Integrated analysis of HPV integration and epigenome for early diagnosis, treatment and prevention of esophageal cancer

2016 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 26670389
• Research Institution: St. Marianna University School of Medicine
• Principal Investigator: 山本 博幸 聖マリアンナ医科大学, 医学部, 准教授 (40332910)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 渡邊 嘉行 聖マリアンナ医科大学, 医学部, 講師 (90329243) ; 伊東 文生 聖マリアンナ医科大学, 医学部, 教授 (90223180)
• Project Period (FY): 2014-04-01 – 2017-03-31
• Keywords: HPV / 食道癌 / ゲノム / エピゲノム / オミクス解析

Outline of Annual Research Achievements

食道癌は現在も減少しておらずその発生機序の解明は重要な課題である。ヒトパピローマウイルス（human papilloma virus: HPV）の役割を明らかにすることを目的として研究を行った。
抗HPV（16/18-E6等）抗体を用いた免疫染色、HPV（16/18）DNAプローブ等を用いたISH、リアルタイムPCR（HPV-16、18、58それぞれのE2およびE6/7）により、系統的にデータを得た。
次世代シークエンサーによるHPV DNA全組み込み解析法において、多数のprimersを設計し遺伝子増幅を試み、HPV16に関して精度の高い解析法を確立した。
一方、HPV関連食道癌の遺伝子異常の次世代統合オミクス解析を継続した。遺伝子変異解析として、MassARRAYシステムやIon PGMシークエンサーを用いて多サンプルの多領域を同時にスクリーニングし得た。DNAメチル化解析として、MCA microarray等による網羅的解析とともに、重要な遺伝子に関しては、bisulfite-pyrosequence解析を行い、メチル化を検証できた。エピゲノム異常の解析として、高速次世代シーケンサーを用いたMCAシークエンス解析を行った。マイクロRNA異常の解析として、microarrayを用いた網羅的な解析を行い、重要なマイクロRNA発現変化に関して、TaqMan qPCRで検証することができた。
さらにHPV16組み込みと、HPV関連食道癌の遺伝子異常の関連を明らかにすることができた。