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2015 Fiscal Year Annual Research Report

駆動するバイオ・ソフトマター -シンプルな界面現象からのアプローチ-

Research Project

Project/Area Number 26707020
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

市川 正敏  京都大学, 理学(系)研究科(研究院), 講師 (40403919)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2018-03-31
Keywords非平衡界面 / ソフトマター / アクティブマター
Outline of Annual Research Achievements

本年度の主要な成果は、脂質一分子膜でコートした油中水滴の中にATPと共にアクトミオシンを封入する事で、自発的に動くモデル系の作成に成功した事である。この系はATPが枯渇する前の状態でもアクトミオシンが自律的に構造形成し、界面の非熱的ゆらぎや非対称な変形が誘起される。ゆらぎの振幅のスペクトルや場所に関して相関を画像解析から算出する事で、大きな変形の緩和時間に相当する特徴的な時間を取得した。これらの実験により、対称的な状態の時にはポアッソン的なプロセスで大きな変形が起こる事が明らかになった。また、この系は膜表面にコルテックス様の構造を再構成する。このときATPが枯渇すると、表面のコルテックスが自発的に収縮し、液滴自体が座屈変形する事を発見した。変形の空間周波数とコルテックスの変形モデルからコルテックスの厚さを見積もると、実際の細胞での報告と近いサイズであった。これらの成果はモデル系として世界で初めてであり、細胞の様に動く人工細胞の創造に向けて前進した。

直流電圧によるミクロ物体の確率共鳴駆動に関しては、ノイズ強度に対する物体の規則振動の強さを測定した。転移点付近の振動は不規則であり、不動時間も不規則に長い。その領域を含む振動強度を適切に表現する事を試み、ウェーブレット変換のスペクトルとその特定波長域の積分強度で定量化した。あるノイズ強度に対して共鳴的に振動が誘起されている事などを実験で確認した。また、自発運動物体のモード分岐については、加振板上でのダンベル様物体の自発運動において、加振強度の増大に伴ってダンベルの片側のみ振動振幅が減少し、逆側が勢い良く跳ね始める対称性の破れによって運動モードの分岐が起きることを明らかにした。また、光渦によって受動的に軌道運動するコロイド粒子が複数個有るときに見せる時空間パターンを調べ、規則性を明らかにした。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

研究計画に掲げた3つの小課題、1)光照射によるマクロ物体の運動とモード分岐。2)アメーバ細胞とアクトミオシン小胞の両面からのブレブ運動の解明。3)実空間ミクロlimit cycle運動の熱ゆらぎによる確率共鳴駆動。これらについて、1では昨年度の成果を基に更に実験を進めると共に、関連する内容の論文を2件発表しており、順調に進展している。2では課題として目指していた内容で2件の論文を発表したほか、アメーバ細胞の運動解析の実験を進めており、想定以上に進捗した。3は今年度の段階で、得られた実験結果としては当初定めた目標に到達した。今後はそれをまとめて報告する段階にあり、概ね順調に推移している。総じて期待通りに進展しており、概ね順調であると判断した。

Strategy for Future Research Activity

研究計画の当初目標に到達した部分もあるほか、当初進捗が遅れていた内容も今年度で遅れを取り戻している。また、当初の研究計画の内容からは外れるが更なる発展が見込める成果なども得られており、それら発展性も重視しつつ、引き続き研究を推進する。

Causes of Carryover

出張旅費が当初見込みより少なかったこと。装置の故障によって予定していた実験等に前後が出た為。

Expenditure Plan for Carryover Budget

成果発表などの出張旅費が昨年度少なかった反動で増えると思われるのでそれに充てたい。

  • Research Products

    (41 results)

All 2016 2015 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 9 results,  Acknowledgement Compliant: 4 results,  Open Access: 2 results) Presentation (29 results) (of which Int'l Joint Research: 20 results,  Invited: 3 results) Remarks (2 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Heidelberg/Karlsruhe Institute of Technology/Research Center Borstel(Germany)

    • Country Name
      Germany
    • Counterpart Institution
      University of Heidelberg/Karlsruhe Institute of Technology/Research Center Borstel
  • [Journal Article] Non-periodic oscillatory deformation of an actomyosin microdroplet encapsulated within a lipid interface2016

    • Author(s)
      Yukinori Nishigami, Hiroaki Ito, Seiji Sonobe, Masatoshi Ichikawa
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 6 Pages: 18964/1-11

    • DOI

      10.1038/srep18964

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Mode bifurcation of a bouncing dumbbell with chirality2015

    • Author(s)
      Yoshitsugu Kubo, Shio Inagaki, Masatoshi Ichikawa, Kenichi Yoshikawa
    • Journal Title

