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2015 Fiscal Year Annual Research Report

アルカン合成酵素群の革新的活性評価法開発と高速人工進化

Research Project

Project/Area Number 26870136
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

林 勇樹  東京大学, 総合文化研究科, 助教 (90444059)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2016-03-31
Keywordsタンパク質 / 進化分子工学 / アルカン合成酵素 / バイオエネルギー
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、進化分子工学的手法を用いて、2つのアルカン合成酵素(アシルACP還元酵素(AAR)とアルデヒド脱ホルミル化酵素(ADO))の高活性化を行い、大腸菌によるアルカンの大量生産を目指した。そのために、変異体ADと変異体AARのライブラリを構築と、各タンパク質の活性を簡便、かつ迅速に検出する系の構築を行った。
平成27年度では、平成26年度に引き続き、ADの迅速、かつ簡便な活性検出法の構築を行った。ナイルレッドを使用したアルカンの検出法では、菌体由来の脂質類に反応し蛍光を示したため、アルカンの生成を有意に検出できる条件を見つけることができなかった。そのため、ADの活性を呈色反応で検出できる全く新しい系の構築を進めた。
一方で、平成26年度にAARの生成物を発光で検出する系の構築に成功しており、平成27年度は、活性に応じた発光強度が得られるようにするため、培地、大腸菌株、プロモーターの種類、発現条件の最適化を進めた。その結果、寒天培養でも液体培養でもAARの活性に応じた発光強度が得られる検出条件を決定することができた。AARの変異体ライブラリを構築し、小規模の変異体AARライブラリで活性を比較した結果、野生型AARよりも強い発光を示す変異体が見られた。このことから、本検出系を用いた進化分子工学による高活性AAR変異体を取得に有効であり、集団サイズを拡大した変異体AARライブラリからより高活性な変異体AARの取得が十分に期待できる。さらに、本検出法は菌体内の脂肪酸アルデヒド量をリアルタイムにモニターすることが可能であることから、大腸菌の代謝改変に応用し、アルカンの初期基質であるアシル-ACPをより多く供給する大腸菌の創製などに応用可能であることが示唆された。

  • Research Products

    (19 results)

All 2016 2015

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 2 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (17 results)

  • [Journal Article] 大腸菌の菌株の特徴を知ろう2016

    • Author(s)
      林 勇樹
    • Journal Title

      生物工学会誌

      Volume: 94 Pages: 15-20

    • Open Access
  • [Journal Article] Role of cysteine residues in the structure, stability, and alkane producing activity of cyanobacterial aldehyde deformylating oxygenase.2015

    • Author(s)
      Yuuki Hayashi,Fumitaka Yasugi and Munehito Arai
    • Journal Title

      PLoS ONE

      Volume: 10 Pages: e0122217

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0122217

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] ラン藻由来アルカン合成関連酵素の構造機能解析とバイオエネルギー生産への応用2016

    • Author(s)
      工藤恒、名和良太、林勇樹、渡辺麻衣、池内昌彦、新井宗仁
    • Organizer
      第5回日本生物物理学会関東支部会
    • Place of Presentation
      桐生地域地場産業振興センター(群馬県桐生市)
    • Year and Date
      2016-03-11
  • [Presentation] 合理的設計による抗体精製用リガンドFPAの開発2016

    • Author(s)
      岡芳樹、澤田泰平、渡辺尚大、林勇樹、新井宗仁
    • Organizer
      第5回日本生物物理学会関東支部会
    • Place of Presentation
      桐生地域地場産業振興センター(群馬県桐生市)
    • Year and Date
      2016-03-11
  • [Presentation] マイコプラズマGli49タンパク質の立体構造解析2016

    • Author(s)
      和田愛未、野村芳弘、林勇樹,、稲富純一、工藤恒、河合秀信、岡芳樹、宮田真人、新井宗仁
    • Organizer
      第5回日本生物物理学会関東支部会
    • Place of Presentation
      桐生地域地場産業振興センター(群馬県桐生市)
    • Year and Date
      2016-03-11
  • [Presentation] 天然変性タンパク質HIV-1 Tatの立体構造解析2016

    • Author(s)
      椢原朋子、林勇樹、工藤恒、河合秀信、岡芳樹、新井宗仁
    • Organizer
      第5回日本生物物理学会関東支部会
    • Place of Presentation
      桐生地域地場産業振興センター(群馬県桐生市)
    • Year and Date
      2016-03-11
  • [Presentation] ラン藻でのアルカン合成に必要な2つの酵素間の結合部位の探索2016

