2016 Fiscal Year Annual Research Report
癌特異的クリプティック遺伝子プロモーターの転写サイクルプロファイリング
Publicly Offered Research
| Project Area | Integral understanding of the mechanism of transcription cycle through quantitative, high-resolution approaches |
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| Project/Area Number |
15H01343
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| Research Institution | University of Tsukuba |
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Principal Investigator |
村谷 匡史 筑波大学, 医学医療系, 准教授 (50730199)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | ゲノム / 遺伝子制御 / プロモーター / エピゲノム |
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| Outline of Annual Research Achievements |
先行研究では、胃癌の組織においてクリプティックプロモーター活性化が、ゲノム上のポリコーム複合体の結合標的で起こり、癌特異的な遺伝子産物を本来の発現組織とは異なる胃の癌組織で発現している現象が見られた。しかしながら、この研究では癌細胞以外の混在したバルク組織の解析であったため、結果の解釈が難しかった。本研究では肺癌組織をレーザーマイクロダイセクション法で精密に切り分けてChIPおよびRNAseq解析を行い、同様の現象が他の癌でも起こっているという仮説を検証するとともに、癌細胞そのものの解析を行った。その結果、肺癌の癌部分のプロファイルでもポリコーム複合体の標的が再活性化され、典型的な遺伝子構造とは異なる転写産物が発現していることが確認でき、本研究の大きな目標は、仮説を確認する形で達成できた。
転写サイクルプロファイリングではヒストン修飾以外のChIPseq標的の解析も計画していたが、RNAポリメラーゼを含む基本転写因子は手術検体では解析不能であったため、細胞株データとの比較を行い、通常の遺伝子発現と癌特異的に活性化された遺伝子の制御の違いを探索した。
昨年度末に新たに次世代シークエンサーが導入され、RNAseq、ChIPseqともにワークフローが大幅に改善し、組織検体のQCステップで解析不可と考えていた症例でもデータの取得が可能となり、レーザーマイクロダイセクションとバイオバンキング検体の解析がより安定して行えるようになった。また、これまで微量検体解析のワークフローで問題であったChIPseqの解像度の問題が解決できたことは、本研究以外にも波及する大きな技術的進歩となった。
胃癌で見つかったものとは異なる遺伝子群が肺癌では見いだされたため、機能解析と臨床情報の比較などを加えて論文化出来るよう解析を進めている。
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| Research Progress Status |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Remarks |
次世代シークエンサーNextSeq500の運用を立ち上げ、本研究で開発された臨床検体のRNAseqとChIPseqが他の臨床グループや学外からの委託でも提供できる体制が整えられた。臨床検体へのアクセスの無い基礎系の研究者でも、解析料の支払いで利用できることで、柔軟に対応できる。
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Research Products
(4 results)
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[Journal Article] The transcription factor MAFK induces EMT and malignant progression of triple-negative breast cancer cells through its target GPNMB.2017
Author(s)
Okita Y, Kimura M, Xie R, Chen C, Shen LT, Kojima Y, Suzuki H, Muratani M, Saitoh M, Semba K, Heldin CH, Kato M.
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Journal Title
Science Signaing.
Volume: 10
Pages: eaak9397
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Comprehensive benchmarking reveals H2BK20 acetylation as a distinctive signature of cell-state-specific enhancers and promoters.2016
Author(s)
Kumar V, Rayan NA, Muratani M, Lim S, Elanggovan B, Lixia X, Lu T, Makhija H, Poschmann J, Lufkin T, Ng HH, Prabhakar S.
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Journal Title
Genome Research
Volume: 26
Pages: 612-623
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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