      Physical Review E

      Volume: 91 Pages: 052905/1-9

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.91.052905

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Dynamic clustering of driven colloidal particles on a circular path2015

    • Author(s)
      Shogo Okubo, Syuhei Shibata Yuriko Sassa Kawamura, Masatoshi Ichikawa, Yasuyuki Kimura
    • Journal Title

      Physical Review E

      Volume: 92 Pages: 032303/1-11

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.92.032303

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Wrinkling of a spherical lipid interface induced by actomyosin cortex2015

    • Author(s)
      Hiroaki Ito, Yukinori Nishigami, Seiji Sonobe, Masatoshi Ichikawa
    • Journal Title

      Physical Review E

      Volume: 92 Pages: 062711/1-8

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.92.062711

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Molecular behavior of DNA in a cell-sized compartment coated by lipids2015

    • Author(s)
      Tsutomu Hamada, Rie Fujimoto, Shunsuke F. Shimobayashi, Masatoshi Ichikawa, Masahiro Takagi
    • Journal Title

      Physical Review E

      Volume: 91 Pages: 062717/1-5

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.91.062717

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Quantification of the Influence of Endotoxins on the Mechanics of Adult and Neonatal Red Blood Cells2015

    • Author(s)
      Hiroaki Ito, Navina Kuss, Bastian E. Rapp, Masatoshi Ichikawa, Thomas Gutsmann, Klaus Brandenburg, Johannes M. B. Poschl, Motomu Tanaka
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 119 Pages: 7837-7845

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.5b01544

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Droplet-Shooting and Size-Filtration (DSSF) Method for Synthesis of Cell-Sized Liposomes with Controlled Lipid Compositions2015

    • Author(s)
      Masamune Morita, Hiroaki Onoe, Miho Yanagisawa, Hiroaki Ito, Masatoshi Ichikawa, Kei Fujiwara, Hirohide Saito, and Masahiro Takinoue
    • Journal Title

      ChemBioChem

      Volume: 16 Pages: 2029-2035

    • DOI

      10.1002/cbic.201500354

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Oscillation and collective conveyance of water-in-oil droplets by microfluidic bolus flow2015

    • Author(s)
      Takuya Ohmura, Masatoshi Ichikawa, Ken-ichiro Kamei, Yusuke T. Maeda
    • Journal Title

      Applied Physics Letters

      Volume: 107 Pages: 074102/1-5

    • DOI

      10.1063/1.4928753

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 試験管内再構築系を用いたブレブ駆動型アメーバ運動機構の研究2015

    • Author(s)
      西上幸範,伊藤弘明,市川正敏
    • Journal Title

      植物科学最前線

      Volume: 6 Pages: 82-91

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] アメーバ抽出液滴が自発的に示した変形とゆらぎ運動2016

    • Author(s)
      市川正敏, 西上幸範, 伊藤弘明, 園部誠司
    • Organizer
      第71回日本物理学会年次大会
    • Place of Presentation
      東北学院大学泉キャンパス
    • Year and Date
      2016-03-22 – 2016-03-22
  • [Presentation] 浸透流による球状ベシクルの形態変化2016

    • Author(s)
      鴻巣正樹, 伊藤弘明, 柳澤実穂, 市川正敏
    • Organizer
      第71回日本物理学会年次大会
    • Place of Presentation
      東北学院大学泉キャンパス
    • Year and Date
      2016-03-22 – 2016-03-22
  • [Presentation] ブレブ駆動型アメーバ運動における細胞形状の解析2016

    • Author(s)
      藤原央典, 西上幸範, 伊藤弘明, 市川正敏
    • Organizer
      第71回日本物理学会年次大会
    • Place of Presentation
      東北学院大学泉キャンパス
    • Year and Date
      2016-03-22 – 2016-03-22
  • [Presentation] 配向性の制御によるバクテリアの集団運動の相変化2016

    • Author(s)
      衛藤貫太, 市川正敏, 前多裕介
    • Organizer
      第71回日本物理学会年次大会
    • Place of Presentation
      東北学院大学泉キャンパス
    • Year and Date
      2016-03-21 – 2016-03-21
  • [Presentation] Emergence of DNA-encapsulating liposomes from a DNA-lipid blend film2016

    • Author(s)
      Shunsuke Shimobayashi, Mafumi Hishida, Tomo Kurimura, Masatoshi Ichikawa
    • Organizer
      APS March Meeting 2016
    • Place of Presentation
      Baltimore, Maryland, USA
    • Year and Date
      2016-03-16 – 2016-03-16
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Back-and-forth micromotion of aqueous droplets in a dc electric field2016

