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2015 Fiscal Year Annual Research Report

in vivo RNA Imaging Toward Mapping the Dynamics of Gene Expression in the Plastic Brain

Research Project

Project/Area Number 26702038
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

王 丹  京都大学, 物質-細胞統合システム拠点, 助教 (50615482)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2017-03-31
KeywordsRNA methylation / in vivo / real-time / spatiotemporal / mechanism
Outline of Annual Research Achievements

転写制御は、シナプス活動と長期記憶を結び付ける重要な機構である。しかし、ゲノムの発現情報がどのようなダイナミクスで、外部からの刺激に柔軟に応答して学習・記憶を介する神経回路に可塑性をもたらすかについて、その作動機序は未だに解明されていない。本研究では、「in vivo RNAイメージング」の基盤技術を開発し、学習過程でおきる脳内RNAの時空間動態をリアルタイムで定量的・動的に計測することによって、学習とゲノム発現の関連性を明らかにし、長期記憶や脳の可塑性における分子作動機構を解明することを目的としている。2015年度までは、研究者らは生体に害のない点灯型蛍光プローブを導入することで、生きた組織において細胞核内の特定のRNAの動きを可視化することに成功した(Oomoto et al., Nucl Acids Res, 2015)。新しいイメージング法は、目的RNAの濃度によって蛍光の強さが変わるため、生体内で標識したRNAの定量的な評価にも応用できる。in vivoイメージングで初めて示すことができたのは薬剤を投与したときの細胞内でのRNAの動きが生体組織内の細胞と培養された細胞とで異なることの定性的評価である。新しいイメージング手法は、遺伝子操作を必要としない生体内でのRNAの集まりの出現や消失といった「RNA本来の振る舞い」を研究する手法として記憶学習、脳可塑性に伴う応答メカニズムを解明する基盤技術として出来つつある。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

2015年度では記憶学習に伴う神経回路における遺伝子発現のリアルタイム蛍光イメージングが可能となる基盤技術として、生きた脳組織での内在性RNAの蛍光ラベルおよびリアルタイムイメージングに成功した(Oomoto et al., Nucleic Acids Res, 2015)。本技術の進展によって、「in vivo RNAイメージング」の基盤技術が出来つつある。しかし、学習中におきる遺伝子発現の俯瞰的イメージングに至っていないので最終目標には到達していない。

Strategy for Future Research Activity

本年度はプロジェクトの最終年度にあたり、「脳組織ごとでのRNA in vivoイメージングおよび学習マウス脳でのRNAイメージング」と行う。具体的には、「in vivo electroporationによる遺伝子発現変化の評価(ベースライン)を決め、運動学習に伴う遺伝子発現変化を生きたマウス脳内で測定する。
1. プローブ導入による遺伝子発現変化のプロファイルおよびベースラインRNAのシグナルを決める;
2. 応答遺伝子をターゲットする機能評価済みプローブの4種類を生きたマウス脳に導入して、運動させながら、RNA in vivoイメージングする;
3. 運動学習誘導時におきる遺伝子発現変化をリアルタイムで観測する。

  • Research Products

    (15 results)

All 2016 2015 Other

All Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 8 results,  Invited: 4 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] ECHO-liveFISH: in vivo RNA Labeling Reveals Dynamic Regulation of Nuclear RNA Foci in Living Tissues2015

    • Author(s)
      Oomoto I, Hirano-Suzuki A, Umeshima H, Han YW, Yanagisawa H, Carlton P, Harada Y, Kengaku M, Okamoto A, Shimogori T, and Wang DO.
    • Journal Title

      Nucl Acids. Res

      Volume: 43 Pages: e126

    • DOI

      doi:10.1093/narlgkv614

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Hybridization-Sensitive Fluorescent Oligonucleotide Probe Conjugated with a Bulky Module for Compartment-Specific mRNA Monitoring in a Living Cell2015

    • Author(s)
      Hayashi G, Yanase M, Takeda K, Sakakibara D, Sakamoto R, Wang DO, Okamoto A.
    • Journal Title

      Bioconjug Chem.

