2014 Fiscal Year Research-status Report
高深度プロテオミクスによるヒトプロテオーム完全解析
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26670015
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
石濱 泰 京都大学, 薬学研究科(研究院), 教授 (30439244)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | プロテオーム / 質量分析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、(i) 高分離能直交間引き法の確立、(ii) メートル長C18逆相シリカモノリスカラムを用いたLC-MSシステムの高性能化、(iii) ヒト培養細胞試料への適用 を行い、ヒトプロテオーム完全解析のためのシステムを確立することを目標としている。本年度は、(i) 高分離能直交間引き法の確立、(ii) メートル長C18逆相モノリスカラムを用いたLC-MSシステムの高性能化、を行った。
(i) についてはHILICシリカモノリスカラムについて、最適なLC条件を検討した。LC(HILIC)－MSで直接測定することにより、間引き法に最適な画分や間引き数について検証した。(ii)については、最初にメートル長C18逆相シリカモノリスカラムのカラム長、グラジエント勾配、流速、カラム径等を最適化した。また、LC(HILIC)とLC(C18)のオンラインおよびオフライン接続システムについても検討を行った。(iii)のヒト試料については、遺伝子解析結果が入手可能で、プロテオミクス分野での標準試料の一つでもあるHeLa細胞をモデルとして用い、検討を行ったところ、8000－9000タンパク質の同定システムを確立することに成功した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
直交間引き法において、当初計画していたHILIC法に加え、新たに金属キレートを利用した含Hisペプチドの間引き法の確立を行ったため、ヒト培養細胞試料への適用が少し遅れている。
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| Strategy for Future Research Activity |
間引き法のバリエーションが広がったので、H27年度は前年度に確立した手法に基づき、LC-MS測定をより幅広く展開する予定であり、目標の達成には問題ないと考えている。
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| Causes of Carryover |
間引き法の検討を当初計画よりも幅広く行ったため、当初予定したよりもLC-MSを用いた測定数が減少し、既設のPCおよび保存ディスクで間にあってしまい、計画していた解析PCおよびデータ保存用ディスクの購入を見送ったため。またLCMS関連試薬についても購入量が計画よりも少なくなったため。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
H27年度は、H26年度に積み残したLCMS測定を行う計画であり、それに伴い、H26に計画していたPCおよび保存ディスクを購入予定である。
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[Presentation] High Resolution HILIC for Proteomic LC-MS2014
Author(s)
Kanta Horie, Takeo Kamakura, Suguru Ichihara, Masaki Wakabayashi, Nobuo Tanaka, Yasushi Ishihama
Organizer
62nd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics
Place of Presentation
Baltimore Convention Center(Baltimore, MD, USA)
Year and Date
2014-06-15 – 2014-06-19
