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2016 Fiscal Year Annual Research Report

DNA計算による制御系設計法の構築と制御系設計支援ツールの開発

Publicly Offered Research

Project AreaDevelopment of Molecular Robots equipped with sensors and intelligence
Project/Area Number 15H00823
Research InstitutionKyushu Institute of Technology

Principal Investigator

中茎 隆  九州工業大学, 大学院情報工学研究院, 准教授 (30435664)

Project Period (FY) 2015-04-01 – 2017-03-31
KeywordsDNA回路 / 遡及性 / モジュール性 / フィードバックレギュレータ
Outline of Annual Research Achievements

アメーバ型分子ロボットの制御問題として、DNA濃度のレギュレーションを検討した。センサからの指令値とアクチュエータからのフィードバック信号は、共に1本鎖DNAの濃度と仮定し、これらの量が一致するようにアクチュエータに与える操作量を調整する制御問題である。本研究では,DNA反応系が持つ非負性、モジュール性、有限性を考慮した制御系設計法と特異摂動理論をベースとする解析手法の提案を行った。より高性能な制御器を設計するためには、既存のDNA論理回路、演算回路(以後、DNA回路と呼ぶ)の組み合わせ回路が自在に設計できる必要がある。このように、基本的な部品を組み合わせて複雑な回路を設計する手法はボトムアップデザインと呼ばれる。しかしながら、DNA回路のモジュール性は一般に低く、回路単体では正常に動作していても、組み合わせ回路を構築するために回路同士を接続すると個々のDNA回路の機能が損なわれるため、組み合わせ回路のボトムアップデザインには何らかの工夫が必要となる。本研究では、上述のDNA濃度レギュレータの設計の際に用いた遡及性理論と特異摂動理論を用いて、DNA回路のモジュール性を担保する設計手法を提案した。
また、制御系設計支援ツールの開発のため、除算型フィードバックを有する生化学反応系の安定性に関するモデルベース解析手法を提案した。一般に、生化学反応系は高次元の非線形系でモデル化され、特にフィードバックループが含まれる場合は、リミットサイクルを引き起こす可能性がある。本研究では、フィードバックループの安定余裕を定量評価できるナイキスト安定判別法に着目し、複数存在するフィードバックループの中から特定の1つのループに対して適用する手法を提案した。

Research Progress Status

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

28年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (13 results)

All 2017 2016

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] DNA Switcher for a Molecular Robot2016

    • Author(s)
      Katsuhiro Nishijima, Takashi Nakakuki, Yusuke Sato, Shin-ichiro Nomura
    • Journal Title

      Proc. of ICT-ROBOT2016

      Volume: - Pages: -

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] 除算型フィードバックを有する生化学反応系の安定性解析手法2016

    • Author(s)
      中茎隆
    • Journal Title

      電気学会論文誌C

      Volume: 136 Pages: 617-624

    • DOI

      10.1541/ieejeiss.136.617

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Molecular Governor: DNA Feedback Regulator for Molecular Robotics2016

    • Author(s)
      Takashi Nakakuki, Jun-ichi Imura
    • Journal Title

      SICE Journal of Control, Measurement, and System Integration

      Volume: 9 Pages: 60-69

    • DOI

      10.9746/jcmsi.9.60

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 分子ネットワークを創成する分子ロボティクスと解明するシステムバイオロジー2017

    • Author(s)
      中茎隆
    • Organizer
      第4回制御部門マルチシンポジウム
    • Place of Presentation
      岡山
    • Year and Date
      2017-03-06 – 2017-03-09
    • Invited
  • [Presentation] DNA鎖置換反応で創られるシステムの解析法2017

    • Author(s)
      中茎隆,井村順一
    • Organizer
      第4回制御部門マルチシンポジウム
    • Place of Presentation
      岡山
    • Year and Date
      2017-03-06 – 2017-03-09
  • [Presentation] DNA鎖置換反応で創られるシステムのロバスト性2017

    • Author(s)
      中茎隆,川又生吹,村田智
    • Organizer
      第29回自律分散システム・シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2017-01-30 – 2017-01-31
  • [Presentation] 特異摂動理論を用いたMolecular Governorの制御性能解析2016

    • Author(s)
      藤本圭吾,中茎隆
    • Organizer
      計測自動制御学会 システム・情報部門 学術講演会 2016
    • Place of Presentation
      滋賀
    • Year and Date
      2016-12-06 – 2016-12-08
  • [Presentation] DNAフィードバックレギュレータの設計2016

    • Author(s)
      緒方研仁,中茎隆
    • Organizer
      計測自動制御学会 システム・情報部門 学術講演会 2016
    • Place of Presentation
      滋賀
    • Year and Date
      2016-12-06 – 2016-12-08
  • [Presentation] DNA鎖置換反応のロバスト性に関する一考察2016

    • Author(s)
      大曲智隆,中茎隆,川又生吹,村田智
    • Organizer
      第59回自動制御連合講演会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2016-11-10 – 2016-11-12
  • [Presentation] DNAフィードバックレギュレータの設計2016

    • Author(s)
      緒方研仁,中茎隆
    • Organizer
      第59回自動制御連合講演会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2016-11-10 – 2016-11-12
  • [Presentation] DNA組合せ回路のモジュール性に関する研究2016

    • Author(s)
      神門大輝,中茎隆
    • Organizer
      平成28年電気学会産業用用部門大会
    • Place of Presentation
      群馬
    • Year and Date
      2016-08-30 – 2016-09-01
  • [Presentation] DNA A/D Converter by Team Kyutech in BIOMOD20152016

    • Author(s)
      Ryudai Segughi, Youhei Umeda, Kento Ogata, Tomotaka Omagari, Takashi Nakakuki, et al.
    • Organizer
      IEEE-NEMS2016
    • Place of Presentation
      宮城
    • Year and Date
      2016-04-17 – 2016-04-20
    • Int'l Joint Research
  • [Book] DNA分子デザインのすべて~BIOMOD虎の巻~2016

    • Author(s)
      分子ロボティクス研究会編
    • Total Pages
      224
    • Publisher
      情報計算化学生物学会(CBI学会)出版

URL: 

Published: 2018-01-16  

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