2015 Fiscal Year Research-status Report
古人骨における歯石内細菌群のメタゲノム解析 ―古人類の口腔衛生環境復元手法開発―
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26840158
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| Research Institution | Asahi University |
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Principal Investigator |
矢野 航 朝日大学, 歯学部, 助教 (80600113)
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2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 縄文人骨 / 歯石 / 歯垢 / 口腔内細菌叢 / 次世代シーケンサー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
古代人の口腔内病原菌の存在場所として資料中に残る歯石に注目し、歯石から生前病原菌の存在を検出する方法を探索した。－昨年度は現代人(n=1)、縄文人骨(n=1)、縄文人骨に付着する土壌サンプル(n=1)の口腔細菌群集分析を行い、それぞれのDNA抽出に成功し次世代シーケンサー(NGS)での分析を遂行した。縄文人骨からの口腔細菌検出の検出が可能であることを示した。この結果は第68回日本人類学会におけるシンポジウム(歯の人類学分科会、平成26年度シンポジウム「歯の付着物をめぐって」)にて発表した。その要旨は和文誌Anthropological Science (Japanese Series) 123巻第1号p51-58に掲載された。2015年度は引続き、歯石歯垢からのDNA抽出、NGS解析を継続した。現代人遊離歯資料に残る歯石およびヒトに近縁な現生霊長類ロリス(n=6)の歯垢を用いて、内部に残存する口腔細菌叢の検出を試みた。これらの試料は倫理的に問題がないサンプルとして選定された。採取は終了しており、DNA抽出ができ次第、次世代シーケンサー(NGS)での分析を行う予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
本研究の目的は、石灰化、タフォノミ－、コンタミネーションで断片化し撹乱された古代人骨歯石中の口腔内細菌群の遺伝情報をどのように回復するかを探索し、そのための頑強な復元方法を開発することであった。本研究を推進するに当たっては、①撹乱され劣化した古代人骨歯石内口腔細菌群の遺伝学的情報の回復可能性の検証 ②回復可能な場合、劣化の程度を定量化すること ③劣化の定量化に基づき、古代人骨歯石から次世代シーケンサー(NGS)を用いた頑強な口腔細菌叢の復元方法の確立 を目標に定めた。2014年度は概ね順調に進展し、①を満たした。 ②の達成の為に複数サンプルでのDNA抽出、NGS解析を目標としていたがNGSの2015年度中に同様の解析を終えることができなったため、やや遅れていると判断した。
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| Strategy for Future Research Activity |
本研究の目的は劣化した古代人骨歯石中の口腔内細菌群の遺伝学的情報を回復し口腔環境を復元できる頑強な方法を開発することである。これまで、撹乱され劣化した古代人骨歯石内口腔細菌群の遺伝学的情報の回復可能性の検証を終えたので、遺伝情報の劣化の程度を定量化することを目標としている。最終年度である2016年度は京都大学自然人類学研究室所蔵の縄文人骨からさらに20標本程度を選定し、歯石試料の採取を行い、京都大学霊長類研究所所蔵の次世代シーケンサーによる分析を行う予定である。尚、本年度中にこれまでの結果をまとめ国際英文誌に投稿することを予定している。
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| Causes of Carryover |
物品費として計画した次世代シーケンサー試薬(Miseq Reagent Kit V3)がキャンペーン割引を受けたため、次年度使用額として生じた。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
2016年度の経費と合わせて、次世代シーケンサー試薬を物品費として購入する予定である。
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[Journal Article] 歯の人類学分科会 平成26年度シンポジウム「歯の付着物をめぐって」2015
Author(s)
金澤 英作, 小山田 常一, 北川 賀一, 真鍋 義孝, 矢野 航, HENRY Amanda G., 今井 啓雄, 江㞍 貞一, 山崎 京美, 高橋 正志, 遠藤 秀紀, 米田 穣, 覚張 隆史, 金子 浩昌
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Journal Title
Anthropological Science (Japanese Series)
Volume: 123
Pages: 51-58
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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