2014 Fiscal Year Research-status Report

Imputation法を利用したサルコイドーシスのゲノムワイド関連解析

Research Project

Project/Area Number	26860226
Research Institution	Yokohama City University
Principal Investigator	目黒明横浜市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 特任講師 (60508802)
Project Period (FY)	2014-04-01 – 2016-03-31
Keywords	サルコイドーシス / 遺伝子 / GWAS / imputation
Outline of Annual Research Achievements	サルコイドーシスは、全身の諸臓器・組織に、非乾酪性類上皮細胞肉芽腫が形成され、様々な臓器傷害を呈する疾患である。本邦において、ぶどう膜炎の原因疾患として上位を占め、心臓病変を主因とする死亡の割合が高い。そのため、サルコイドーシスの予防および迅速な診断法を確立することは、非常に有意義なものといえる。私たちは、サルコイドーシスを対象としたゲノム全域にわたる遺伝子解析（genome-wide association study：GWAS）を完了し、サルコイドーシスの新たな遺伝因子を同定している。本研究では、Imputation法を利用して、既に取得しているGWASデータの再評価を実行し、サルコイドーシスの遺伝因子のさらなる同定を行う。平成26年度は、既に取得している日本人集団を対象にしたサルコイドーシスのGWASデータについて、Imputation解析を実行し、ゲノム全領域の詳細で高密度な遺伝子変異（SNP：一塩基多型）情報を取得した。その後、患者・健常者間でゲノム全領域のSNPの相関解析を実行し、日本人のサルコイドーシスと相関を示すSNPを網羅的に検出した。さらに、網羅的に検出したSNPを対象に、新たな日本人集団およびチェコ人集団を用いて追認試験（再現性の検討：Replication study）を行い、サルコイドーシスと相関を示すSNPを絞り込んだ。今後継続して本研究を遂行することで、サルコイドーシスと真に相関を示す遺伝因子のさらなる同定が期待される。
Current Status of Research Progress	Current Status of Research Progress 2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned. Reason 本研究では、既に取得しているGWASデータの再評価を実行し、サルコイドーシスの遺伝因子のさらなる同定を行う。現在までに、GWASデータのimputationを完了し、日本人のサルコイドーシスと相関を示すSNPを網羅的に検出している。さらに、新たな日本人集団およびチェコ人集団を用いて追認試験を行い、サルコイドーシスと相関を示すSNPを絞り込んでいる。以上より、本研究は当初の研究計画のとおり、「おおむね順調に進展している。」といえる。今後引き続き研究を進めることで、当初の目標を達成できると考えている。
Strategy for Future Research Activity	平成26年度に引き続き、新たな日本人集団およびチェコ人集団を用いて追認試験を行い、サルコイドーシスと真に相関を示すSNPを明確に特定する。その後、特定されたSNPの位置する遺伝子を対象に機能解析（遺伝子発現解析、立体構造解析）を実行し、特定したSNPが疾患感受性遺伝子の機能に与える影響を検討する。