    • Author(s)
      張マリ、榛葉啓悟、林勇樹、新井宗仁
    • Organizer
      第5回日本生物物理学会関東支部会
    • Place of Presentation
      桐生地域地場産業振興センター(群馬県桐生市)
    • Year and Date
      2016-03-11
  • [Presentation] シアノバクテリア由来アルカン合成関連酵素の機能解析及びバイオエネルギー生産への応用2015

    • Author(s)
      工藤恒、名和良太、林勇樹、渡辺麻衣、池内昌彦、新井宗仁
    • Organizer
      藍藻の分子生物学2015
    • Place of Presentation
      かずさアカデミアホール(千葉県木更津市)
    • Year and Date
      2015-11-16
  • [Presentation] シアノバクテリア由来アルカン合成関連酵素の機能解析及びバイオエネルギー生産への応用2015

    • Author(s)
      工藤恒、名和良太、林勇樹、渡辺麻衣、池内昌彦、新井宗仁
    • Organizer
      光合成若手&植物脂質若手ジョイントセミナー2015
    • Place of Presentation
      東京大学(東京都文京区)
    • Year and Date
      2015-10-10
  • [Presentation] Structural analysis of repeat fragments consisting of the gliding protein Gli349 from Mycoplasma mobile2015

    • Author(s)
      Junichi Inatomi, Yuuki Hayashi, Yoshihiro Nomura, Yoshito Kawakita, Masaru Yabe, Makoto Miyata, Munehito Arai
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢大学(石川県金沢市)
    • Year and Date
      2015-09-15
  • [Presentation] Functional analysis of the cyanobacterial enzyme for alkane biosynthesis and its application for bioenergy production2015

    • Author(s)
      Hisashi Kudo, Ryota Nawa, Yuuki Hayashi, Mai Watanabe, Masahiko Ikeuchi, Munehito Arai
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢大学(石川県金沢市)
    • Year and Date
      2015-09-14
  • [Presentation] pH-dependent conformational changes in the intrinsically disordered HIV-1 Tat protein2015

    • Author(s)
      Tomoko Kunihara, Yuuki Hayashi, Munehito Arai
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢大学(石川県金沢市)
    • Year and Date
      2015-09-14
  • [Presentation] Structural dynamics of a cyanobacterial alkane-producing enzyme, aldehyde deformylating oxygenase, studied by NMR and MD simulations2015

    • Author(s)
      Yuma Suematsu, Yuuki Hayashi, Munehito Arai
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢大学(石川県金沢市)
    • Year and Date
      2015-09-14
  • [Presentation] The search for the binding sites between two enzymes essential for cyanobacterial alkane biosynthesis2015

    • Author(s)
      Mari Chang, Yuuki Hayashi, Munehito Arai
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢大学(石川県金沢市)
    • Year and Date
      2015-09-13
  • [Presentation] Residues essential for the alkane producing activity of aldehyde deformylating oxygenase revealed by alanine scanning mutagenesis2015

    • Author(s)
      Keigo Shimba, Fumitaka Yasugi, Yuuki Hayashi, Munehito Arai
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢大学(石川県金沢市)
    • Year and Date
      2015-09-13
  • [Presentation] Rational design to improve the pH-sensitive antibody dissociation of FPA, a ligand for antibody purification2015

    • Author(s)
      Taihei Sawada, Yoshiki Oka, Takahiro Watanabe, Yuuki Hayashi, Munehito Arai
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢大学(石川県金沢市)
    • Year and Date
      2015-09-13
  • [Presentation] シアノバクテリア由来アルカン合成関連酵素の変異解析2015

    • Author(s)
      工藤 恒、名和良太、林勇樹、新井宗仁
    • Organizer
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      あわぎんホール(徳島県徳島市)
    • Year and Date
      2015-06-25
  • [Presentation] 天然変性タンパク質HIV-1 Tatと転写コアクチベーターCBPのKIXドメインとの相互作用2015

    • Author(s)
      椢原朋子、林勇樹、新井宗仁
    • Organizer
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      あわぎんホール(徳島県徳島市)
    • Year and Date
      2015-06-24
  • [Presentation] マイコプラズマGli349タンパク質の立体構造解析2015

    • Author(s)
      稲富純一、林勇樹、川北祥人、矢部優、宮田真人、新井宗仁
    • Organizer
      新学術領域「運動超分子マシナリーが織りなす調和と多様性」第3回全体会議
    • Place of Presentation
      金沢商工会議所会館(石川県金沢市)
    • Year and Date
      2015-06-10

URL: 

Published: 2017-01-06  

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