2016 Fiscal Year Annual Research Report
Biochemical analysis of small RNA-induced epigenetic changes
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26710011
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| Research Institution | Keio University |
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Principal Investigator |
山中 総一郎 慶應義塾大学, 医学部, 助教 (80711845)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 小分子RNA / トランスポゾン / ATAC-seq |
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| Outline of Annual Research Achievements |
今年度は、マウス小分子RNAによるクロマチン状態変化の解析を行った。Miwi2はマウスの胎仔生殖巣に特異的に発現するアルゴノートファミリータンパク質でトランスポゾン上のエピゲノム状態を変化させることが知られている。Miwi2が発現している時期の生殖細胞はゴノサイトと呼ばれており、１個体あたりおよそ数万細胞程度存在する。Miwi2に依存したクロマチン状態変化を記述するためにゴノサイトを用いたATAC-seq解析を試みた。ATAC-seqはゲノム上のプロモーター領域や発現制御領域を同定し、さらにそれらが活性化しているかどうかも明らかにすることが可能である。精巣は生殖細胞と体細胞から構成されている。そこでまず初めに生殖細胞のみが光るマウスを取り寄せた。そのマウスから精巣を摘出し、生殖細胞のみをFACSで分取した。次に、分取した細胞からATAC-seq用のライブラリを調製した。得られたライブラリ中のDNAの配列決定を行いそれらを解析した結果、生殖細胞特異的に発現が知られる遺伝子近辺にシグナルがあること、逆に体細胞特異的遺伝子にはシグナルが無いことがわかり、雄性生殖細胞特異的なプロファイルを得ることが出来たと結論づけた。この解析を時系列に沿って行ったところ、ゲノム上の特定領域のアクセシビリティが一過的に上昇することがわかった。現在、クロマチン変化の解析のみならず、トランスクリプトームを各ステージで明らかにするためCAGE-seqを行っている。さらに、以上の解析をMiwi2の変異体でも行っている。今後これらの解析を通して、マウス小分子RNAによるクロマチン状態変化を体系的に明らかにしていく。
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| Research Progress Status |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Causes of Carryover |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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