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2016 Fiscal Year Annual Research Report

バクテリア巨大渦状運動の極性形成メカニズム

Publicly Offered Research

Project AreaSynergy of Fluctuation and Structure:Foundation of Universal Laws in Nonequilibrium Systems
Project/Area Number 16H00808
Research InstitutionGakushuin University

Principal Investigator

西坂 崇之  学習院大学, 理学部, 教授 (40359112)

Project Period (FY) 2016-04-01 – 2018-03-31
Keywords滑走運動 / 線毛 / 集団運動
Outline of Annual Research Achievements

ミキソコッカスのようなバクテリアで見られる、複数の個体の固まりが方向性を持って動くsocial motility(S-motility)は、特徴的な接着装置であるIV型線毛(type IV pili)によって実現される。このpiliのダイナミクスには膜内外のさまざまなタンパク質が関わるものの、個々の役割や詳細な機能については、まだ解明が進んでいないというのが現状である。本課題では、独自の光学顕微鏡を駆使することによって、piliの活性がどのように制御され、そして方向性のある運動を引き起こすのかについて、徹底的な可視化を進めることで明らかにする。
平成28年度においては、シネコシスティスの走光性に注目し、IV型線毛の活性化と運動がどのように関わるのかを明らかにするための実験系の構築を行った。忌避の波長についてサンプルチャンバーの下面と側面から独立に照射できる顕微鏡のシステムを完成させ、運動に影響を与えない微弱光で細胞の位置の変化を高精度で測定した。ここで得られた結果はすでに論文として取りまとめ、原著論文として米アカデミー紀要に既に掲載が決まっている。
平行して、遊泳する微生物であるハロバクテリアの運動と、運動装置の動態を精密に測定する技術の開発を行った。ハロバクテリアはアーキアに属し、アーキアの運動において分子メカニズム解明を目指した研究はほとんど進んでいない。アーキアべん毛(アーキアラ)の形状、回転数、回転方向のトルクといった全てのパラメータを求め、これらの知見は原著論文としてNature Microbiologyに発表した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

本課題は申請段階では、フラボバクテリウム・ジョンソニエという一種類の桿菌を研究対象にしてスタートした。それが現在においては、シネコシスティス、ハロバクテリウム、サーマス・サーモフィラスといったさまざまな研究対象に派生し、次々に一流科学誌に原著論文として発表されている。卓越した顕微鏡技術が細菌学に応用され、生物物理学として結実する新しい研究の方向性が本課題を通じて生まれつつある。

Strategy for Future Research Activity

IV型線毛によって運動を実現するシネコシスティスおよびサーマス・サーモフィラスをモデル生物とし、1個体の運動を定量的に解析する。走光性という特徴に着目し、変異株を利用しながら制御の仕組みについて調べ、未踏の領域である「トゥイチング運動の制御機構」に関する本質的な知見を得る。また繊維状のタンパク質であるPilAのダイナミクスについては、先行研究においても、実験条件の難しさから可視化は実現されていない。蛍光蛋白や微小粒子などを通じて、PilAの伸長と短縮を画像化し、その動態について詳細を明らかにしていく。当研究室には、これまでの様々な1分子生物物理学の研究課題を通じて、光ピンセットや3次元位置検出顕微鏡といった強力なリソース技術が存在する。これらをバクテリアの研究に応用することで、一本の線毛が発生する力、さらには短縮に伴うと予想される回転運動の検出にも挑戦する。これら高精度顕微計測技術という独自の切り口を通じて、集団寸動につながっている、線毛のダイナミクスをもっとも基礎的なレベルから解明していく。

  • Research Products

    (9 results)

All 2017 2016

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Acknowledgement Compliant: 3 results,  Open Access: 2 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 5 results)

  • [Journal Article] Dissection of the angle of single fluorophore attached to the nucleotide in corkscrewing microtubules2017

    • Author(s)
      Fujimura Shoko、Ito Yuko、Ikeguchi Mitsunori、Adachi Kengo、Yajima Junichiro、Nishizaka Takayuki
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 485 Pages: 614~620

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2017.01.165

  • [Journal Article] Direct observation of rotation and steps of the archaellum in the swimming halophilic archaeon Halobacterium salinarum2016

    • Author(s)
      Kinosita, Y. Uchida, N. Nakane, D. Nishizaka, T.
    • Journal Title

      Nat Microbiol

      Volume: 1 Pages: 16148

    • DOI

      10.1038/nmicrobiol.2016.148

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] F1-ATPase conformational cycle from simultaneous single-molecule FRET and rotation measurements2016

    • Author(s)
      Sugawa, M. Okazaki, K. Kobayashi, M. Matsui, T. Hummer, G. Masaike, T. Nishizaka, T.
    • Journal Title

      Proc Natl Acad Sci U S A

      Volume: 113 Pages: E2916-24

    • DOI

      10.1073/pnas.1524720113

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Directed Binding of Gliding Bacterium, Mycoplasma mobile, Shown by Detachment Force and Bond Lifetime2016

    • Author(s)
      Tanaka, A. Nakane, D. Mizutani, M. Nishizaka, T. Miyata, M.
    • Journal Title

      MBio

      Volume: 7 Pages: 1

    • DOI

      10.1128/mBio.00455-16

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] アーキアラとIV型線毛のモーターの動態を可視化する2017

    • Author(s)
      西坂崇之
    • Organizer
      日本物理学会 第72回年次大会
    • Place of Presentation
      大阪大学 豊中キャンパス
    • Year and Date
      2017-03-17 – 2017-03-20
    • Invited
  • [Presentation] Unitary steps of supermolecular motility machineries in gliding bacteria and swimming archaea2017

    • Author(s)
      Takayuki Nishizaka
    • Organizer
      Bacterial Flagella, Injectisomes and Type III Secretion Systems
    • Place of Presentation
      Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University
    • Year and Date
      2017-03-01 – 2017-03-04
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Structural and functional dynamics of nanoscale molecular motors2016

    • Author(s)
      T. Nishizaka Y. Kinosita T. A. Katoh D. Nakane
    • Organizer
      31st International Congress on High Speed Imaging and Photonics
    • Place of Presentation
      Hotel Hankyu Expo Park
    • Year and Date
      2016-11-07 – 2016-11-10
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Visualization of dynamics of motors in archaella and type IV pili system2016

    • Author(s)
      Takayuki Nishizaka
    • Organizer
      Current and Future Perspectives in Active Matter
    • Place of Presentation
      The University of Tokyo
    • Year and Date
      2016-10-28 – 2016-10-29
    • Invited
  • [Presentation] 光学顕微鏡技術の新展開:膜超分子モーターへの先進的な応用  シンポジウム「膜タンパク分子作動原理解明の新基軸」2016

    • Author(s)
      西坂崇之
    • Organizer
      第89回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      東北大学川内北キャンパス
    • Year and Date
      2016-09-25 – 2016-09-27
    • Invited

URL: 

Published: 2018-01-16  

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