2016 Fiscal Year Annual Research Report
rRNA遺伝子上での包括的なDNA-タンパク相互作用情報の抽出基盤の構築
Publicly Offered Research
| Project Area | Integral understanding of the mechanism of transcription cycle through quantitative, high-resolution approaches |
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| Project/Area Number |
15H01361
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| Research Institution | National Institute of Genetics |
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Principal Investigator |
井手 聖 国立遺伝学研究所, 構造遺伝学研究センター, 助教 (50534567)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | rRNA遺伝子 / 人工核酸 / 転写 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
代表者は自ら開発してきたePICh法（配列特異的クロマチンプロテオミクス法）を用い、リボソームRNA遺伝子上での包括的なDNA-タンパク相互作用情報の抽出基盤を構築するために、ターミネーターとエンハンサーに対するePICh法（配列特異的クロマチンプロテオミクス法）ためのプローブを合成した。留学先で合成していた人工核酸LNAに代わり、異なる２つの人工核酸（ENAと2’-FluoroRNAオリゴ核酸）を東京工業大学清尾先生の協力の元、自ら合成した。それぞれの人工核酸が標的DNA配列をプルダウンし濃縮できるかを試験管内で調べたところ、ENAはLNAと同じように効率よく標的DNAを濃縮できたが、2’-Fluoro RNAはプルダウン効率が1/10程度であった。現在、両方の人工核酸とクロマチン抽出液を混ぜてエンハンサーとターミネーターのクロマチンの精製を試みている。
プロジェクトの遅延に備えてバックアッププランとして用意した、プロモーター領域に結合しているクロマチン構成因子の中から、転写に関わる新規因子に着眼し、それらの機能解析（CIRH1AとTHUMPD1）を遂行した。CIRH1Aはプロモーター配列に対するePICh法を用いることで、転写阻害剤であるアクチノマイシンDを処理し、転写を阻害した時にのみ、プロモーターに結合する新規因子として同定した。アクチノマイシンD 処理後rDNA領域を安定に維持することに関与している。また、これまでプロモーター配列に結合する因子として同定したものの中で、siRNAを用いたスクリーニングによる網羅的にノックダウンすることで、転写活性に必要な新規因子としてTHUMPD1を見出した。内在性のTHUMPD1遺伝子のC末端にゲノム編集を用いGFPタグを挿入し、その局在を調べたところ、核全体に分布し、かつ核小体内により有意に蓄積していた。
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| Research Progress Status |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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Research Products
(5 results)
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[Journal Article] Targeting 24 bp within Telomere Repeat Sequences with Tandem Tetramer Pyrrole-Imidazole Polyamide Probes.2016
Author(s)
Kawamoto, Y.,Sasaki, A., Chandrana, A., Hashiya, K., Ide, S., Bando, T., Maeshima, K., Sugiyama, H.
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Journal Title
Journal of the American Chemical Society
Volume: 138
Pages: 14100-14107
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Telomere Visualization in Tissue Sections Using Pyrrole-Imidazole Polyamide Probes.2016
Author(s)
Sasaki, A., Ide, S., Kawamoto, Y., Bando, T., Murata, Y., Shimura, M., Yamada, K., Hirata, A., Nokihara, K., Hirata, T., Sugiyama, H., Maeshima, K.
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Journal Title
Scientific Reports
Volume: 6
Pages: 29261
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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