2015 Fiscal Year Research-status Report
前房水短鎖RNAの網羅的解析による新規緑内障マーカー探索と機能評価
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26670263
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| Research Institution | Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
田中 佑治 国立研究開発法人理化学研究所, 情報基盤センター, センター研究員 (40625513)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
河合 純 国立研究開発法人理化学研究所, 予防医療・診断技術開発プログラム, 副プログラムディレクター (30391923)
國方 彦志 東北大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (40361092)
藤田 幸輔 東北大学, 医学(系)研究科(研究院), 助手 (80708115) [Withdrawn]
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 短鎖RNA-Seq / 前房水 / circulating RNA |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は、前年度までに採取した前房水から抽出したsmall RNAのシーケンシングと、 新しい微量small RNA ライブラリ作製方法の可能性について検討した。
前年度までに抽出したRNAをバイオアナライザで評価したところ想定していたよりも採取量が下回った。十分なRNA量が確保できたサンプルを優先して解析サンプルを選定し、既存のsmall RNA ライブラリ作製キットを用いてシーケンシング用のライブラリを作製した。作製の際にサンプル量が所定の下限値を下回っていたため、PCRのサイクル数を最大限増やし、本研究で標的としたmiRNA分画を切り出してシーケンシングを行った。百万リード以上アセンブルできたサンプルが14にのぼった。良好なサンプルは白内障中心であり、当初目標としていた緑内障群患者由来のシーケンスデータを十分に得ることができなかった。
一方で、今回サンプル採取量が既存のキットの下限値を下回るケースが散見されたことに対応するため、より低濃度のsmall RNAの解析を実現することを目標とした新たなSmall RNA ライブラリプレパレーション用プロトコル開発の可能性についても検証することとした。同一チューブ内で反応を終了可能なプロトコルのデザインを目指すなどの工夫を施したプロトコルやプライマーデザインを行った。人工核酸に対するフィージビリティースタディーに着手し、非特異的な核酸増幅などを抑制するためのプロトコルの改良などを行っている。
なお当初計画していた動物モデルでの検証に関しては、代表者の異動のため計画を途中で中止した。準備実験に関するデータの位置部を論文にまとめた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
研究代表者の異動や震災対応による耐震整備のために、計画の一部が変更され、また採取したサンプルにも悪影響があったため。
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| Strategy for Future Research Activity |
本年度得られたシーケンスデータを解析し、新規ライブラリ作製プロトコルについても可能性実証のために実験を重ねてゆく。
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| Causes of Carryover |
計画変更して開始した研究項目に若干の遅れが生じており、研究計画を延長したため。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
small RNAライブラリ調整キットの開発にかかる消耗品と検証のシーケンシング費用に使用する。
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