• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2017 Fiscal Year Annual Research Report

多価カチオン媒介型実効引力に注目した蛋白質溶液の相挙動と動的秩序構造制御機構

Publicly Offered Research

Project AreaDynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions
Project/Area Number 16H00774
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

秋山 良  九州大学, 理学研究院, 准教授 (60363347)

Project Period (FY) 2016-04-01 – 2018-03-31
Keywords同符号電荷間引力 / 相挙動 / 電解質溶液 / 統計力学理論 / 液体の積分方程式理論 / 酸性蛋白質 / 荷電生体分子 / 多価カチオン
Outline of Annual Research Achievements

同符号荷電巨大分子間実効相互作用の理論的研究をおこなってきた。例えば、酸性蛋白質の様な負に帯電したタンパク質分子間にもカチオンを介した強い引力の発生可能性について検討していた。この同符号電荷間の実効引力は電解質濃度が特定の濃度でのみ発生する。それらの性質は、統計力学理論を使うことで再現できていた。
今年度の結果としては、これまでのモデルでは荷電巨大分子の凝集体が大きく成長しないことがわかった事がある。これは、荷電巨大分子が近距離に接している場合には強い引力が働いても、それより遠距離部分で長距離の実効斥力が働くからである。また、その同符号巨大分子の凝集を阻害する要素(長距離実効斥力)を除去した相図の計算結果は、実験で観察されるリエントラントな凝集挙動を示していた。
そこで、モデルの問題点に対して再検討を行った。その結果、現実系では蛋白質表面の負に帯電した解離基が引力パッチであると仮定すると多くの矛盾が解消される事がわかった。同符号巨大分子の凝集を阻害する長距離の実効斥力が、多価カチオンを含む電解質溶液の場合にはクーロン斥力遮蔽能力により除去され、実験で観察される様なリエントラントな凝集挙動が現れると予想される結果を得た。また、この仮定をおけば、多価カチオンのみで実効引力が見られ、従来あった実験と理論計算結果の食い違いも解消する。
これまでの研究結果の論文発表を行いつつ、現在は密度汎関数理論と摂動理論を用いた相図に関する研究結果、および酸性蛋白質表面上の引力パッチ間の実効相互作用に関する積分方程式理論の計算研究結果、さらに、実効相互作用の間接効果への分解によるリエントラント挙動の説明の研究結果を論文にまとめ投稿直前の状態である。また、凝集対の構造を制御するシミュレーションをスタートしようとして準備を進めている。

Research Progress Status

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (18 results)

All 2018 2017

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 1 results) Presentation (13 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Theoretical approaches for dynamical ordering of biomolecular systems2018

    • Author(s)
      Okumura Hisashi、Higashi Masahiro、Yoshida Yuichiro、Sato Hirofumi、Akiyama Ryo
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta(BBA) - General Subjects

      Volume: 1862 Pages: 212~228

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1016/j.bbagen.2017.10.001

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Basic Cell Size Dependence of Displacement for a Solvation Motor in a Lennard-Jones Solvent2018

    • Author(s)
      Tokunaga Ken, Akiyama Ryo
    • Journal Title

      Journal of Computer Chemistry, Japan

      Volume: 17 Pages: 80-84

    • DOI

      DOI: 10.2477/jccj.2018-0004

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Stick boundary condition at large hard sphere arising from effective attraction in binary hard-sphere mixtures2018

    • Author(s)
      Nakamura Yuka, Yoshimori Akira, Akiyama Ryo, Yamaguchi Tsuyoshi
    • Journal Title

      THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS

      Volume: 148 Pages: 124502-1-12

    • DOI

      https://doi.org/10.1063/1.5025202

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Isotactic poly(4-methyl-1-pentene) melt as a porous liquid: Reduction of compressibility due to penetration of pressure medium2017

    • Author(s)
      Chiba Ayano、Inui Masanori、Kajihara Yukio、Fuchizaki Kazuhiro、Akiyama Ryo
    • Journal Title

      THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS

      Volume: 146 Pages: 194503-1-5

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1063/1.4983508

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Electrostatic double-layer interaction between stacked charged bilayers2017

    • Author(s)
      Hishida Mafumi, Nomura Yoko, Akiyama Ryo, Yamamura Yasuhisa, Saito Kazuya
    • Journal Title

      PHYSICAL REVIEW E

      Volume: 96 Pages: 040601-1-5

    • DOI

      DOI: 10.1103/PhysRevE.96.040601

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 多価カチオンを含む電解質中におけるタンパク質表面の負に帯電した酸素間の実行相互作用2018

    • Author(s)
      末松安由美、菱田真史、秋山良
    • Organizer
      日本物理学会第73回年次大会
  • [Presentation] 溶媒の密度分布で決まる粒子表面の境界条件2018

    • Author(s)
      中村有花, 吉森明, 秋山良, 山口毅
    • Organizer
      日本物理学会第73回年次大会
  • [Presentation] 荷電脂質膜が作る多重層ベシクルの表面電位2018

    • Author(s)
      菱田真史, 秋山良, 山村泰久, 齋藤一弥
    • Organizer
      日本物理学会第73回年次大会
  • [Presentation] 荷電コロイド粒子の結晶化に影響する平均力ポテンシャルの斥力2018

    • Author(s)
      田村雄大, 末松安由美, 吉森明, 秋山良
    • Organizer
      日本物理学会第73回年次大会
  • [Presentation] Effective attraction between negatively charged oxygen atoms on protein surface in an electrolyte solution2018

    • Author(s)
      Ryo Akiyama, Ayumi Suematsu
    • Organizer
      新学術領域研究「動的秩序と機能」第6回国際シン ポジウム
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 2成分剛体球系での固体表面への分子吸着における活性化自由エネルギー及び吸着量のモル分率依存性2017

    • Author(s)
      大島 章生、秋山 良
    • Organizer
      凝縮系の理論化学2017
  • [Presentation] 統計力学的手法による2成分剛体球系の相挙動の研究2017

    • Author(s)
      末松安由美、吉森輝、秋山良
    • Organizer
      凝縮系の理論化学2017
  • [Presentation] Selectivity of large hard sphere on a hard wall immersed in binary hard-sphere fluid2017

    • Author(s)
      Akio Oshima, Ayano Chiba, Ryo Akiyama
    • Organizer
      The 10th Liquid Matter Conference
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Effective potential and crystallization by depletion effect in binary hard-sphere systems2017

    • Author(s)
      Ayumi Suematsu, Akira Yoshimori, Ryo Akiyama
    • Organizer
      The 10th Liquid Matter Conference
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Statistical Mechanics Study of Reentrant Phase Behavior of Proteins in an Electrolyte Solution2017

    • Author(s)
      Ryo Akiyama
    • Organizer
      The 17th KIAS Conference on Protein Structure and Function
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Exclusion of coions from space between two macroions in an electrolyte solution: the charge dependence2017

    • Author(s)
      A. Suematsu, R. Akiyama and M. Hishida
    • Organizer
      11th Mini Symposium on liquids
  • [Presentation] System Size Dependence of the Motion of Solvation Motor2017

    • Author(s)
      Ken Tokunaga, Ryo Akiyama
    • Organizer
      11th Mini Symposium on liquids
  • [Presentation] Short and long range effects of an effective ectiveg range effects of an effective force on crystallization of like-charged colloidal particles2017

    • Author(s)
      Y. Tamura, A. Suematsu, A. Yoshimori, R. Akiyama
    • Organizer
      11th Mini Symposium on liquids

URL: 

Published: 2018-12-17  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi