1988 Fiscal Year Annual Research Report

大腸菌のゲノム全構造の解明

Research Project

Project/Area Number	63300011
Research Institution	Kobe University
Principal Investigator	磯野克己神戸大学, 理学部, 教授 (70011640)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	大坪栄一東京大学, 応用微生物研究所, 教授 (10158800) 中田篤男大阪大学, 微生物病研究所, 教授 (80029769) 井口八郎京都大学, 理学部, 助教授 (20028195) 石浜明国立遺伝学研究所, 分子遺伝部, 教授 (80019869) 由良隆京都大学, ウイルス研究所, 教授 (20027311)
Keywords	大腸菌ゲノム / 染色体地図 / 整列クローン / 塩基配列 / 遺伝情報データベース / ゲノム構造の全体像
Research Abstract	本年度は当初予定したように、大腸菌の「整列クローンライブラリー」をミニセットライブラリーとして整理し、それぞれのクローンのファージを個別に純化した上で5-10mlずつ調整して保存する作業を行った。さらにこれらのファージの制限酵素地図のデータを整理してデータベースとして統合すると共に、全班員の協力を得て、GenBankおよびEMBLの2大データベースに収録された大腸菌の遺伝子の塩基配列データを取捨選択し、さらにこれらのデータベースに未収録のデータについては、多くの関連する学術雑誌から文献検索を行って収集し、全体を「大腸菌の遺伝情報データベース」としてまとめる作業を行った。一方、来年度から発足する重点領域研究に向けて班員の研究を活発にするために、研究班会議を開催して情報交換と相互批判を行った。その結果、特にtRNAの遺伝子の同定および挿入配列因子の遺伝子図上の分布について重要な成果が得られた。さらに、大腸菌のゲノムの構造解析法についても多くの知見が得られ、これらをもとにして来年度以降年間数百キロベース程度の塩基配列決定が行える見通しが得られた。

Research Products
(50 results)

All Other

All Publications (50 results)

