2016 Fiscal Year Annual Research Report
Reconstruction of an evolution process with allopolyploidization based on whole genome seqeunce information
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26712003
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| Research Institution | Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
持田 恵一 国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, チームリーダー (90387960)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | コムギ / 同祖遺伝子 / 倍数性進化 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
昨年度実施した、温度環境の違いに対するトランスクリプトーム解析のデータについて、ゲノム構成が異なるパンコムギおよびその祖先種、合成パンコムギ系統のAゲノム同祖遺伝子の発現の違いを調査した。DV92、T.Urartu、KU.124、KU.221、CS系統をもちいて、12℃、22℃、32℃、42℃の環境で育成した葉鞘から抽出したmRNAのRNA-seqのデータを用いた。六倍性パンコムギのゲノム上に推定されている構造遺伝子のうちAゲノム上にコードされる遺伝子にのみユニークにマップされるRNA-seqリードを用いて、DIfferential Expressed Genesの抽出糖の解析を行い、ゲノムの倍数化に伴って、Aゲノム座上遺伝子の発現が倍数体系統によって異なることを明らかにした。とくに、二倍体Aゲノム種と、四倍体および六倍体系統の間に遺伝子発現変動が顕著に生じていた。これらの倍数体の異なるコムギ系統間の遺伝子発現差は、温度ストレスのない条件でも観察された。また、高温ストレスを与えるにつれて、その発現差が顕著になる傾向があった。また、研究期間中に、パンコムギのRNA-seqデータが公共データベース中に急速に増加した。増加したデータを用いて、A, B, Dのそれぞれのゲノム間の同祖遺伝子の発現の違いを、再度計算しなおし、同祖遺伝子別の遺伝子発現の特徴を調査した。麦類のモデル草本植物であるミナトカモジグサの異質倍数体系統を用いて確立した、同祖遺伝子を識別したトランスクリプトーム解析法については、論文を投稿した。
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| Research Progress Status |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Causes of Carryover |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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