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2018 Fiscal Year Annual Research Report

新規酵素の立体構造を基にした、有用酵素のマイニングと機能改良

Publicly Offered Research

Project AreaCreation of Complex Functional Molecules by Rational Redesign of Biosynthetic Machineries
Project/Area Number 17H05439
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

藤橋 雅宏  京都大学, 理学研究科, 助教 (10397581)

Project Period (FY) 2017-04-01 – 2019-03-31
Keywords結晶構造解析 / テルペン合成酵素 / ピロリン酸 / リン酸化酵素
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、特徴的な反応を触媒する2つの新規酵素、無機ピロリン酸(PPi)を用いてイノシトールをリン酸化する酵素PPi-IKや、炭素数25個以上のテルペンをプレニル二リン酸から合成する酵素BalTSについて、それぞれの立体構造を決定し、活性の鍵となる部分を見いだす。その情報を基に、関連する新しい酵素のマイニングや、テーターメード改良による「天然にない化合物の合成」ならびに「希少な生合成物質の安価な生産」を目指している。
PPi-IKについては、前年度までの研究結果であるPPi-IK/リン酸基供与体PPiのアナログ基質/リン酸基受容体イノシトールの三者複合体の結晶構造の精密化を完了させた。この結果と前年度までの結果を文献(Nagata et al. 2018)にまとめた。またこの三者複合体の結晶構造の分析により明らかになったPPi-IKの基質認識機構を基に、リン酸基受容基質の改変を目指した。その結果、野生型とは異なる生成物を与える改変型PPi-InsKを得ることができた。
BalTSについては文献(Fujihashi et al. 2018)でまとめた基質非結合型の結晶化手法を基盤に、基質結合型結晶を得ることを目指した。はじめに大きな疎水性部分をもつBalTS基質溶液を調製するための溶媒を検討した。その結果、20%のメタノールがBalTSと基質複合体の結晶を得るために適切であることがわかった。この条件で得た結晶の回折データを取得し、電子密度の分析を行ったところ、基質に相当する電子密度が得られた。現在構造の精密化を進めている。

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (15 results)

All 2019 2018

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (13 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 5 results)

  • [Journal Article] Identification of a pyrophosphate-dependent kinase and its donor selectivity determinants2018

    • Author(s)
      Nagata Ryuhei、Fujihashi Masahiro、Sato Takaaki、Atomi Haruyuki、Miki Kunio
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 9 Pages: 1765

    • DOI

      10.1038/s41467-018-04201-z

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] ATPでなくピロリン酸を利用する新規リン酸化酵素の基質認識機構2018

    • Author(s)
      永田 隆平, 藤橋 雅宏
    • Journal Title

      化学と生物

      Volume: 56 Pages: 779-780

    • DOI

      10.1271/kagakutoseibutsu.56.779

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Looking for novel pyrophosphate-dependent kinases based on crystallographic analysis2019

    • Author(s)
      Masahiro Fujihashi, Ryuhei Nagata, Takaaki Sato, Haruyuki Atomi, & Kunio Miki
    • Organizer
      2nd China-Japan Joint Symposium on Natural Product Biosynthesis
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] クラスIBテルペン合成酵素の基質認識機構の解析2019

    • Author(s)
      稲木隼人, 佐藤努, 保野陽子, 品田哲郎, 三木邦夫, 藤橋雅宏
    • Organizer
      2018年度量子ビームサイエンスフェスタ
  • [Presentation] クラスIBテルペン合成酵素の触媒反応の解析2019

    • Author(s)
      西智之, ステパノワ ラファエラ, 菅原啓, 上田大次郎, 藤橋雅宏, 三木邦夫, 保野陽子, 品田哲郎, 佐藤努
    • Organizer
      日本農芸化学会2019年度大会
  • [Presentation] 酵素の結晶構造解析とその利用2018

    • Author(s)
      藤橋雅宏
    • Organizer
      東大薬学部特別講演会
    • Invited
  • [Presentation] Large-terpene合成酵素の構造と機能2018

    • Author(s)
      藤橋雅宏, 佐藤努, 田中勇真, 山本大輔, 西智之, 上田大次郎, 村上瑞気, 保野陽子, 関原あい, 福和真, 品田哲朗, 三木邦夫
    • Organizer
      第18回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] Large-terpene合成酵素の酵素的諸性質の解析と部位特異的変異2018

    • Author(s)
      西智之, 菅原啓, 小川佳央, 高橋宏忠, 上田大次郎, 藤橋雅宏, 三木邦夫, 保野陽子, 品田哲郎, 佐藤努
    • Organizer
      第18回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 生合成酵素の立体構造とその利用2018

    • Author(s)
      藤橋雅宏
    • Organizer
      新潟大学 第三回技術セミナー
    • Invited
  • [Presentation] Determination and application of enzyme structure2018

    • Author(s)
      Masahiro Fujihashi
    • Organizer
      Scientific Symposium in Honor of Professor Emil F. Pai: Why Structure Matters
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Finding novel pyrophosphate-dependent kinases based on their donor selectivity determinants revealed by crystal structures2018

    • Author(s)
      Masahiro Fujihashi, Ryuhei Nagata, Takaaki Sato, Haruyuki Atomi, & Kunio Miki
    • Organizer
      2018 ACA annual meeting
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Large-terpene合成酵素の構造機能相関2018

    • Author(s)
      藤橋雅宏, 佐藤努, 田中勇真, 山本大輔, 西智之, 上田大次郎, 村上瑞気, 保野陽子, 関原あい, 福和真, 品田哲朗, 三木邦夫
    • Organizer
      第28回イソプレノイド研究会 例会
  • [Presentation] Bacillus属細菌由来テルペノイドのユニークな生合成経路の解析2018

    • Author(s)
      上田大次郎, 松ヶ根沙織, 西智之, 菅原啓, 岡本渉, 藤橋雅宏, 三木邦夫, 橋本昌征, 保野陽子, 品田哲郎, 佐藤努
    • Organizer
      第28回イソプレノイド研究会 例会
  • [Presentation] 全自動測定ビームタイムを使ってみて2018

    • Author(s)
      藤橋雅宏
    • Organizer
      第3回 タンパク質結晶構造解析ビームライン中級者向け講習会
    • Invited
  • [Presentation] 新規ファミリーに属するテルペン合成酵素の基質認識部位の同定2018

    • Author(s)
      稲木隼人, 佐藤努, 保野陽子, 品田哲郎, 三木邦夫, 藤橋雅宏
    • Organizer
      日本結晶学会 2018年度年会

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Published: 2020-03-17  

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