2015 Fiscal Year Research-status Report
薬剤抵抗性原因遺伝子を簡便に推定する連鎖・連関ゲノムマッピング法の確立
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26660042
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
刑部 正博 京都大学, (連合)農学研究科(研究院), 准教授 (50346037)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | ゲノム構造 / QTL / 薬剤抵抗性 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
1. ハダニ染色体構造の解明
ナミハダニの異なる系統を交配し、multiplexを用いたフラグメント解析による親世代とF2雄におけるSSR遺伝子型の比較から、SSRの連鎖地図を作製し、Scaffoldのゲノム上の位置を解析した。昨年度、大きい方から20番目までのscaffoldについて、SSRのプライマーを設計したが、解析の結果、本年度はこれらの内、13のscaffoldについてゲノム上の位置を推定できた。現在、さらに40番目まで（これによりナミハダニゲノムの大半がカバーされる）のプライマーを設計して、染色体構造の解析を準備している。
2. ハダニ卵の抵抗性発現メカニズムの解明
昨年度、抵抗性遺伝子をマッピングするためのQTL解析の方法が解決できていなかったが、B1雌の遺伝子型とB2雄の死亡率データから、薬剤抵抗性遺伝子をマッピングする方法を確立し、ピリダベン抵抗性遺伝子について、存在が予測されていたscaffold 7内でのQTL解析を行った。その結果、変異が見つかった作用点の遺伝子とRNA-seqにより発現が高まっていたCYP遺伝子などの位置と一致した。このため、さらにqPCRやSNP頻度と抵抗性レベル等について調査を進める予定であり、scaffold 7以外も含めたCYP遺伝子の発現解析qPCR用プライマーの設計を終えたところである。これらを精査し、卵に限定的な母性効果の発現機構を明らかにする予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
一部課題の順番の変更はあるものの、基本的な技術がほぼ確立されつつある。さらに、シエノピラフェンにおいて、卵でも高度な抵抗性を示す系統が見つかるなど、研究材料もそろっている。
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| Strategy for Future Research Activity |
残り一年であることから、40番目までのscaffoldの連鎖地図へのマッピングによるゲノム構造の解明を最優先する予定である。さらに、ピリダベン抵抗性の原因遺伝子の解明を急ぎ、ゲノム全体を対象としたQTL解析の基盤技術を完成したい。
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