[Publications] Satoh,H.;Nishida,H.;Isono,K.: J.Bacteriol.170. 1034-1040 (1988)
[Publications] Kang,W.-K.;Icho,T.;Isono,S.;Kitakawa,M.;Isono,K.: Mol.Gen.Genet.
[Publications] Tanaka,S.;Matsushita,Y.;Yoshikawa,A.;Isono,K.: Mol.Gen.Genet.
[Publications] Zou,Y.-N.;Kusukawa,N.;Erickson,J.W.;Gross,C.A.;Yura,T.: J.Bacteriol.170. 3640-3649 (1988)
[Publications] Kusukawa,N.;Yura,T.: Genes ＆ Development. 2. 874-882 (1988)
[Publications] Yano,R.;Yura,T.: J.Bacteriol.(1989)
[Publications] Glass,R.E.;Ralphs,N.T.;Fujita,N.;Ishihama,A.: Eur.J.Biochem.176. 403-407 (1988)
[Publications] Ishihama,A.: Trends in Genet.4. 282-286 (1988)
[Publications] Nomura,T.;Ishihama,A.: EMBO J.7. 3539-3545 (1988)
[Publications] Ueshima,R.;Fujita,N.;Ishihama,A.: Mol.Gen.Genet.215. 185-190 (1989)
[Publications] Chang,Z.;Inokuchi,H.;Ozeki,H.: J.Bacteriol.
[Publications] Makino,K.;Shinagawa,H.;Amemura,M.;Kimura,S.;Nakata,A.;Ishihama,A.: J.Mol.Biol.203. 85-95 (1988)
[Publications] Shinagawa,H.;Iwasaki,H.;Kato,T.;Nakata,A.: J.Bacteriol.85. 1806-1810 (1988)
[Publications] Shinagawa,H.;Makino,K.;Amemura,M.;Kimura,S.;Iwasaki,H.;Nakata,A.: J.Bacteriol.170. 4322-4329 (1988)
[Publications] Kimura,S.;Makino,K.;Shinagawa,H.;Amemura,M.;Nakata,A.: Mol.Gen.Genet.(1989)
[Publications] Maeda,Y.;Ohtsubo,E.: Nucl.Acids Res.,Symposium series. 19. 101-104 (1988)
[Publications] Tsuchimoto,S.;Ohtsubo,H.;Ohtsubo,E.: J.Bacteriol.170. 1461-1466 (1988)
[Publications] Inamoto,S.;Yoshioka,Y.;Ohtsubo,E.: J.Bacteriol.170. 2749-2757 (1988)
[Publications] Yamaki,H.;Ohtsubo,E.;Nagai,K.;Maeda,Y.: Nucl.Acids Res.16. 5067-5073 (1988)
[Publications] Maeda,Y.;Yamaki,H.;Takahashi,K.;Ohtsubo,E.: Nucl.Acids.Res.,Symposium Series. 20. 129-130 (1988)
[Publications] Miyazaki,C.;Kawai,Y.;Ohtsubo,H.;Ohtsubo,E.: J.Mol.Biol.204. 331-343 (1988)
[Publications] Maeda,Y.;Takahashi,K.;Yamaki,H.;Ohtsubo,E.: Biopolymers. 27. 1917-1925 (1988)
[Publications] Tsuchimoto,S.;Ohtsubo,E.: Mol.Gen.Genet.(1989)
[Publications] Sekine,K.;Ohtsubo,E.: Proc.Natl.Acad.Sci.USA. (1989)
[Publications] Umeda,M.;Ohtsubo,E.: J.Mol.Biol.(1989)
[Publications] Nozaki,N.;Okazaki,T.;Ogawa,T.: J.Biol.Chem.263. 14176-14183 (1988)
[Publications] Yoda,K.;Yasuda,H.;Jiang,X.-W.;Okazaki,T.: Nucl.Acids Res.16. 6531-6546 (1988)
[Publications] Wada,M.;Kano,Y.;Ogawa,T.;Okazaki,T.;Imamoto,F.: J.Mol.Biol.204. 581-591 (1988)
[Publications] Nakamura,H.;Murakami,H.;Yamato,I.;Anraku,Y.: Mol.Gen.Genet.212. 1-5 (1988)
[Publications] Yamato,I.;Nakamura,H.;Murakami,H.;Anraku,Y.: FEMS Microbiol.Lett.56. 21-28 (1988)
[Publications] Nakao,T,;Yamato,I.;Anraku,Y.: Mol.Gen.Genet.214. 379-388 (1988)
[Publications] Ohsawa,M.;Mogi,T.;Yamamoto,H.;Yamato,I.;Anraku,Y.: J.Bacteriol.170. 5185-5191 (1988)
[Publications] Yamato,I.;Anraku,Y.: J.Biol.Chem.263. 16055-16057 (1988)
[Publications] Bae,Y.-S.;Kwasaki,I.;Ikeda,H.;Liu,L.F.: Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 85. 2076-2080 (1988)
[Publications] Saing,K.M.;Orii,H.;Tanaka,Y.;Yanagisawa,K.;Miura,A.;Ikeda,H.: Mol.Gen.Genet.214. 1-5 (1988)
[Publications] Kawakami,K.;Jonsson,Y.H.;Bjork,G.R.;Ikeda,H.;Nakamura,Y.: Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 85. 5620-5624 (1988)
[Publications] Tomono,M.;Shinozaki,M.;Ikeda,H.: J.Biochem.
[Publications] Tabata,S.;Higashitani,A.Takanami,M.;Akiyama,K.;Kohara,Y.;Nishimura,Y.;Nishimura,A.;Yasuda,S.;Hirota,Y.: J.Bacteriol.
[Publications] Kita,K.;Kotani,H.;Sugisaki,H.;Takanami,M.: J.Biol.Chem.
[Publications] Sugisaki,H.;Takanami,M.: J.Biol.Chem.
[Publications] Doi,M.;Wachi,M.;Ishino,F.;Tomioka,S.;Ito,M.;Sakagami,Y.;Suzuki,A.;Matsuhashi,M.: J.Bacteriol.170. 4619-4624 (1988)
[Publications] Turuoka,T.;Ito,M.;Tomioka,S.;Hirata,A.;Matsuhashi,M.: J.Bacteriol.170. 5229-5235 (1988)
[Publications] Wachi,M.;Matsuhashi,M.: J.Bacteriol.(1989)
[Publications] Ishino,F.;Jung,H.K.;Doi,M.;Wachi,M.;Matsuhashi,M.: J.Bacteriol.(1989)
[Publications] 磯野克己: "新基礎生化学実験法第8巻「生化学におけるコンピューター利用」6:研究課題システム構築例,2."大腸菌の全ゲノムの物理地図作成"" 丸善,
[Publications] 磯野克己: "「核酸シグナル実験マニュアル」:「コンピューターを利用したゲノム構造分析」" 講談社サイエンティフィク,
[Publications] 磯野克己、小原雄治: "シリーズ「分子生物学の進歩」第1巻第6章「遺伝子地図と物理地図」" 日本分子生物学会編:丸善,
[Publications] Yura,T.;Wada,C.;Yano,R.;Kusukawa,N.;Nagai,H.: "Physiological roles and regulation of the heat shock sigma factor (σ^<32>) in Escherichia coli." Gene expression and regulation:The legacy of Luigi Gorini, 31-40 (1988)
[Publications] Iwasaki,H.;Shiba,T.;Nakata,A.;Shinagawa,H.: "Activation of UmuD protein for SOS mutagenesi by proteolytic processing mediated by RecA.In,Mechanisms and consequences of DNA damage processing." Alan R.Liss,Inc., 461-469 (1988)
[Publications] Anraku,Y.;Hanada,K.;Yamato,I.: "Molecular strucuture and energy coupling mechanism of the Escherichia coli proline carrier,In Molecular Basis of Biomembrane Transport." Elsevier Scientific Publishers,Amsterdam, 25-32 (1988)

