• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2016 Fiscal Year Annual Research Report

脂質膜環境でのカルシトニンおよびグルカゴンのアミロイド線維形成分子機構の解明

Publicly Offered Research

Project AreaDynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions
Project/Area Number 16H00756
Research InstitutionYokohama National University

Principal Investigator

内藤 晶  横浜国立大学, 大学院工学研究院, 名誉教授 (80172245)

Project Period (FY) 2016-04-01 – 2018-03-31
Keywordsカルシトニン / グルカゴン / アミロイド線維 / アミロイド線維中間体 / 固体NMR / 電子顕微鏡
Outline of Annual Research Achievements

カルシトニンはカルシウム代謝に重要な役割を果たしているペプチドホルモンであり、骨粗鬆症の治療薬としても使用されているが、高濃度中性水溶液中で容易に沈殿する性質が知られている。一方、グルカゴンは膵臓で分泌されるペプチドホルモンであり、血糖値を上昇させる活性を持っている。グルカゴンも水溶液中では容易にアミロイド線維を形成する。本研究では、より生体系に近い脂質膜の存在下でこれらのペプチドホルモンのアミロイド線維形成機構を解明する研究を行う。このため、脂質膜環境下で固体NMRおよびTEMの測定を行い、さらに分子動力学計算の手法を用いて、脂質膜とカルシトニンおよびグルカゴンの相互作用解析、線維形成反応機構の解析、線維の立体構造決定を行う。これらの結果を精密に解析し、生理環境下でのこれらのペプチドホルモンのアミロイド線維形成の分子機構を明らかにすることを研究の目的としている。
1)本年度はクルクミンによるヒトカルシトニンの線維形成阻害機構の解明を行った。クルクミンを添加したカルシトニン水溶液で線維形成の反応速度を観測して、2段階自己触媒反応機構を用いて反応速度定数を求めたところ、クルクミンは線維核形成の段階を阻害していることが判明した。さらに分子動力学計算から、カルシトニンの芳香族アミノ酸残基とクルクミンが相互作用を持つことが明らかになってきた。
2)細胞膜中の環境に近い状態のグルカゴンのアミロイド線維形成過程を検証するため、脂質膜の存在下でアミロイド線維形成過程を測定した。まず31P-NMRの測定から線維形成の過程で、脂質膜と相互作用親和性の異なる3種類の凝集体の存在が明らかになってきた。13C-NMR測定により、これらのオリゴマーは2次構造に違いのあることが明らかになってきた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究ではクルクミンによるヒトカルシトニンの線維形成形成疎外機構の解明を行った。固体NMRを用いて線維形成の反応速度を観測したところ、線維核形成速度が大幅に遅くなることが判明した。しかし、繊維伸長速度は短くなってはいなかった。したがって、クルクミンは線維核形成反応を阻害していることが明らかになった。さらに、電子顕微鏡でHEPES中での線維形成過程を観測したところ、線維形成の過程で球状の中間体の観測に成功した。さらに、球状中間体から線維が成長しているスナップショット像を得ることができた。これまで、中間体は観測されているが、中間体から線維が直接成長している像はこの研究が初めて得られた。さらに、ヒトカルシトニンのHEPES溶液中でのMDシミュレーションを行ったところ、ヒトカルシトニンのF16,F19芳香族アミノ酸残基とクルクミンが相互作用を形成していることが明らかになった。
細胞膜中の環境に近い中性で脂質膜存在下でのグルカゴンのアミロイド線維形成過程を固体NMRの観測を行った。固体31P-NRを測定したところ、グルカゴンはすくなくとも3種類のオリゴマーを形成して最後にアミロイド線維が形成することが分かった。さらに、各オリゴマーでは膜との親和性が異なっていることが明らかになった。さらに、固体13C-NMRでグルカゴンの二次構造変化を観測したところ、各オリゴマーにおいては異なる二次構造を形成していることが明らかになった。

Strategy for Future Research Activity

クルクミンはヒトカルシトニンのアミロイド線維形成において核形成を阻害することが明らかになった。MDシミュレーションからもクルクミンはヒトカルシトニンと芳香族アミノ酸残基を介して相互作用していることが明らかになった。今後はモノマーのカルシトニンがクルクミンとどのような相互作用をしているのか、NMR測定により実験により相互作用の特定を行っていく計画である。
中性条件ではグルカゴンの溶解度は非常に低いが、脂質膜存在下ではグルカゴンは脂質に取り込まれて、均一な脂質膜分散系を形成した。その結果、グルカゴンの脂質膜存在下でのNMR測定が可能になった。さらに31P-NMR測定から、グルカゴンの存在下で脂質膜の形態が大きく変化することが観測された。これは、グルカゴンのオリゴマーが細胞膜に強い作用を与えることを意味しており、グルカゴンのオリゴマーが細部毒性に関与していることを示しており、非常に興味深い。今後は、グルカゴンオリゴマーの細胞膜への相互作用の変化をNMR測定と電子顕微鏡測定を同期した観測を行い、オリゴマーのNMRの二次構造解析と電子顕微鏡による形態解析を並行しておこない、オリゴマーと細胞膜との祖相互作用についてさらに詳しい解析を行っていく計画である。

