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2014 Fiscal Year Research-status Report

DNAメチル化異常のナノ分解能1分子標本検査デバイスの開発

Research Project

Project/Area Number 26750146
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

小野島 大介  名古屋大学, 工学(系)研究科(研究院), 特任講師 (40510219)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2017-03-31
Keywords1分子計測(SMD) / 細胞・組織 / マイクロ・ナノデバイス
Outline of Annual Research Achievements

本研究は、DNAメチル化異常を持つがん細胞を対象に、分子・細胞レベルの病理検査デバイスの開発を実施するものであり、本年度は、DNAメチル化部位の染色、メチル化DNAの1分子伸長、及びメチル化DNAの1分子画像検出を行った。DNAメチル化部位の染色は、Methyl Binding Domain Protein-Biotin (MBD)を介してFluoronanogold-Streptavidin Alexa Fluor 546(FNG)を標識することで達成した。メチル化DNAの1分子伸長は、DNA溶液送液用マイクロ流路チップとDNA固定用ジグザグ溝構造チップの二種類のシリコーン樹脂製チップを張り合わせて作製したデバイスによって達成した。メチル化DNAの1分子画像検出は、メチル化部位を染色したDNA溶液をシリンジポンプによってデバイス中に流した後、ジグザグ形状の溝構造のパターン上に固定されたDNAを全反射蛍光顕微鏡で観察することで達成した。DNA固定用の溝構造に関しては、ジグザグの形状・寸法を検討し、最も固定化率の高いパターンを実験的に求めることに成功した。MBDを介したFNGによる標識に関しては、MBDとFNGの最適混合比を検討し、メチル化DNAの染色のプロセスを確立した。デバイスのDNA分子に対する捕捉率は約70%を達成し、一度に約1,500本のDNA分子を伸長固定することに成功した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究の目的は、がん細胞やがん細胞由来の診断マーカーを固定化(標本化)するデバイスを作製することにより、がん細胞が増殖を開始する前の段階から実施可能な細胞・分子計測技術を新たに構築し、早期がんに関連する病理検査学的進展を達成することである。本年度は、実験的にメチル化を発生させたDNAを早期がん由来のメチル化異常を持つDNAのモデルとして使用し、DNAメチル化部位の染色技術、メチル化DNAの1分子伸長技術、及び1分子画像検出技術を予定通り開発できており、現在までの達成度はおおむね順調に進展している。

Strategy for Future Research Activity

本年度の研究実績を発展させた研究として、メチル化DNAの伸長固定を達成したデバイスを細胞向けにカスタマイズし、メチル化DNAを含むがん細胞を1細胞レベルで捕捉・アレイ化する技術開発を進める。また、細胞内DNA等の特定の生体分子を選択的に染色・検出する技術開発を進める。

Causes of Carryover

一部の消耗品が見積価格より安く購入できたため。

Expenditure Plan for Carryover Budget

予定の消耗品費に上乗せして使用する。

  • Research Products

    (12 results)

All 2015 2014

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (5 results) (of which Invited: 2 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] Microfluidic transfer of liquid interface for parallel stretching and stamping of terminal-unmodified single DNA molecules between zigzag-shaped microgrooves2015

    • Author(s)
      H. Yasaki, D. Onoshima (equally contributed first author), T. Yasui, H. Yukawa, N. Kaji, and Y. Baba
    • Journal Title

      Lab Chip

      Volume: 15 Pages: 135-140

    • DOI

      10.1039/c4lc00990h

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Novel positively charged nanoparticle labeling for in vivo imaging of adipose tissue-derived stem cells2014

    • Author(s)
      H. Yukawa, S. Nakagawa, Y. Yoshizumi, M. Watanabe, H. Saito, Y. Miyamoto, H. Noguchi, K. Oishi, K. Ono, M. Sawada, I. Kato, D. Onoshima, M. Obayashi, Y. Hayashi, N. Kaji, T. Ishikawa, S. Hayashi, and Y. Baba
    • Journal Title