    • Author(s)
      Tomo Kurimura, Masatoshi Ichikawa, Masahiro Takinoue, Kenichi Yoshikawa
    • Organizer
      APS March Meeting 2016
    • Place of Presentation
      Baltimore, Maryland, USA
    • Year and Date
      2016-03-16 – 2016-03-16
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Transition dynamics from macro- to micro-phase separation in asymmetric lipid bilayers2016

    • Author(s)
      Shunsuke Shimobayashi, Masatoshi Ichikawa, Takashi Taniguchi
    • Organizer
      APS March Meeting 2016
    • Place of Presentation
      Baltimore, Maryland, USA
    • Year and Date
      2016-03-14 – 2016-03-14
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Analysis of Trajectories of Bleb-driven Amoeboid Movement2016

    • Author(s)
      Hisanori Fujiwara, Yukinori Nishigami, Hiroaki Ito, Masatoshi Ichikawa
    • Organizer
      Kyoto University Winter School 2016 "From Materials to Life: Multidisciplinary Challenges"
    • Place of Presentation
      Kyoto University
    • Year and Date
      2016-02-22 – 2016-02-22
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] オオアメーバの運動が見せる往復運動とその解析2016

    • Author(s)
      市川正敏
    • Organizer
      アクティブマター研究会2016
    • Place of Presentation
      九州大学箱崎キャンパス
    • Year and Date
      2016-01-22 – 2016-01-22
    • Invited
  • [Presentation] ブレブ駆動のアメーバ運動の解析2016

    • Author(s)
      藤原央典, 西上幸範, 伊藤弘明, 市川正敏
    • Organizer
      生体運動研究合同班会議2016
    • Place of Presentation
      キャンパスプラザ京都
    • Year and Date
      2016-01-08 – 2016-01-08
  • [Presentation] Active shape fluctuations of an actomyosin droplet2015

    • Author(s)
      Masatoshi Ichikawa, Yukinori Nishigami, Hiroaki Ito, Seiji Sonobe
    • Organizer
      Hierarchical Dynamics in Soft Materials and Biological Matter
    • Place of Presentation
      Kyoto University
    • Year and Date
      2015-09-24 – 2015-09-24
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Influence of endotoxin and anti-septic peptides on the mechanics of adult and neonatal red blood cells2015

    • Author(s)
      H. Ito, N. Kuss, B. E. Rapp, M. Ichikawa, T. Gutsmann, K. Brandenburg, J. M. B. Poeschl, M. Tanaka
    • Organizer
      Hierarchical Dynamics in Soft Materials and Biological Matter
    • Place of Presentation
      Kyoto University
    • Year and Date
      2015-09-24 – 2015-09-24
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Transition dynamics from macro- to micro phase separation in asymmetric lipid bilayers2015

    • Author(s)
      Shunsuke Shimobayashi, Masatoshi Ichikawa, Takashi Taniguchi
    • Organizer
      Hierarchical Dynamics in Soft Materials and Biological Matter
    • Place of Presentation
      Kyoto University
    • Year and Date
      2015-09-24 – 2015-09-24
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Deformation of Lipid Interface Induced by Contraction of Reconstituted Actomyosin Cortex2015

    • Author(s)
      Y. Nishigami, H. Ito, S. Sonobe, M. Ichikawa
    • Organizer
      Hierarchical Dynamics in Soft Materials and Biological Matter
    • Place of Presentation
      Kyoto University
    • Year and Date
      2015-09-24 – 2015-09-24
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Analysis of deformation mode in directional cell locomotion2015

    • Author(s)
      Hisanori Fujiwara, ukinori Nishigami, Hiroaki Ito, Masatoshi Ichikawa
    • Organizer
      Hierarchical Dynamics in Soft Materials and Biological Matter
    • Place of Presentation
      Kyoto University
    • Year and Date
      2015-09-24 – 2015-09-24
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Effect of Cell Length on Collective Motion in Bacterial Suspension2015

    • Author(s)
      K. Eto, M. Ichikawa, Y. Maeda
    • Organizer
      Hierarchical Dynamics in Soft Materials and Biological Matter
    • Place of Presentation
      Kyoto University
    • Year and Date
      2015-09-24 – 2015-09-24
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Oscillation and clustering of heterogeneous microfluidic water-in-oil droplets2015

    • Author(s)
      T. Ohmura, K. Kamei, M. Ichikawa and Y. Maeda
    • Organizer
      Active Liquids workshop
    • Place of Presentation
      Lorentz Center, Leiden, Netherlands
    • Year and Date
      2015-09-21 – 2015-09-25
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 格子ボルツマン法を用いた流体数値計算による微小水滴周期運動の再現2015

