2018 Fiscal Year Annual Research Report

lncRNA-mRNAの相互作用ネットワークに基づくlncRNAの機能推定

Publicly Offered Research

Project Area	Neo-taxonomy of noncoding RNAs
Project/Area Number	17H05605
Research Institution	The University of Tokyo
Principal Investigator	福永津嵩東京大学, 大学院情報理工学系研究科, 助教 (80791433)
Project Period (FY)	2017-04-01 – 2019-03-31
Keywords	lncRNA / アルゴリズム / データベース
Outline of Annual Research Achievements	本研究の目的は、申請者が開発した超高速RNA-RNA相互作用予測ソフトウェアRIblastを用いて、機能未知の長鎖非翻訳RNA(lncRNA)の機能を情報科学的に推定することである。本年度の研究成果は次の通りである。(1) ヒト及びマウスのlncRNA-mRNA間の相互作用をRIblastを用いて網羅的に予測した結果を組織特異的発現データ及び細胞内局在データと統合したデータベースであるLncRRISearchについて、論文発表を行った。(Fukunaga et al. Frontiers in Genetics, 10, 462, (2019))(2) RIblastは現在でも世界最高速度のソフトウェアであるがpre-mRNAの相互作用予測を行いたい場合などにはらなる高速化が必要である。そこで、logやexpの近似計算法の導入および相互作用伸長時における枝刈りヒューリスティクスの導入により、精度を保持した状態でRIblastを２倍高速化する事に成功した。(3)ロチェスター医科大学のChang研究室らとの共同研究により、RIblastによる相互作用解析と遺伝子共発現解析を組み合わせることで、腎細胞がんの進行に関与するlncRNAであるlncTASR/AXLを同定した。本研究はすでに論文発表済みである(Shi et al. Oncogene, 39, 530-545, (2020))。
Research Progress Status	平成30年度が最終年度であるため、記入しない。
Strategy for Future Research Activity	平成30年度が最終年度であるため、記入しない。