卓上型次世代シーケンサーを用いた AMLの迅速かつ安価な予後予測システムの開発

2014 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 26670277
• Research Institution: Kyoto University
• Principal Investigator: 足立 壯一 京都大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (10273450)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 嶋田 明 岡山大学, 大学病院, 講師 (70391836)
• Project Period (FY): 2014-04-01 – 2015-03-31
• Keywords: 遺伝子検査学 / 次世代シークエンサー / 予後因子 / AML

Outline of Annual Research Achievements

卓上型次世代シーケンサー（MiSeq, Ilumina）を用いて迅速かつ安価な予後予測システムの開発をめざし、白血病パネルの確立を試みた。
方法：急性骨髄性白血病（AML）の初発、寛解、再発検体よりDNAを常法通り抽出し、以後の検討に用いた。白血病パネルはAgilent社のHaloplex カスタマイズドパネルを用い、約150遺伝子を選定した。実際の解析は、卓上型次世代シーケンサー（MiSeq, Ilumina）を用い、現在8例のAML検体で検討が終了した。
症例１）非Down症のFAB-M7の初診時2歳の女児、OTT-MALやNUP98-NSD1, CBFA2T3-GLISなどのキメラ遺伝子は陰性だった。本解析で初発時と再発時検体からIKZF1 p.F154Y、KRAS p.G12A、GATA1 p.R270Wが検出された。症例２）初診時7歳男児、本例からはKRAS p.G12DがAllele frequency (AF) 0.46、p.G12AがAF 0.053みつかった。症例３）15歳男児　FAB-M2, 初診時、染色体異常inv(16)(p13.1q22)とFLT3-ITDを低率(AF 0.035)に認めた。本方法で、KIT p.D816Vが初診時検体で検出された。症例４）非Down症のFAB-M7の寛解導入不能な1歳女児例、OTT-MAL, NUP98-NSD1, CBFA2T3-GLISなどのキメラ遺伝子は陰性、本方法で転写因子のPU.1 p.G156Rが検出された。
残りの4例では初発と寛解期の検討で、point mutationは見つからなかったが、SH2B3とSMARCB2にlarge deletionがみつかり、現在解析中である。
考案：このパネルの利点はわずか225ngのDNAから解析可能、実際の解析は1-1.5日で終了、専用解析ソフトを用いるため、bioinfomaticsに詳しくない研究者でもデータ解析可能な点にある。1検体の解析費用は3万円程度と安く抑えられる点は有益であった。今後、AML診断後早期に、予後予測を可能とし、実臨床への応用も可能ではないかと考えられた。

Research Products

• [Journal Article] Adverse Prognostic Impact of KIT Mutations in Childhood CBF-AML: the Results of the Japanese Pediatric Leukemia/Lymphoma Study Group AML-05 Trial. (2015)
  • Author(s): Tokumasu M, Murata C, Shimada A, Ohki K, Hayashi Y, Saito AM, Fujimoto J, Horibe K, Nagao M, Itoh H, Kamikubo Y, Nakayama H, Kinoshita A, Tomizawa D, Taga1 T, Tawa A, Tanaka S, Heike T,and Adachi S
  • Journal Title: Leukemia Volume: 未定 Pages: 未定
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] High expression of EVI1 and MEL1 is a compelling poor prognostic marker of pediatric AML (2015)
  • Author(s): Jo A, Mitani S, Shiba N, Hayashi Y, Hara Y, Takahashi H, Tsukimoto I, Tawa A, Horibe K, Tomizawa D, Taga T, Adachi S, Yoshida T, and Ichikawa H.
  • Journal Title: Ｌｅｕｋｅｍｉａ Volume: 未定 Pages: 未定
  • DOI: 10.1038/leu.2015.5.
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] EVI1 overexpression is a poor prognostic factor in pediatric patients with MLL-AF9 rearranged acute myeloid leukemia. (2014)
  • Author(s): Matsuo H, Kajihara M, Tomizawa D, Watanabe T, Moriya Saito A, Fujimoto J, Horibe K, Kodama K, Tokumasu M, Itoh H, Nakayama H, Kinoshita A, Taga T, Tawa A, Taki T, Shiba N, Ohki K, Hayashi Y, Yamashita Y, Shimada A, Tanaka S, and Adachi S.
  • Journal Title: Haematologica Volume: 99 Pages: e225-e227
  • DOI: 10.3324/haematol.2014.107128.
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Outcome of children with relapsed acute myeloid leukemia following initial therapy under the AML99 protocol. (2014)
  • Author(s): Nakayama H, Tabuchi K, Tawa A, Tsukimoto I, Tsuchida M, Morimoto A, Yabe H, Horibe K, Hanada R, Imaizumi M, Hayashi Y, Hamamoto K, Kobayashi R, Kudo K, Shimada A, Miyamura T, Moritake H, Tomizawa D, Taga T, Adachi S.
  • Journal Title: Int J Hematol Volume: 100 Pages: 171-179
  • DOI: 10.1007/s12185-014-1616-9.
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Prognostic implications of CEBPA mutations in pediatric acute myeloid leukemia: A report from the Japanese Pediatric Leukemia/Lymphoma Study Group. (2014)
  • Author(s): Matsuo H, Kajihara M, Tomizawa D, Watanabe T, Moriya-Saito A, Fujimoto J, Horibe K, Kodama K, Tokumasu M, Itoh H, Nakayama N, Kinoshita A, Taga T, Tawa A, Taki T and Adachi S.
  • Journal Title: Blood Cancer J Volume: 4 Pages: e226
  • DOI: 10.1038/bcj.2014.47.
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Presentation] Poor prognosis associated with FAB subtypes M4 and M5 in Japanese pediatric acute myeloid leukemia patients with FLT3-ITD. (2014)
  • Author(s): Hara Y, Shiba N, Ohki K, Park M-J, Shimada A, Tomizawa D, Saito AM, Fujimoto J, Taki T, Kinoshita A, Taga T, Arakawa H, Tawa A, Horibe K, Adachi S, Hayashi Y.
  • Organizer: 56th Annual Meeting of the American Society of Hematology
  • Place of Presentation: San Francisco
  • Year and Date: 2014-12-06 – 2014-12-09
• [Presentation] Clinical features of patients with ASXL1 and ASXL2 mutations in pediatric acute myeloid leukemia. (2014)
  • Author(s): Yamato G, Shiba N, Yoshida K, Ohki K, Park M-J, Hara Y, Tomizawa D, Sotomatsu M, Taga T, Adachi S, Tawa A, Horibe K, Arakawa H, Ogawa S, Hayashi Y.
  • Organizer: 56th Annual Meeting of the American Society of Hematology
  • Place of Presentation: San Francisco
  • Year and Date: 2014-12-06 – 2014-12-09
• [Presentation] Pediatric acute megakaryoblastic leukemia without Down syndrome: a retrospective study by the International Berlin-Frankfurt-Munster Study Group (I-BFMSG). (2014)
  • Author(s): Inaba H, Zhou Y, Abla O, Adachi S, Auvrignon A, Beverloo HB, de Bont E, Chang T-T, Creutzig U, Dastugue N, Dworzak M, Elitzur S, Fynn A, Forestier E, Hasle H, Liang D-C, Lee V, Locatelli F, Masetti R, De Moerloose B, Reinhardt D, Rodriguez L, Shen S, Taga T, Tomizawa D, Yeoh AEJ, Zimmermann M, Raimondi SC.
  • Organizer: 56th Annual Meeting of the American Society of Hematology
  • Place of Presentation: San Francisco
  • Year and Date: 2014-12-06 – 2014-12-09
• [Presentation] Pediatric AML with FLT3-ITD/WT, NUP98-NSD1, NPM1, and WT1 mutations affected the clinical outcome. (2014)
  • Author(s): Shimada A, Yamashita Y, Tomizawa D, Shiba N, Tawa A, Watanabe T, Yokozawa T, Kudo K, Taga T, Iwamoto S, Terui K, Moritake H, Kinoshita A, Takahashi H, Nakayama H, Koh K, Goto H, Kosaka Y, Saito AM, Fujimoto J, Horibe K, Hara Y, Oki K, Hayashi Y, Adachi S.
  • Organizer: 第76回日本血液学会総会
  • Place of Presentation: 大阪
  • Year and Date: 2014-10-31 – 2014-11-02
• [Presentation] The prognostic impact of high EVI1-related genes expression in pediatric acute myeloid leukemia. (2014)
  • Author(s): Shiba N, Hara Y, Ohki K, Yamato G, Park M-J, Kobayashi T, Ichikawa H, Tomizawa D, Taki T, Shimada A, Sotomatsu M, Arakawa H, Horibe K, Adachi S, Tawa A, Hayashi Y.
  • Organizer: 第76回日本血液学会総会
  • Place of Presentation: 大阪
  • Year and Date: 2014-10-31 – 2014-11-02