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2015 Fiscal Year Annual Research Report

ABC輸送体のATP加水分解と基質輸送共役効率化のカギとなる残基の同定

Research Project

Project/Area Number 26840048
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

山口 知宏  京都大学, 薬学研究科(研究院), 助教 (80346791)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2016-03-31
Keywords膜タンパク質 / ABCトランスポーター / X線結晶構造解析 / 基質輸送 / ATP
Outline of Annual Research Achievements

高等生物由来のABCトランスポーターは、ATP加水分解酵素(ATPase)反応と基質輸送の共役を調節する高度なメカニズムが存在すると予測される。申請者は、この共役特性を有するCmABCB1の内向型結晶構造を決定し、立体構造から予測された基質輸送経路上のGln残基をAlaに置換した変異がATPase活性と基質輸送の共役を消失させることを見出していた。
当研究期間の初年度は、当該Gln残基をAla以外のアミノ酸に置換したCmABCB1変異体を作成して生化学解析を行い、共役調節には当該残基の側鎖の適切な長さが重要であることを明らかにした。さらに、当該残基と基質の相互作用の有無を明らかにするために、基質アナログと共有結合を形成するCysの導入を行った。その結果、当該残基の近傍にCysを導入した変異体が、マレイミド基を付加したローダミンのアナログと共有結合を形成して安定な複合体を形成することを見出し、この複合体試料を用いて結晶化に成功した。
本年度は、この結晶を用いてX線結晶構造解析を行い、基質アナログと推定される新たな電子密度が観測できた。立体構造におけるこの電子密度の位置から、基質は当該残基と相互作用していないと考えられた。また、当該Gln残基のAlaへの改変による立体構造への影響を調べるために、前年度に引き続いてこの変異体の結晶化を試みた。構造解析に適した結晶が得られなかったため、ATPの非加水分解性アナログを用いてX線結晶解析により決定した外向型構造に基づいて、当該残基と相互作用する残基を探索した。その結果、当該残基は基質輸送経路をはさんで反対側にあるAla残基とファンデルワールス相互作用を形成することを見出した。前年度の生化学解析の結果と合わせて考えると、当該Gln残基はこのAla残基と相互作用することで、基質輸送経路の形状変化を調節している可能性が示唆された。

  • Research Products

    (5 results)

All 2016 2015

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results)

  • [Journal Article] ABC 多剤排出トランスポーターの構造と機能からADME を探る2016

    • Author(s)
      山口知宏
    • Journal Title

      薬学雑誌

      Volume: 136 Pages: 197 - 202

    • DOI

      10.1248/yakushi.15-00229-5

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Serial Femtosecond Crystallography of ABC Transporter2016

    • Author(s)
      Oyama Ryo, Pan Dongqing, Nakatsu Toru, Sato Tomomi, Yamaguchi Tomohiro, Kodan Atsushi, Ueda Kazumitsu, Iwata So, Kato Hiroaki
    • Organizer
      6th Special Meeting, ATP-Binding Cassette (ABC) Proteins: From Multidrug Resistance to Genetic Diseases
    • Place of Presentation
      Hotel Grauer Bar (Innsbruck, Austria)
    • Year and Date
      2016-03-05 – 2016-03-11
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Crystallographic study of the ABC transporter CmABCB1 covalently bound to substrate derivatives2016

    • Author(s)
      Matsuoka Keita, Hirokane Ryo, Kodan Atsushi, Yamaguchi Tomohiro, Nakatsu Toru, Ueda Kazumitsu, Kato Hiroaki
    • Organizer
      6th Special Meeting, ATP-Binding Cassette (ABC) Proteins: From Multidrug Resistance to Genetic Diseases
    • Place of Presentation
      Hotel Grauer Bar (Innsbruck, Austria)
    • Year and Date
      2016-03-05 – 2016-03-11
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Altering stability of a transmembrane protein, MsbA by structural comparison with its thermophilic homolog2015

    • Author(s)
      Ka Lu, Yamaguchi Tomohiro, Nakatsu Toru, Kato Hiroaki
    • Organizer
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2015
    • Place of Presentation
      Honolulu, Hawaii, USA
    • Year and Date
      2015-12-15 – 2015-12-20
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] NMR解析を目指したABCトランスポーターの大腸菌高密度培養による安定同位体標識系の確立2015

    • Author(s)
      小田健人、山口知宏、宮ノ入洋平、中津 亨、甲斐荘正恒、加藤博章
    • Organizer
      日本薬学会近畿支部総会・大会
    • Place of Presentation
      大阪大谷大学(大阪府富田林市)
    • Year and Date
      2015-10-17 – 2015-10-17

URL: 

Published: 2017-01-06  

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