1988 Fiscal Year Annual Research Report

大腸菌のゲノム全構造の解明

Principal Investigator

磯野 克己 神戸大学, 理学部, 教授 (70011640)

Research Products

[Publications] Satoh,H.;Nishida,H.;Isono,K.: J.Bacteriol.170. 1034-1040 (1988)

[Publications] Kang,W.-K.;Icho,T.;Isono,S.;Kitakawa,M.;Isono,K.: Mol.Gen.Genet.

[Publications] Tanaka,S.;Matsushita,Y.;Yoshikawa,A.;Isono,K.: Mol.Gen.Genet.

[Publications] Zou,Y.-N.;Kusukawa,N.;Erickson,J.W.;Gross,C.A.;Yura,T.: J.Bacteriol.170. 3640-3649 (1988)

[Publications] Kusukawa,N.;Yura,T.: Genes ＆ Development. 2. 874-882 (1988)

[Publications] Yano,R.;Yura,T.: J.Bacteriol.(1989)

[Publications] Glass,R.E.;Ralphs,N.T.;Fujita,N.;Ishihama,A.: Eur.J.Biochem.176. 403-407 (1988)

[Publications] Ishihama,A.: Trends in Genet.4. 282-286 (1988)

[Publications] Nomura,T.;Ishihama,A.: EMBO J.7. 3539-3545 (1988)

[Publications] Ueshima,R.;Fujita,N.;Ishihama,A.: Mol.Gen.Genet.215. 185-190 (1989)

[Publications] Chang,Z.;Inokuchi,H.;Ozeki,H.: J.Bacteriol.

[Publications] Makino,K.;Shinagawa,H.;Amemura,M.;Kimura,S.;Nakata,A.;Ishihama,A.: J.Mol.Biol.203. 85-95 (1988)

[Publications] Shinagawa,H.;Iwasaki,H.;Kato,T.;Nakata,A.: J.Bacteriol.85. 1806-1810 (1988)

[Publications] Shinagawa,H.;Makino,K.;Amemura,M.;Kimura,S.;Iwasaki,H.;Nakata,A.: J.Bacteriol.170. 4322-4329 (1988)

[Publications] Kimura,S.;Makino,K.;Shinagawa,H.;Amemura,M.;Nakata,A.: Mol.Gen.Genet.(1989)

[Publications] Maeda,Y.;Ohtsubo,E.: Nucl.Acids Res.,Symposium series. 19. 101-104 (1988)

[Publications] Tsuchimoto,S.;Ohtsubo,H.;Ohtsubo,E.: J.Bacteriol.170. 1461-1466 (1988)

[Publications] Inamoto,S.;Yoshioka,Y.;Ohtsubo,E.: J.Bacteriol.170. 2749-2757 (1988)

[Publications] Yamaki,H.;Ohtsubo,E.;Nagai,K.;Maeda,Y.: Nucl.Acids Res.16. 5067-5073 (1988)

[Publications] Maeda,Y.;Yamaki,H.;Takahashi,K.;Ohtsubo,E.: Nucl.Acids.Res.,Symposium Series. 20. 129-130 (1988)

[Publications] Miyazaki,C.;Kawai,Y.;Ohtsubo,H.;Ohtsubo,E.: J.Mol.Biol.204. 331-343 (1988)

[Publications] Maeda,Y.;Takahashi,K.;Yamaki,H.;Ohtsubo,E.: Biopolymers. 27. 1917-1925 (1988)

[Publications] Tsuchimoto,S.;Ohtsubo,E.: Mol.Gen.Genet.(1989)

[Publications] Sekine,K.;Ohtsubo,E.: Proc.Natl.Acad.Sci.USA. (1989)

