2014 Fiscal Year Research-status Report
ゲノムワイド解析で解き明かす浅海性魚類の系統地理仮説―大東諸島回廊仮説の検証
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26650149
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| Research Institution | National Museum of Nature and Science, Tokyo |
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Principal Investigator |
千葉 悟 独立行政法人国立科学博物館, 分子生物多様性研究資料センター, 特定非常勤研究員 (80599431)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
栗岩 薫 琉球大学, 理学部, 研究員 (50470026)
谷藤 吾朗 筑波大学, 生命環境科学研究科(系), 特任助教 (70438480)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 生物多様性 / 集団構造 / 大東諸島 / 南大東島 / ddRAD-seq / SNP |
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| Outline of Annual Research Achievements |
沖縄県南大東島沿岸において７月２日から７月１０日までの９日間にわたり，浅海性魚類の採集調査をおこなった．その結果，本研究課題のメインターゲットであるユウゼン，コガネヤッコ，トンプソンチョウチョウウオ，アカツキハギを含む180種以上の浅海性魚類の採集に成功した．
このうちユウゼンについて南大東島で採集した標本と，これまでの調査で採集した伊豆・小笠原諸島の標本と合わせてミトコンドリアDNAのサイトクロームb遺伝子領域の塩基配列およびマイクロサテライト11遺伝子座の遺伝子型を決定した．また，ゲノムの広範囲に分布する一塩基多型（SNPs）を検出するためDouble-digest Restriction-Site Associated DNA sequencing(ddRAD-seq)を実施した．その結果，ゲノムの広範囲から約3000座位のSNPsを単離し，各個体の遺伝子型を決定した．現在はこれらのデータに基づいて，個体群の起源と固有化や移住率などの集団遺伝学的パラメーターの推定や個体群に働いた選択圧の検出などを進めている．
また，南大東島で採集した標本のうちハゼ科の１種とハタ科の１種が，これまで国内からの報告がない種であることが判明したので，それぞれ標本に基づき日本初記録として報告した．
本研究では非モデル生物を対象として，費用対効果の高いゲノムワイド解析によって詳細に集団構造を推定するものである．この方法が広く普及することによって，生物相の形成史などといった生物多様性の謎を解き明かす研究の加速が期待される．
本年度に得られた研究成果の一部を，11月29日高知大学において「公開シンポジウム：黒潮と南日本の魚たち-黒潮はベルトコンベヤーか障壁か？」を開催・講演し，他の講演者や一般の参加者と意見交換をおこなった．
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
概ね当初の計画通り進んでいるが，南大東島での採集期間中に台風が接近したことによる影響で採集ができる日数が減り，採集を予定していた魚種のうち数種が採集できなかった．しかし，採集に成功した魚種をより詳細に解析することで，本研究の目的は概ね達成出来る見込みである．
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| Strategy for Future Research Activity |
当初の計画通り，平成27年度は小笠原諸島で採集調査をおこなう．南大東島で採集した標本と合わせて，ゲノムの広範囲からSNPsの検出と遺伝子型の同定をおこない，各種の集団遺伝学的パラメーターを推定し，大東諸島回廊仮説の検証をおこなう．
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| Causes of Carryover |
台風の影響によって当該年度に実施した南大東島での調査におけるダイビングボートの傭船の日数が予定していたよりも少なかったこと，当該年度は次世代シーケンサーを所有する研究者による研究協力が得られたことで次世代シーケンサーの利用にかかる費用が大幅に抑えられたことによる．
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
繰り越した助成金は，平成27年度に実施する小笠原諸島での採集調査の傭船回数の追加と，次世代シーケンサーの使用回数を増やしddRAD-seqによるゲノムカバレッジの拡充をはかる．
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