2015 Fiscal Year Annual Research Report
バクテリアのゲノムデザインに向けた、複製制御機構の開発
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26870575
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| Research Institution | Keio University |
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Principal Investigator |
河野 暢明 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 助教 (90647356)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 枯草菌 / ゲノム構造 / 発現変動 / ゲノムデザイン |
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| Outline of Annual Research Achievements |
平成27年度は本研究課題の最終年度である為、昨年度整備した枯草菌の変異株作成技術を用いたゲノム構造改変株の作成、複製挙動観察プロトコルの整備、そしてゲノム構造毎の発現量解析及びゲノムのドメイン構造解析を行い、キメラゲノム構築に向けた基盤情報を揃えまとめた。ゲノム構造改変株としてはゲノム逆位変異株とゲノム分断変異株を作成した。逆位変異株は染色体内の特定の領域を逆転させた変異株であり、分断変異株は特定領域を第二染色体として抜き出した構造変異株を意味する。分断変異株はこれまでにも作成して来たが、約300-800 kbpの分断領域それぞれで複製システムの異なる第二染色体を新たに作成する事に成功し、コピー数の異なる染色体を維持した変異株を得る事が出来た。複製挙動観察プロトコル整備では、対象菌種毎に必要最低限のシーケンスリード数を算出し、コストパフォーマンスの最大化を目指した。この結果これまでより数十倍のサンプル数を処理出来る様になった。発現量解析は新たに作成した変異株に対して大規模に行い、ゲノム構造が変化した株毎にゲノム上各箇所でどのように遺伝子発現が変化しているのかを解析した。その結果、ゲノム構造の改変によって影響を受ける領域と、発現変動があまり起きない領域とを観察する事ができ、ゲノム構造の恒常性を発現変動解析から見いだす事に成功した。
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