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2017 Fiscal Year Annual Research Report

巨大タンパク質会合体における動的ネットワークとその機能解明

Publicly Offered Research

Project AreaDynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions
Project/Area Number 16H00766
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

杉山 正明  京都大学, 原子炉実験所, 教授 (10253395)

Project Period (FY) 2016-04-01 – 2018-03-31
Keywords中性子溶液散乱 / 質量分析 / 蛋白質複合体 / 重水素化
Outline of Annual Research Achievements

本年度は、昨年度の導入を行った分析超遠心器を相補的に用いたクリスタリンの動的構造の研究への展開した。溶液小角散乱法では散乱強度は分子量の2乗に比例するため、高分子量のタンパク質複合体中(多量体)と低分子量の単量体の多分散系(混合系)では後者を直接観測することは困難であり、分子量が離れている場合はほとんど不可能である。一方、分析超遠心法では、沈降速度で分子量分布を測定するので、多分散系に含まれる単量体の分析も可能となる。年度前半は分析超遠心法の初期トラブルの解決・最適な測定条件の探索・解析法の確立などを行い、後半はαクリスタリン系における分子量分布=多分散性の測定を行った。現在注目しているαクリスタリンの系では20-30量体の多量体が主成分であるが、一方、無変性質量分析により単量体が存在していることが示唆されている。そこで、この単量体がαクリスタリン系での多量体間のサブユニット交換を担っていると推察した。今回、分析超遠心法を用いた測定によってもαBクリスタリン系において多量体に加えて単量体が存在することが確認し、その重量分率は5%であることを明らかにした。加えて、濃度を変えた系において、中性子小角散乱法による交換の時定数測定、動的光散乱法による拡散定数の測定を行い、サブユニット交換は多量体同士の衝突によるものではなく解離した単量体を経た現象であることが証明した。また、αAクリスタリン系においては多量体に加えて単量体が存在することが確認した。本研究を通して、複合タンパク質系の静的・動的構造解析X線・中性子溶液散乱法、無変性質量分析法、超遠心分析法、動的光散乱法などの手法を協奏的に用いる手法を確立することができた。また、タンパク質の動的な構造研究については中性子スピンエコー法を用いたも手法への展開も行った。

Research Progress Status

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (9 results)

All 2018 2017

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 4 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 3 results)

  • [Journal Article] Elucidating the Solvent Effect on the Switch of the Helicity of Poly(quinoxaline-2,3-diyl)s: A Conformational Analysis by Small-Angle Neutron Scattering2018

    • Author(s)
      Nagata Yuuya、Nishikawa Tsuyoshi、Suginome Michinori、Sato Sota、Sugiyama Masaaki、Porcar Lionel、Martel Anne、Inoue Rintaro、Sato Nobuhiro
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 140 Pages: 2722~2726

    • DOI

      10.1021/jacs.7b11626

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Solution scattering approaches to dynamical ordering in biomolecular systems2018

    • Author(s)
      Bernad? Pau、Shimizu Nobutaka、Zaccai Giuseppe、Kamikubo Hironari、Sugiyama Masaaki
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects

      Volume: 1862 Pages: 253~274

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2017.10.015

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Conversion of functionally undefined homopentameric protein PbaA into a proteasome activator by mutational modification of its C-terminal segment conformation2017

    • Author(s)
      Yagi-Utsumi Maho、Sikdar Arunima、Kozai Toshiya、Inoue Rintaro、Sugiyama Masaaki、Uchihashi Takayuki、Yagi Hirokazu、Satoh Tadashi、Kato Koichi
    • Journal Title

      Protein Engineering, Design and Selection

      Volume: 31 Pages: 29~36

    • DOI

      10.1093/protein/gzx066

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Characterization of conformational deformation-coupled interaction between immunoglobulin G1 Fc glycoprotein and a low-affinity Fcγ receptor by deuteration-assisted small-angle neutron scattering2017

    • Author(s)
      Yogo Rina、Yanaka Saeko、Yagi Hirokazu、Martel Anne、Porcar Linoel、Ueki Yutaro、Inoue Rintaro、Sato Nobuhiro、Sugiyama Masaaki、Kato Koichi
    • Journal Title

      Biochemistry and Biophysics Reports

      Volume: 12 Pages: 1~4

    • DOI

      10.1016/j.bbrep.2017.08.004

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Integrative approach to protein structure and dynamics2018

    • Author(s)
      M.Sugiyama, R.Inoue, M.Morishima, Y.Sakamaki, N.Fujii, K.Ishii, S.Uchiyama
    • Organizer
      The 8th The 8th Taiwan-Japan Joint Meeting on Neutron and X-ray Scattering
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Subunit Exchange in Eylens Protein under crowding codition2018

    • Author(s)
      Masaaki Sugiyama and Rintaro Inoue
    • Organizer
      The 6th International Symposium, Dynamical ordering of biomolecular system for creation of integrated functions
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 混雑環境下における α-crystallin の構造及びダイナミクス2017

    • Author(s)
      酒巻裕介、井上倫太郎、守島 健、佐藤信治、藤井紀子、杉山正明
    • Organizer
      第17回日本中性子科学会年会
  • [Presentation] Investigation on domain motion of protein by neutron scattering2017

    • Author(s)
      Masaaki Sugiyama
    • Organizer
      Frontier Bioorganization Forum :Dynamical ordering and integrated functions of biomolecular system
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Study on intra- and inter-protein dynamics by neutron solution scattering2017

    • Author(s)
      Masaaki Sugiyama
    • Organizer
      The 17th KIAS Conference on Protein Structure and Function
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2018-12-17  

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