全ゲノムコピー数解析による口腔癌リンパ節転移の被膜外浸潤のメカニズム解明

2015 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 26861704
• Research Institution: Tokyo Medical and Dental University
• Principal Investigator: 炭野 淳 東京医科歯科大学, 歯学部附属病院, 医員 (30634109)
• Project Period (FY): 2014-04-01 – 2017-03-31
• Keywords: 口腔癌 / 頸部リンパ節転移 / 全ゲノムコピー解析 / FFPE / ECS陽性

Outline of Annual Research Achievements

口腔癌の治療成績の向上には、予後不良因子とされる頸部リンパ節転移の制御が極めて重要であり、なかでも転移リンパ節に被膜外浸潤（ECS）を認めた症例は予後不良であることが認められている。しかしながら、ECSの詳細なメカニズムはいまだ明らかには解明されていない。今回われわれは、口腔癌原発巣のゲノム情報の解析を行うことで、頸部リンパ節転移におけるECSの新たな分類法、詳細なメカニズムの解明を図り、さらには術前にECSの予測ができないか検討を加える。
口腔癌症例のうち頸部リンパ節転移を生じたもののなかで、ECS陽性および陰性群に分け症例選択を行う。対象症例に関して、原発巣のFFPEサンプルからgenomic DNAを抽出し、それを用いてOncoScan FFPE assay (Affymetrix社)により全ゲノムコピー数解析を行う。このSNPアレイによって、各サンプルにおけるコピー数の増加/減少およびLOHを示す染色体領域の同定が可能となる。ここで得られたデータに関して、ECS陽性群と陰性群の間で比較検討することで、ECS陽性群に特異的なコピー数変異の同定を行う。ECS陽性群特異的なコピー数変異が検出された染色体領域上にコードされる遺伝子は、癌の増殖、進展、転移に関わると考えられ、それらについてFISH法、real-time PCR法、免疫組織化学染色など手法を用いて、発現、代謝解析を行う。
今年度は、OncoScan FFPE assayは追加の症例は終了にし、データ解析を行っていた。以前の当科のマイクロアレイのデータを利用し解析を行っている最中である。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

これまで、頸部リンパ節転移を生じた舌癌12症例について、それぞれ原発巣のFFPEサンプルからgDNAを抽出し、OncoScan FFPE assayによる全ゲノムコピー数解析を行ってきた。この12症例の内訳として、被膜外浸潤（ECS）陽性症例は10例、ECS陰性は2例と症例の選択に若干の偏りが生じてしまった。原因の一つとして、ECS陰性の症例のうち、サンプル採取可能の症例が少なかったためである。

Strategy for Future Research Activity

予算の都合があるため、OncoScan FFPE assayは１２症例で終了とした。症例数の片寄りもあるので、当科で以前研究したマイクロアレイのデータも利用して、データ解析を継続する。

Causes of Carryover

追加実験するには、足りない金額であったため、次年度の解析や論文作成に使用するために温存した。

Expenditure Plan for Carryover Budget

学会参加による情報獲得、論文作成時の英文校正に使用予定である。