      PLOS ONE

      Volume: 9 Pages: e110142

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0110142

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] On-chip analysis of intermittent molecular encounters in nuclease digestion of specific DNA sequence2014

    • Author(s)
      D. Onoshima, N. Kaji, M. Tokeshi, and Y. Baba
    • Journal Title

      Biophys. J

      Volume: 103 Pages: 699a-700a

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2013.11.3869

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Microfluidic Stretching of DNA with fluorescent gold nanoparticle for optical/electron microscopic imaging of a single DNA methylation2014

    • Author(s)
      D. Takeshita, D. Onoshima, H. Yukawa, T. Yasui, N. Kaji, and Y. Baba
    • Journal Title

      Micro Total Analysis Systems

      Volume: 1 Pages: 2348-2350

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Sizing and sorting of single DNA molecules by microfluidic molecular combing device2014

    • Author(s)
      D. Onoshima, N. Kawakita, D. Takeshita, H. Yukawa, and Y. Baba
    • Journal Title

      Micro Total Analysis Systems

      Volume: 1 Pages: 1775-1777

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] ここまで進んだがんの診断・血中マーカーによる診断と呼気診断の最前線2014

    • Author(s)
      小野島大介、馬場嘉信
    • Journal Title

      ライフライン21 がんの先進医療

      Volume: 15 Pages: 46-48

  • [Presentation] モビリティと融合したナノバイオ計測技術開発への取り組み2015

    • Author(s)
      小野島大介
    • Organizer
      MERRO「第1回次世代若手-医・理・工連携-研究会」in蒲郡, 夢の医療技術構想(グランドチャレンジ)再生医療と再生治療・がんの微小環境・地域産業との連携
    • Place of Presentation
      蒲郡市民会館
    • Year and Date
      2015-01-17 – 2015-01-18
    • Invited
  • [Presentation] Microfluidic Stretching of DNA with fluorescent gold nanoparticle for optical/electron microscopic imaging of a single DNA methylation2014

    • Author(s)
      D. Takeshita, D. Onoshima, H. Yukawa, T. Yasui, N. Kaji, and Y. Baba
    • Organizer
      The 18th International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences (MicroTAS 2014)
    • Place of Presentation
      Henry B. Gonzalez Convention Center, San Antonio, USA
    • Year and Date
      2014-10-26 – 2014-10-30
  • [Presentation] Sizing and sorting of single DNA molecules by microfluidic molecular combing device2014

    • Author(s)
      D. Onoshima, N. Kawakita, D. Takeshita, H. Yukawa, and Y. Baba
    • Organizer
      The 18th International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences (MicroTAS 2014)
    • Place of Presentation
      Henry B. Gonzalez Convention Center, San Antonio, USA
    • Year and Date
      2014-10-26 – 2014-10-30
  • [Presentation] Trapping, stretching, and separating single DNA molecules on a chip2014

    • Author(s)
      D. Onoshima
    • Organizer
      EMN Summer Meeting 2014
    • Place of Presentation
      The Westin Resort & Spa, Cancun, Mexico
    • Year and Date
      2014-06-09 – 2014-06-12
    • Invited
  • [Presentation] 金ナノ粒子-蛍光分子複合体を用いたメチル化DNAの1分子伸長・画像解析デバイス2014

    • Author(s)
      竹下大貴、小野島大介、湯川博、安井隆雄、加地範匡、馬場嘉信
    • Organizer
      化学とマイクロ・ナノシステム学会第29回研究会
    • Place of Presentation
      日本女子大学 目白キャンパス
    • Year and Date
      2014-05-22 – 2014-05-23
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 細胞捕捉チップ及び細胞捕捉方法2015

    • Inventor(s)
      龍腰健太郎、小野島大介、他7名
    • Industrial Property Rights Holder
      旭硝子株式会社、国立大学法人名古屋大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2015-45829
    • Filing Date
      2015-03-09

URL: 

Published: 2016-06-01  

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