ガン遺伝子の機能と構造の推定のためのコンピュータシステムの開発

1987 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 62010054
• Research Institution: Kyushu University
• Principal Investigator: 宮田 隆 九州大学, 理学部, 助教授 (20022692)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 宮沢 三造 遺伝学研究所, 助教授 (60190774) ; 安永 照雄 理化学研究所, 研究員 ; 五条堀 孝 遺伝学研究所, 助手 (50162136) ; 長谷川 政美 統計教理研究所, 教授 (60011657) ; 斉藤 信彦 早稲田大学, 理工学部, 教授 (20063125)
• Keywords: データベース / ホモロジー / 進化系統樹 / 立体構造 / がん遺伝子 / コンピュータ

Research Abstract

1)データベースの増強. 新しく発表された配列データをNBRFデータベースから利用しようとすると, かなりな時間待たねばならない. そこで本年度から最新の配列データを集中的にデータベースにファイルすることにした. 本年度約600種の配列がファイルされ, 総計6千種の配列を含むデータベースに増強された.
2)ローカル・サーチ法の開発. ホモロジー検出法として従来一般に利用されているドツトマトリックス法は広い領域にわたった配列が強く保存された分子のホモロジーを検出するためには適しているが, 配列がdivergeした分子に対しては有効でない. こうした分子に対しても十分ホモロジーが検出出来る方法を開発した. この方法は, 既にホモロジーが同定されている配例で. 局所的に強く保存された配列を選び, それをプローブにして類似の配列をデータベース中にサーチする方法で, この方法をIg様配列にサーチに応用した結果, fmsがん遺伝子産物とシュワン細胞のglycoproteln P_oに有意なホモロジーが検出された. また, まだ最終的確認はされていないが, CEA(corcinoembryonic antigen), リンクタンパク及びEVウイルスのglycoーproteinにもIg様配列が検出された.
3)がん遺伝子の系統分類.src族にみられるように, がん遺伝子はしばしば多数のメンバーから成る多重遺伝子族を形成する. これらを系統的に分類し, 以後の研究指針となる有益な情報を得るため, 分子系統樹法を開発した. src族に応用した結果, 系統分類が機能的分類に対応すること, チロシンキナーゼがrafから進化した, 等の興味ある知見を得た. 4)立体礎造の推定. タンパク質の2次構造の知見から高い確度で立体構造を推定する方法が開発出来た. 従って1次構造から立体構造を推定するためには信頼性の高い2次構造推定法の開発が要となる. 現在その開発・改良を急いでいるが, 確度が次第に上昇してきている.

Research Products

• [Publications] N.Saito: Protein.
• [Publications] I.Katoh: Nature. 329. 654-656 (1987)
• [Publications] T.Gojobori: J.Mol.Evol.26. 148-156 (1987)
• [Publications] M.Hasegawa: J.Mol.Evol.26. 132-147 (1987)