2016 Fiscal Year Annual Research Report
Development of an acaricide resistance gene linkage mapping method
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26660042
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
刑部 正博 京都大学, 農学研究科, 准教授 (50346037)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | ゲノム構造 / ハダニ / 連鎖地図 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ナミハダニゲノムにおけるscaffoldについて、大きい方から1～40番目まで（これによりナミハダニゲノムの大半がカバーされる）のscaffold上にあるマイクロサテライト（SSR）を探索し、それぞれのscaffold上のSSR特異的なPCR用プライマーを作成した。これらのプライマーの変異を8つの飼育系統で調査し、変異が多い（解析可能な遺伝子座数が多い）交配組み合わせを4組選んで正逆交配を行い親世代とF2世代の雄（半数体）をサンプリングして、個体ごとにDNAを粗抽出し、PCR用のテンプレートを作成した（抽出個体数は親世代の雌と雄でそれぞれ128および31個体、F2世代の雄で650個体である）。時間的制約から、本年度はこれらの内、1組の正逆交配（親世代の雌と雄でそれぞれ22および8個体、F2世代の雄172個体）について、multiplexを用いたフラグメント解析によりSSR遺伝子型を調べた。これらのデータを昨年度までのデータと合わせて連鎖解析した結果、3つの連鎖群が推定された（L1: scaffold 1, 19, 2, 5; L2: 9, 14, 32, 4, 11; L3: 7, 35, 12,13, 8, 21, 26, 36）。さらに、scaffold 16と30、22と29もそれぞれ連鎖していることが示された。したがって、今後さらにサンプルの解析を進めることにより、ゲノム構造が明らかになると考えられる。
また、エトキサゾール抵抗性に関連するキチン合成酵素CHS1上のDNA置換（SNP）の集団中の頻度を制限酵素とリアルタイムPCRによるΔΔCt法を組み合わせて高精度に推定する方法を開発した。なお、SNP頻度推定値が卵（雄）の死亡率とほぼ一致したことから、このSNPがエトキサゾール抵抗性の主要因であることを確認した。
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