[Publications] Umeda,M.;Ohtsubo,E.: J.Mol.Biol.(1989)

[Publications] Nozaki,N.;Okazaki,T.;Ogawa,T.: J.Biol.Chem.263. 14176-14183 (1988)

[Publications] Yoda,K.;Yasuda,H.;Jiang,X.-W.;Okazaki,T.: Nucl.Acids Res.16. 6531-6546 (1988)

[Publications] Wada,M.;Kano,Y.;Ogawa,T.;Okazaki,T.;Imamoto,F.: J.Mol.Biol.204. 581-591 (1988)

[Publications] Nakamura,H.;Murakami,H.;Yamato,I.;Anraku,Y.: Mol.Gen.Genet.212. 1-5 (1988)

[Publications] Yamato,I.;Nakamura,H.;Murakami,H.;Anraku,Y.: FEMS Microbiol.Lett.56. 21-28 (1988)

[Publications] Nakao,T,;Yamato,I.;Anraku,Y.: Mol.Gen.Genet.214. 379-388 (1988)

[Publications] Ohsawa,M.;Mogi,T.;Yamamoto,H.;Yamato,I.;Anraku,Y.: J.Bacteriol.170. 5185-5191 (1988)

[Publications] Yamato,I.;Anraku,Y.: J.Biol.Chem.263. 16055-16057 (1988)

[Publications] Bae,Y.-S.;Kwasaki,I.;Ikeda,H.;Liu,L.F.: Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 85. 2076-2080 (1988)

[Publications] Saing,K.M.;Orii,H.;Tanaka,Y.;Yanagisawa,K.;Miura,A.;Ikeda,H.: Mol.Gen.Genet.214. 1-5 (1988)

[Publications] Kawakami,K.;Jonsson,Y.H.;Bjork,G.R.;Ikeda,H.;Nakamura,Y.: Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 85. 5620-5624 (1988)

[Publications] Tomono,M.;Shinozaki,M.;Ikeda,H.: J.Biochem.

[Publications] Tabata,S.;Higashitani,A.Takanami,M.;Akiyama,K.;Kohara,Y.;Nishimura,Y.;Nishimura,A.;Yasuda,S.;Hirota,Y.: J.Bacteriol.

[Publications] Kita,K.;Kotani,H.;Sugisaki,H.;Takanami,M.: J.Biol.Chem.

[Publications] Sugisaki,H.;Takanami,M.: J.Biol.Chem.

[Publications] Doi,M.;Wachi,M.;Ishino,F.;Tomioka,S.;Ito,M.;Sakagami,Y.;Suzuki,A.;Matsuhashi,M.: J.Bacteriol.170. 4619-4624 (1988)

[Publications] Turuoka,T.;Ito,M.;Tomioka,S.;Hirata,A.;Matsuhashi,M.: J.Bacteriol.170. 5229-5235 (1988)

[Publications] Wachi,M.;Matsuhashi,M.: J.Bacteriol.(1989)

[Publications] Ishino,F.;Jung,H.K.;Doi,M.;Wachi,M.;Matsuhashi,M.: J.Bacteriol.(1989)

[Publications] 磯野克己: "新基礎生化学実験法第8巻「生化学におけるコンピューター利用」6:研究課題システム構築例,2."大腸菌の全ゲノムの物理地図作成"" 丸善,

[Publications] 磯野克己: "「核酸シグナル実験マニュアル」:「コンピューターを利用したゲノム構造分析」" 講談社サイエンティフィク,

[Publications] 磯野克己、小原雄治: "シリーズ「分子生物学の進歩」第1巻第6章「遺伝子地図と物理地図」" 日本分子生物学会編:丸善,

[Publications] Yura,T.;Wada,C.;Yano,R.;Kusukawa,N.;Nagai,H.: "Physiological roles and regulation of the heat shock sigma factor (σ^<32>) in Escherichia coli." Gene expression and regulation:The legacy of Luigi Gorini, 31-40 (1988)

[Publications] Iwasaki,H.;Shiba,T.;Nakata,A.;Shinagawa,H.: "Activation of UmuD protein for SOS mutagenesi by proteolytic processing mediated by RecA.In,Mechanisms and consequences of DNA damage processing." Alan R.Liss,Inc., 461-469 (1988)

[Publications] Anraku,Y.;Hanada,K.;Yamato,I.: "Molecular strucuture and energy coupling mechanism of the Escherichia coli proline carrier,In Molecular Basis of Biomembrane Transport." Elsevier Scientific Publishers,Amsterdam, 25-32 (1988)

磯野克己神戸大学, 理学部, 教授 (70011640)