      Volume: 26 Pages: 412-417

    • DOI

      10.1021/acs.bioconjchem.5b00090

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Synaptic epitranscriptomics and dynamic RNA imaging2016

    • Author(s)
      王 丹
    • Organizer
      Development and Functions of Brain Circuit: From Molecules to Behaviour
    • Place of Presentation
      National Brain Research Center(India・Manesar)
    • Year and Date
      2016-03-29 – 2016-03-30
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Synaptic epitranscriptomics and dynamic RNA imaging2016

    • Author(s)
      王 丹
    • Organizer
      Seminar at Bordeaux neurocampus
    • Place of Presentation
      Bordeaux neurocampus(France・Bordeaux)
    • Year and Date
      2016-03-21
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Synaptic epitranscriptomics and dynamic RNA imaging2016

    • Author(s)
      王 丹
    • Organizer
      Seminar at European Molecular Biology Laboratory
    • Place of Presentation
      European Molecular Biology Laboratory(Germany・Heidelberg)
    • Year and Date
      2016-03-18
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] A m6A epitranscriptome at mouse synapse2016

    • Author(s)
      王 丹
    • Organizer
      International Symposium for RIKEN Epigenetics Program 2016
    • Place of Presentation
      理化学研究所(埼玉県・和光市)
    • Year and Date
      2016-02-15 – 2016-02-16
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ECHO-liveFISH: towards "lightning up" gene expression upon learning and memory2015

    • Author(s)
      大本育実
    • Organizer
      多様性から明らかにする記憶ダイナミズムの共通原理
    • Place of Presentation
      京都ガーデンパレス(京都府・京都市)
    • Year and Date
      2015-11-04 – 2015-11-05
  • [Presentation] Fluorescent labeling and imaging RNA in living tissues2015

    • Author(s)
      王 丹
    • Organizer
      Paris Symposium on Integrated Cell-Material Science
    • Place of Presentation
      Institute Pierre-Gilles de Gennes(France・Paris)
    • Year and Date
      2015-10-12 – 2015-10-13
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Real-time Imaging and Mathematical Simulation Reveal Important Operating Factors for RNP Spatial Regulation Dynamics2015

    • Author(s)
      大本育実
    • Organizer
      Hierarchical Dynamics in Soft Materials and Biological Matter
    • Place of Presentation
      京都大学(京都府・京都市)
    • Year and Date
      2015-09-23 – 2015-09-26
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ECHO-liveFISH: in vivo RNA Labeling Reveals Dynamic Regulation of Nuclear RNA Foci in Living Tissues2015

    • Author(s)
      王 丹
    • Organizer
      Hierarchical Dynamics in Soft Materials and Biological Matter
    • Place of Presentation
      京都大学(京都府・京都市)
    • Year and Date
      2015-09-23 – 2015-09-26
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Imaging RNA in Living Neural Circuits with Hybridization-sensitive Fluorescent Probes2015

    • Author(s)
      王 丹
    • Organizer
      Symposium on Development and Disease
    • Place of Presentation
      東北大学(宮城県・仙台市)
    • Year and Date
      2015-08-24 – 2015-08-26
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] マウス成体脳シナプスにおけるm6A-RNAのトランスクリプトーム解析2015

    • Author(s)
      Liao Youqi
    • Organizer
      第17回日本RNA学会
    • Place of Presentation
      ホテルライフォート札幌(北海道・札幌市)
    • Year and Date
      2015-07-15 – 2015-07-17
  • [Presentation] イメージングとシミュレーションから明らかにするRNPの出現・消失の空間作動原理2015

    • Author(s)
      大本育実
    • Organizer
      第17回日本RNA学会
    • Place of Presentation
      ホテルライフォート札幌(北海道・札幌市)
    • Year and Date
      2015-07-15 – 2015-07-17
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.icems.kyoto-u.ac.jp/j/pr/2015/06/29-nr.html

  • [Remarks]

    • URL

      http://www.ohtan.icems.kyoto-u.ac.jp/?page_id=10

URL: 

Published: 2017-01-06  

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