの長鎖逆方向反復配列については遺伝子間領域（非コードDNA領域）にあり、欠失変異の解析から、この遺伝子間領域は30℃での細胞増殖に必要となることを見出していた。
研究計画に従って、本年度はまず、個々の長鎖逆方向反復配列について、それらの周辺遺伝子や周辺配列の特徴をゲノムデータベースおよび論文資料によって詳しく調べた。その結果を考察して、酵母ゲノムの６箇所の長鎖逆方向反復配列を優先して解析することとし、これらをlir-1～6と命名した。そこで１倍体酵母への相同組換えを利用して、lir-1～6を個々に欠失した変異株の作成を試みた。その結果、５箇所については高効率で欠失変異体が構築できた一方で、lir-4と命名した１箇所については欠失することができなかった。lir-4を除く欠失変異株については表現型の解析を進めた。温度感受性、UV感受性、DNA複製阻害剤等の薬剤感受性、アルコール感受性等についてコロニー形成能で検討した。また、増殖速度と細胞形態を調べた。その結果、欠失変異株と野生型株との間で顕著な差異は見出されなかった。一方、lir-4については、２倍体酵母を用いて欠失変異体を構築することができた。これらに加えて、大腸菌で長鎖逆方向反復配列を含む遺伝子間領域の解析も進めた。その結果、この領域からRNAが発現していることを確認した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
計画では、本年度の内容は、多数の候補部位のなかから重要と思われる長鎖逆方向反復配列を選定し、変異体の作成と表現型を解析することであった。実際は、データ解析から最優先と考察した全ての部位で変異体を作成し、その表現型を解析した。さらに、大腸菌の長鎖逆方向反復配列を含む遺伝子間領域については、次年度に予定していたRNA産物の同定まで進んだため。
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| Strategy for Future Research Activity |
出芽酵母で見出した長鎖逆方向反復配列を含み細胞増殖に必須となるlir-4領域は、遺伝子間領域（非コードDNA領域）に位置するため、機能領域の特定等、当初の計画に従って研究を進める。現在、lir-4周辺部位の欠失株を作成している。この結果を考察し、さらに別の部位の長鎖逆方向反復配列の解析をすべきか検討する。また大腸菌で見出した長鎖逆方向反復配列を含み30℃での増殖に必須となる遺伝子間領域（非コードDNA領域）については、引き続き機能領域の特定を進める。
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| Causes of Carryover |
計画にしたがって遂行し、若干の端数が生じたためである。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
上記の理由であるため、当初の計画にしたがって遂行してゆく。
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