2016 Fiscal Year Annual Research Report
Genome-wide association study of agronomic traits in the rice nested association mapping population
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26712002
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| Research Institution | Iwate Biotechnology Research Center |
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Principal Investigator |
阿部 陽 公益財団法人岩手生物工学研究センター, ゲノム育種研究部, 主任研究員 (80503606)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | イネ / NAM / QTL / GWAS |
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| Outline of Annual Research Achievements |
複数のFounder系統（既存品種）と一つの共通親「ひとめぼれ」との交雑から得られた複数組み合わせの数千系統のRILsを用いてGenome Wide Association Study (GWAS)を行うNested Association Mapping（NAM）を適用できるイネNAM集団を確立した。20組合せ3,021 RILs（F７～F９）を育成し、その全系統について全ゲノムシーケンスを行った。1,045,323 SNPsの高密度genotypingを行い、極めて高精度なGWASを可能とする遺伝的に固定した実験系統群を確立した。これら3,000系統を圃場で栽培して得た葉身形態、SPAD値等の農業形質における線形モデルによるGWASから、多数のQTLを検出した。
葉身幅を形質値としたGWASでは、既知遺伝子であるNAL1をピンポイントに検出するとともに、その他の４箇所に明瞭なQTLを同定した。また、葉身クロロロフィル含有量と相関のあるSPAD値のGWAS結果では、NAL1の他、Chr.1およびChr.7に葉身幅で検出したピークと同じ位置にピークを検出した。葉身幅で検出した5箇所のQTLの遺伝子型で選抜した「ひとめぼれ/タカナリ」交雑後代系統の葉身幅は、概ねQTL遺伝子型に対応していた。すなわち、葉身幅は複数のQTLによって決定される形質であり、既知のメジャーQTL以外に、新規QTLを同定できた。
以上より、構築した3,000系統のNAM集団と全ゲノムシーケンスデータを用いることで、これまで単離されてきたメジャー遺伝子の他に、これまで見出されていない遺伝子を狭い領域に同定できる可能性を示すことができた。
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| Research Progress Status |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Causes of Carryover |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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