  • Research Products

    (23 results)

All 2017 2016

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (16 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 2 results) Book (3 results)

  • [Journal Article] Dynamic structure and orientation of melittin bound to acidic lipid bilayers, as revealed by solid-state NMR and molecular dynamic simulation2017

    • Author(s)
      K. Norisada, N. Javkhlantugs, D. Mishima, I. Kawamura, H. Saito, K. Ueda, A. Naito
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B.

      Volume: 121 Pages: 1802-1811

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.6b11207

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Packing arrangement of 13C selectively labeled sequence model peptides of samia Cynthia ricini silk fibroin fiber studied by solid-state NMR,2017

    • Author(s)
      T. Asakura, K. Miyazawa, Y. Tasei, S. Kametani, Y. Nakazawa, A. Aoki, A. Naito
    • Journal Title

      Phys. Chem. Chem. Phys.

      Volume: in press Pages: in press

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Parallel b-sheet structure of alanine tetrapeptide in the solid state as studied by solid-state NMR spectroscopy2016

    • Author(s)
      T. Asakura, K. Horiguchi, A. Aoki, Y. Tasei, A. Naito
    • Journal Title

      J. Phys. Chem B.

      Volume: 120 Pages: 8912-8941

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.6b06292

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural biology of calcitonin: from aqueous therapeutic properties to amyloid aggregation2016

    • Author(s)
      K Kamgar-Parsi, J. Tolchard, B. Habenstein, A. Loquest, A. Naito, A. Ramamoorthy
    • Journal Title

      Isr. J. Chem.

      Volume: in press Pages: in press

    • DOI

      10.1002/ijch.201600096.

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Secondary structural change of glucagon during fibril formation process with DMPC lipid bilayers as revealed by 13C solid-state NMR2016

    • Author(s)
      K. Haya, I. Kawamura, A. Naito
    • Organizer
      第54回生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場
    • Year and Date
      2016-11-25 – 2016-11-27
  • [Presentation] Structure of Tyr185 in dark-adapted bacteriorhodopsin as studied by solid-state NMR2016

    • Author(s)
      Y. Otani, A. Shigeta, Y. Kebukawa, K. Kobayashi, T. Okitsu, A. Wada, S. Tuzi, A. Naito, I. Kawamura
    • Organizer
      第54回生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場
    • Year and Date
      2016-11-25 – 2016-11-27
  • [Presentation] Specific interaction of cationic antimicrobial peptide bombinin H2 and H4 with Leishmania protozoa mimetic membrane2016

    • Author(s)
      S. Kaneda, A. Naito, I. Kawamura
    • Organizer
      第54回生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場
    • Year and Date
      2016-11-25 – 2016-11-27
  • [Presentation] Structure and orientation of antimicrobial peptides alamethicin and melittin in membrane revealed by solid state NMR and MD simulation2016

    • Author(s)
      A. Naito, T. Nagao, D. Mishima, N. Javkhlantugs, J. Wang, D. Ishioka, K. Yokota, K. Norisada, I. Kawamura, K. Ueda
    • Organizer
      第54回生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場
    • Year and Date
      2016-11-25 – 2016-11-27
  • [Presentation] Characterization of photo intermediates in sensory rhodopsin II as revealed by in-situ photoirradiation solid-state NMR2016

    • Author(s)
      Y. Makino, I. Kawamura, T. Okitsu, A. Wada, Y. Sudo, N. Kamo, A. Naito, K. Ueda
    • Organizer
      第54回生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場
    • Year and Date
      2016-11-25 – 2016-11-27
  • [Presentation] High resolution solid-state NMR spectroscopy. Development and application to structural biochemistry2016

    • Author(s)
      A. Naito
    • Organizer
      第55回NMR討論会
    • Place of Presentation
      広島
    • Year and Date
      2016-11-16 – 2016-11-18
    • Invited
  • [Presentation] 13C固体NMRを用いたDMPC脂質二重膜存在下におけるペプチドホルモングルカゴンの線維構造の解析2016

    • Author(s)
      羽矢和未、川村 出、内藤 晶
    • Organizer
      第55回NMR討論会
    • Place of Presentation
      広島
    • Year and Date
      2016-11-16 – 2016-11-18
  • [Presentation] 光照射固体NMRによるセンサリーロドプシンIIの光反応過程における光中間体構造の解明2016

