HPV組込とエピゲノムの次世代統合解析による食道癌の超早期診断・治療・予防一体化

2015 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 26670389
• Research Institution: St. Marianna University School of Medicine
• Principal Investigator: 山本 博幸 聖マリアンナ医科大学, 医学部, 准教授 (40332910)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 渡邊 嘉行 聖マリアンナ医科大学, 医学部, 講師 (90329243) ; 伊東 文生 聖マリアンナ医科大学, 医学部, 教授 (90223180)
• Project Period (FY): 2014-04-01 – 2017-03-31
• Keywords: HPV / 食道癌 / ゲノム / エピゲノム / オミクス解析

Outline of Annual Research Achievements

食道癌は現在も減少しておらずその発生機序の解明は重要な課題である。ヒトパピローマウイルス（human papilloma virus: HPV）の役割を明らかにすることを目的として研究を行った。
抗HPV（16/18-E6等）抗体を用いた免疫染色、HPV（16/18）DNAプローブ等を用いたISH、リアルタイムPCR（HPV-16、18、58それぞれのE2およびE6/7）により基礎データを得た。
次世代シークエンサーによるHPV DNA全組み込み解析法の確立において、多数のprimersを設計し遺伝子増幅を試みたが、増幅不良などによりprimersの再設計・再増幅等が必要となり確立には至らなかった。
一方、HPV関連食道癌の遺伝子異常の次世代統合オミクス解析を継続した。遺伝子変異解析として、MassARRAYシステムやIon PGMシークエンサーを用いて多サンプルの多領域を同時にスクリーニングし得た。DNAメチル化解析として、MCA microarray等による網羅的解析とともに、重要な遺伝子に関しては、bisulfite-pyrosequence解析を行い、メチル化を検証できた。エピゲノム異常の解析として、高速次世代シーケンサーを用いたMCAシークエンス解析を行った。マイクロRNA異常の解析として、microarrayを用いた網羅的な解析を行い、重要なマイクロRNA発現変化に関して、TaqMan qPCRで検証することができた。

Current Status of Research Progress

4: Progress in research has been delayed.

Reason

次世代シークエンサーによるHPV DNA全組み込み解析法の確立において、研究遂行に想定以上に時間を要し、年度内に全組み込みおよびメチル化解析法の確立を達成できなかった。
一方、HPV関連食道癌の遺伝子異常の次世代統合オミクス解析では、それぞれのオミクス解析において網羅的解析および個々のPCR解析は順調に進展した。しかしながら、前述の理由のため、オミクス解析の結果とHPV DNA全組み込みおよびメチル化との関連を解析することはできなかった。

Strategy for Future Research Activity

延長が認められた28年度においては、次世代シークエンサーによるHPV DNA全組み込みおよびメチル化解析法の確立を目指し、研究を推し進めていく。
また、HPV関連食道癌の遺伝子異常の次世代統合オミクス解析をさらに進め、前記の研究項目との連携を強化し、研究全体の遂行、目標の達成に邁進する。

Causes of Carryover

27年度は、26年度に購入した試薬消耗品を使用して研究を行い、HPV関連食道癌の遺伝子異常の次世代統合オミクス解析研究は順調に進展した。
一方、次世代シークエンサーによるHPV DNA全組み込み解析法の確立には至らず、メチル化解析等に進めなかったため、28年度使用額が生じた。

Expenditure Plan for Carryover Budget

28年度は、研究項目が多岐にわたるため、主として試薬消耗品購入に使用する。