    • Author(s)
      大村拓也, 市川正敏, 亀井謙一郎, 前多裕介
    • Organizer
      日本物理学会 2015年秋季大会
    • Place of Presentation
      関西大学千里山キャンパス
    • Year and Date
      2015-09-17 – 2015-09-17
  • [Presentation] Phase separation transitions in asymmetric lipid bilayers2015

    • Author(s)
      Shunsuke Shimobayashi, Masatoshi Ichikawa, Takashi Taniguchi
    • Organizer
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2015
    • Place of Presentation
      Shiran-Kiakan, Kyoto
    • Year and Date
      2015-08-22 – 2015-08-22
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Transformation of Vesicles at Various Speed of Osmotic Pressure Increase: from Quasi-static to Non-equilibrium2015

    • Author(s)
      Masaki Konosu, Hiroaki Ito, Miho Yanagisawa, Masatoshi Ichikawa
    • Organizer
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2015
    • Place of Presentation
      Shiran-Kiakan, Kyoto
    • Year and Date
      2015-08-22 – 2015-08-22
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Effect of Noise on Autonomous Oscillation of Droplets driven by DC Voltage2015

    • Author(s)
      T. Kurimura, Masahiro Takinoue, Kenichi Yoshikawa, Masatoshi Ichikawa
    • Organizer
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2015
    • Place of Presentation
      Shiran-Kiakan, Kyoto
    • Year and Date
      2015-08-22 – 2015-08-22
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Oscillation and clustering of heterogenous microfluidic water-in-oil droplets2015

    • Author(s)
      T. Ohmura, K. Kamei, M. Ichikawa and Y. Maeda
    • Organizer
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2015
    • Place of Presentation
      Shiran-Kiakan, Kyoto
    • Year and Date
      2015-08-22 – 2015-08-22
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Photo-Induced Migrations of a Droplet Floating on a Fluid2015

    • Author(s)
      M. Ichikawa, F. Takabatake, T. Iwaki, K. Yoshikawa
    • Organizer
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2015
    • Place of Presentation
      Shiran-Kiakan, Kyoto
    • Year and Date
      2015-08-21 – 2015-08-21
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Dynamic fluctuation and deformation of lipid interface induced by actomyosin contractility2015

    • Author(s)
      H. Ito, Yukinori Nishigami, Seiji Sonobe, Masatoshi Ichikawa
    • Organizer
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2015
    • Place of Presentation
      Shiran-Kiakan, Kyoto
    • Year and Date
      2015-08-21 – 2015-08-21
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Deformation of an Artificial Cell Membrane Induced by Contraction of Reconstituted Cell Cortex2015

    • Author(s)
      Y. Nishigami, H. Ito, S. Sonobe, M. Ichikawa
    • Organizer
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2015
    • Place of Presentation
      Shiran-Kiakan, Kyoto
    • Year and Date
      2015-08-21 – 2015-08-21
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Mimicking contractile cortex: Dynamics of actomyosin inside a cell-sized sphere2015

    • Author(s)
      Masatoshi Ichikawa, Yukinori Nishigami, Hiroaki Ito, Seiji Sonobe
    • Organizer
      Hierarchical Structures and Dynamics at Soft Interfaces - from surfactants, cells to peacock's train -
    • Place of Presentation
      Kyoto University
    • Year and Date
      2015-05-14 – 2015-05-14
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Influence of endotoxins on red blood cell mechanics2015

    • Author(s)
      H. Ito, N. Kuss, B. Rapp, M. Ichikawa, T. Gutsmann, K. Brandenburg, J. Poeschl, M. Tanaka
    • Organizer
      International Symposium Hierarchical Structures and Dynamics at Soft Interfaces -from surfactants, cells to peacock's train-
    • Place of Presentation
      Kyoto University
    • Year and Date
      2015-05-14 – 2015-05-14
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 非平衡界面のダイナミクス:コーヒーの湯気から細胞まで2015

    • Author(s)
      市川正敏
    • Organizer
      第14回光科学若手研究会
    • Place of Presentation
      京都大学吉田キャンパス
    • Year and Date
      2015-04-18 – 2015-04-18
    • Invited
  • [Presentation] 再構成アメーバ液滴の自律変形と運動2015

    • Author(s)
      市川正敏
    • Organizer
      機能物性融合科学研究会シリーズ(2)「ソフトダイナミクス」
    • Place of Presentation
      東京大学柏キャンパス物性研究所
    • Year and Date
      2015-04-02 – 2015-04-02
    • Invited
  • [Remarks] 市川研究室

    • URL

      http://www.chem.scphys.kyoto-u.ac.jp/

  • [Remarks] 京都大学 教育研究活動データベース

    • URL

      https://kyouindb.iimc.kyoto-u.ac.jp/j/dP5gJ

URL: 

Published: 2018-01-16  

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