    • Author(s)
      槙野義輝、川村 出、沖津貴志、和田昭盛、須藤勇雄気、加茂直樹、内藤 晶、上田一義
    • Organizer
      第55回NMR討論会
    • Place of Presentation
      広島
    • Year and Date
      2016-11-16 – 2016-11-18
  • [Presentation] In-situ光照射固体NMRによるバクテリオロドプシンD96N変異体の光反応過程でのレチナールおよびタンパクシ質構造変化の解析2016

    • Author(s)
      大谷優人、重田 安里寿、 槙野義輝、宮佐亮太、川村 出、沖津貴志、和田昭盛、辻 暁、内藤 晶
    • Organizer
      第55回NMR討論会
    • Place of Presentation
      広島
    • Year and Date
      2016-11-16 – 2016-11-18
  • [Presentation] 31P固体NMRによる抗菌ペプチドボンビニンH2およびH4の細菌模倣膜に対する作用の解析2016

    • Author(s)
      金田志穂、北橋由紀、内藤 晶、川村 出
    • Organizer
      第55回NMR討論会
    • Place of Presentation
      広島
    • Year and Date
      2016-11-16 – 2016-11-18
  • [Presentation] Photoreaction pathways of bacteriorhodopsin and its mutants as revealed by in-situ photo-irradiation solid-state NMR2016

    • Author(s)
      A. Naito, Y. Makino, K. Oshima, Y. Otani, A. Shigeta, I. Kawamura, T. Okitsu, A. Wada, S. Tuzi,, T. Iwasa
    • Organizer
      ICRP2016
    • Place of Presentation
      Potsdam, Germany
    • Year and Date
      2016-10-02 – 2016-10-07
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Structure and orientation of antibiotic peptide alamethicin in membrane environment as revealed by chemical shift oscillation analysis of solid state NMR and MD simulation2016

    • Author(s)
      T. Nagao, D. Mishima, N. Javkhalantugs, J. Wang, D. Ishioka, K. Yokota, K. Norisada, I. Kawamura, K. Ueda, A. Naito
    • Organizer
      ICBRBS2016
    • Place of Presentation
      Kyoto, Japan
    • Year and Date
      2016-08-21 – 2016-08-26
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Analysis of interaction of antimicrobial peptides bombinin H2 and H4 with the mimetic bacterial membrane by 31P solid-state NMR2016

    • Author(s)
      S. Kaneda, Y. Kitahashi, I. Kawamura, A. Naito
    • Organizer
      ICBRBS2016
    • Place of Presentation
      Kyoto, Japan
    • Year and Date
      2016-08-21 – 2016-08-26
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Structural change of Tyr185 in the vicinity of the retinal chromophore in bacteriorhodopsin by 13C solid-state NMR2016

    • Author(s)
      Y. Otani, A. Shigeta, Y. Kebukawa, K. Kopbayashi, T. Okitsu, A. Wada, S. Tuzi, A. Naito, I. Kawamura
    • Organizer
      ICBRBS2016
    • Place of Presentation
      Kyoto, Japan
    • Year and Date
      2016-08-21 – 2016-08-26
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Structural changes of retinal in sensory rhodopsin II as revealed by in situ photoirradiation solid-state NMR2016

    • Author(s)
      Y. Makino, I. Kawamura, T. Okitsu, A. Wada, S. Sudo, N. Kamo, A. Naito, I. Kawamura, K. Ueda
    • Organizer
      ICBRBS2016
    • Place of Presentation
      Kyoto, Japan
    • Year and Date
      2016-08-21 – 2016-08-26
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 固体NMRとMDシミュレーションによるリン脂質二分子膜に結合した抗生物質ペプチドアラメチシンの構造と配向の解明2016

    • Author(s)
      永尾隆、三島大輔、ジャブカランタグス ナムズライ、王 クン、石岡大輔、横田恭宣、則定和志、川村 出、上田一義、内藤 晶
    • Organizer
      日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場
    • Year and Date
      2016-06-07 – 2016-06-09
  • [Book] In-situ photo irradiation solid-state NMR spectroscopy applied to retinal-binding membrane protein, Modern Magnetic Resonance2017

    • Author(s)
      A. Naito, Y. Makino, I. Kawamura
    • Total Pages
      in press
    • Publisher
      Springer
  • [Book] Photoirradiation and microwave irradiation NMR spectroscopy. Experimental approaches of NMR spectroscopy. Methodology and Application of Life Science and Material Science2017

    • Author(s)
      A. Naito, Y. Makino, Y. Tasei, I. Kawamura
    • Total Pages
      in press
    • Publisher
      Springer
  • [Book] 固体高分解能NMR(Narrow is beautiful)の構造生命化学研究への展開 NMR (Bulletin of the nuclear magnetic society of japan)2016

    • Author(s)
      内藤 晶
    • Total Pages
      3
    • Publisher
      日本核磁気共鳴学会

URL: 

Published: 2018-01-16  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi