疾患に関わる非AUG型上流ORFの情報工学的網羅同定法の開発

2018 Fiscal Year Annual Research Report

• Project Area: Nascent-chain Biology
• Project/Area Number: 17H05659
• Research Institution: Kanazawa University
• Principal Investigator: 高橋 広夫 金沢大学, 薬学系, 准教授 (30454367)
• Project Period (FY): 2017-04-01 – 2019-03-31
• Keywords: バイオインフォマティクス / データ科学 / 新生鎖 / uORF / 翻訳制御 / データベース横断解析 / データサイエンス / 上流ORF

Outline of Annual Research Achievements

上流ORF上の翻訳制御配列を網羅的に同定するために、コンピュータ解析による配列ビッグデータ横断解析に基づく情報工学的な方法論を確立し、ESUCA法と名付け、論文として発表した(Takahashi et al., , BMC Genomics, 2020)。ESUCA法の支援手法として、翻訳制御とタンパク質酵素活性配列のmicro syntenyを活用したクラスタリング手法を開発して、ESUCA法の出力結果をクラスタリングして、新生鎖による翻訳制御を類似性の高いホモロジーグループ(HG)に分類することが出来た。ESUCA法を5つの植物ゲノム(シロイヌナズナ、イネ、ポプラ、ブドウ、トマト)に応用することで、新規の翻訳制御配列を抽出し、100近くの新規HGを発見した。植物に関する11個のアレスト配列候補配列をルシフェラーゼによる実験的に検証することで、少なくとも5個アレスト配列を発見しこの成果を論文として発表することが出来た(Takahashi et al., , BMC Genomics, 2020)。さらに、完成させたESUCA法の非AUG(CTG, TTG, GTG, ACG, ATT, ATA, ATC)の対応化を行い、シロイヌナズナゲノムから、多数の新規非AUG型CPuORFを同定できた。これらの一部については、実験的に検証し、翻訳抑制非AUG型uORFも見つかっている。ヒトゲノムにも応用し、多数の新規非AUG型CPuORFを同定し、実験的に検証している。

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Research Products

• [Journal Article] The formation of perinucleolar bodies is important for normal leaf development and requires the zinc‐finger DNA‐binding motif in Arabidopsis ASYMMETRIC LEAVES2 (2020)
  • Author(s): Luo L., Ando S., Sakamoto Y., Suzuki T., Takahashi H., Ishibashi N., Kojima S., Kurihara D., Higashiyama T., Yamamoto K., Matsunaga S., Machida C., Sasabe M., Machida Y.
  • Journal Title: The Plant Journal Volume: 101 Pages: 1118-1134
  • DOI: 10.1111/tpj.14579
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Comprehensive genome-wide identification of angiosperm upstream ORFs with peptide sequences conserved in various taxonomic ranges using a novel pipeline, ESUCA (2020)
  • Author(s): Takahashi H., Hayashi N., Hiragori Y., Sasaki S., Motomura T., Yamashita Y., Naito S., Takahashi A., Fuse K., Satou K., Endo T., Kojima S., and Onouchi H.
  • Journal Title: BMC Genomics Volume: 21 Pages: 260
  • DOI: 10.1186/s12864-020-6662-5
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Excess sterols disrupt plant cellular activity by inducing stress-responsive gene expression (2020)
  • Author(s): Shimada T. L., Yamaguchi K., Shigenobu S., Takahashi H., Murase M., Fukuyoshi S., Hara-Nishimura I.
  • Journal Title: J. Plant Res. Volume: － Pages: －
  • DOI: 10.1007/s10265-020-01181-4
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Draft Genome Sequence of Aspergillus terreus High-Itaconic-Acid-Productivity Strain IFO6365 (2020)
  • Author(s): Takahashi H., Minami T., Okabe M., Park E.Y., Fujimoto T., Takahashi A., Murase M., Fukuyoshi S., Satou K., and Kanamasa S.
  • Journal Title: Microbiol. Resour. Announc. Volume: － Pages: －
  • DOI: 10.1128/MRA.00080-20
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Patient‐derived xenograft models of non‐small cell lung cancer for evaluating targeted drug sensitivity and resistance (2019)
  • Author(s): Kita K., Fukuda K., Takahashi H., Tanimoto A., Nishiyama A., Arai S., Takeuchi S., Yamashita K., Ohtsubo K., Otani S., Yanagimura N., Suzuki C., Ikeda H., Tamura M., Matsumoto I., Yano S.
  • Journal Title: Cancer Science Volume: 110 Pages: 3215-3224
  • DOI: 10.1111/cas.14171
• [Journal Article] Draft Genome Sequence of Saccharomyces cerevisiae Strain Pf-1, Isolated from Prunus mume (2019)
  • Author(s): Kanamasa Shin、Yamaguchi Daiki、Machida Chiyoko、Fujimoto Tsukasa、Takahashi Anna、Murase Masataka、Fukuyoshi Shuichi、Oda Akifumi、Satou Kenji、Takahashi Hiro
  • Journal Title: Microbiology Resource Announcements Volume: 8 Pages: e01169-19
  • DOI: 10.1128/MRA.01169-19
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Draft Genome Sequence of Aspergillus terreus High-Itaconic-Acid-Productivity Mutant TN-484 (2019)
  • Author(s): Kanamasa S., Minami T., Okabe M., Park E.Y., Fujimoto T., Takahashi A., Murase M., Fukuyoshi S., Oda A., Satou K., and Takahashi H.
  • Journal Title: Microbiology Resource Announcements Volume: 8 Pages: e01170-19
  • DOI: 10.1128/MRA.01170-19
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] SIMON: Simple methods for analyzing DNA methylation by targeted bisulfite next-generation sequencing (2019)
  • Author(s): Vial-Pradel S., Hasegawa Y., Nakagawa A., Miyaki S., Machida Y., Kojima S., Machida C., Takahashi H.
  • Journal Title: Plant Biotechnology Volume: 36 Pages: 213-222
  • DOI: 10.5511/plantbiotechnology.19.0822a
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] バイオインフォマティクスによる配列データベース横断解析に基づく機能上流ORFの推定 (2019)
  • Author(s): 高橋広夫・伊藤素行・尾之内均
  • Journal Title: 生物工学会誌 Volume: 97 Pages: 496-499
• [Journal Article] Arabidopsis Zinc-Finger-Like Protein ASYMMETRIC LEAVES2 (AS2) and Two Nucleolar Proteins Maintain Gene Body DNA Methylation in the Leaf Polarity Gene ETTIN (ARF3) (2018)
  • Author(s): Vial-Pradel S., Keta S., Nomoto M., Luo L., Takahashi H., Suzuki M., Yokoyama Y., Sasabe M., Kojima S., Tada Y., Machida Y., and Machida C.
  • Journal Title: Plant and Cell Physiology Volume: 59 Pages: 1385-1397
  • DOI: 10.1093/pcp/pcy031
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Draft Genome Sequence of Saccharomyces cerevisiae Strain Hm-1, Isolated from Cotton Rosemallow (2018)
  • Author(s): Takahashi H., Sakagawa E., Sakakibara I., Machida C., Miyaki S., Takahashi A., Onai S., Fukuyoshi S., Ohta A., Satou K., and Kanamasa S.
  • Journal Title: Microbiology Resource Announcements Volume: 7 Pages: e01184-18
  • DOI: 10.1128/MRA.01184-18
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Draft Genome Sequence of Trebouxiophyceae sp. Strain KSI-1, Isolated from an Island Hot Spring (2018)
  • Author(s): Takahashi H., Tanaka S., Hayashi S., Miyaki S., Takahashi A., Onai S., Fukuyoshi S., and Miyasaka H.
  • Journal Title: Microbiology Resource Announcements Volume: 7 Pages: e01185-18
  • DOI: 10.1128/MRA.01185-18
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Presentation] ゲノムのジャンク領域における機能領域予測とその実験的検証 (2020)
  • Author(s): 本村汰一朗・宮木至道・林憲哉・尾之内均・伊藤素行・高橋広夫
  • Organizer: 第48回東海ファジィ研究会
• [Presentation] 植物間で保存された翻訳調節に関与する非AUG型uORFのゲノムワイド探索 (2020)
  • Author(s): 平郡雄太・高橋広夫・林憲哉・佐々木駿・山下由衣・内藤哲・尾之内均
  • Organizer: 第61回日本植物生理学会年会
• [Presentation] 過剰なステロール蓄積が植物の生理機能に与える影響 (2020)
  • Author(s): 島田貴士・重信秀治・山口勝司・高橋広夫・福吉修一・上田貴志・西村いくこ
  • Organizer: 第61回日本植物生理学会年会
• [Presentation] シロイヌナズナのAS2が関わる葉の向背軸分化とAS2の標的遺伝子のDNAメチル化における核小体タンパク質の役割の解明 (2020)
  • Author(s): 町田千代子・日比野哲紀・三谷恭平・水谷優斗・ヴィアルプラデルシモン・高橋広夫・小島晶子・町田泰則
  • Organizer: 第61回日本植物生理学会年会
• [Presentation] 上流ORFの新生ペプチドを含む翻訳複合体が細胞内のマグネシウム濃度を感知して翻訳を制御する (2020)
  • Author(s): 林憲哉・佐々木駿・平郡雄太・Feng Zhihang・藤原徹・渡部敏裕・町田幸大・今高寛晃・高橋広夫・山下由衣・内藤哲・尾之内均
  • Organizer: 第61回日本植物生理学会年会
• [Presentation] 上流ORFの新生ペプチドを含む翻訳複合体が細胞内のマグネシウム濃度を感知して翻訳を制御する (2019)
  • Author(s): 林憲哉・佐々木駿・平郡雄太・Feng Zhihang・藤原徹・高橋広夫・山下由衣・内藤哲・尾之内均
  • Organizer: 第60回日本植物生理学会年会
• [Presentation] シロイヌナズナのAS2を介した葉の発生に関わるサイトカイニン合成酵素遺伝子の解析 (2019)
  • Author(s): 小島晶子・西本珠美・香田加那・石橋菜々子・小嶋美紀子・高橋広夫・榊原均・町田泰則・町田千代子
  • Organizer: 第60回日本植物生理学会年会
• [Presentation] 選択的スプライシングと上流ORFによる翻訳制御を介した植物の核小体ストレス応答機構 (2019)
  • Author(s): 佐々木駿・工藤凛・笹原大暉・高橋広夫・渡部俊・大林祝・杉山宗隆・内藤哲・尾之内均
  • Organizer: 第60回日本植物生理学会年会
• [Presentation] シロイヌナズナのzinc-finger-like protein AS2が関わる葉の向背軸分化とDNA メチル化における核小体タンパク質の役割の解明 (2019)
  • Author(s): 鈴木雅貴・ヴィアルプラデルシモン・高橋広夫・杉山宗隆・氣多澄江・小島晶子・町田泰則・町田千代子
  • Organizer: 第60回日本植物生理学会年会
• [Presentation] 翻訳制御上流ORFのバイオインフォマティクスによる推定と実験的検証 (2019)
  • Author(s): 宮木至道・林憲哉・尾之内均・伊藤素行・高橋広夫
  • Organizer: 日本遺伝学会第91回大会
• [Presentation] 葉にオイルボディを過剰蓄積するシロイヌナズナ変異体lipid rich 1の解析 (2019)
  • Author(s): 山口萌・重信秀治・山口勝司・高橋広夫・福吉修一・島田貴士
  • Organizer: 第32回植物脂質シンポジウム
• [Presentation] 植物ステロール過剰蓄積が及ぼす植物体への影響 (2019)
  • Author(s): 島田貴士・重信秀治・山口勝司・高橋広夫・福吉修一・上田貴志・西村いくこ
  • Organizer: 第32回植物脂質シンポジウム
• [Presentation] 植物間で保存された翻訳調節に関与する非AUG型uORFのゲノムワイド探索 (2019)
  • Author(s): 平郡雄太・高橋広夫・林憲哉・佐々木駿・山下由衣・内藤哲・尾之内均
  • Organizer: 第42回日本分子生物学会年会
• [Presentation] Development of bioinformatics methods and their applications: from plant to medical sciences (2019)
  • Author(s): Takahashi H., Machida C., Muto M., Kojima S., Itoh M., Onouchi H., and Sasaki H.
  • Organizer: International Conference for Leading and Young Medical Scientists - IC-LYMS 2019 -
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Roles of Nucleolar Proteins and Zinc-Finger Protein ASYMMETRIC LEAVES2 in establishment of leaf adaxial-abaxial polarity in Arabidopsis thaliana (2019)
  • Author(s): Machida C., Vial-Pradel S., Nomoto M., Takahashi H., Kojima S., Tada Y and Machida Y.
  • Organizer: Plant Organ Growth Symposium
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Epigenetic role of zinc-finger protein AS2 and nucleolar proteins in the specification of the adaxial cell fate of leaves in Arabidopsis thaliana (2019)
  • Author(s): Machida C., Ando S., Sakamoto Y., Matsunaga S., Kurihara D., Higashiyama T., Takahashi H., Kojima S., Machida Y.
  • Organizer: 第42回日本分子生物学会年会
  • Invited
• [Presentation] Zebrafish behavior pattern recognition using three-dimensional tracking and machine learning (2018)
  • Author(s): Yang P., Kajiwara R., Takahashi H., Itoh M.
  • Organizer: The 24th Japanese medaka and zebrafish meeting (第24回小型魚類研究会)
• [Presentation] Arabidopsis zinc-finger-like protein ASYMMETRIC LEAVES2 (AS2) bound exon 1 of ETTIN (ARF3) and maintain gene body DNA methylation in ETTIN together with nucleolar proteins (2018)
  • Author(s): Vial-Pradel S., Nomoto M., Takahashi H., Ando S., Suzuki M., Kojima S., Tada Y., Machida Y., Machida C.
  • Organizer: 日本植物学会第82回大会
• [Presentation] がんオミックスデータに基づく治療前診断・治療標的探索 (2018)
  • Author(s): 高橋広夫・武藤学・佐々木博己
  • Organizer: 化学工学会 第50回秋季大会
• [Presentation] シロイヌナズナの葉の極性確立においてAS1-AS2とTOP1αはETTIN (ARF3)を介してCDKインヒビターを抑制する (2018)
  • Author(s): 町田千代子・中川彩美・高橋広夫・ビアループラデル シモン・山川 美里・小島晶子・町田泰則
  • Organizer: 第41回日本分子生物学会年会
• [Presentation] Arabidopsis zinc-finger-like protein ASYMMETRIC LEAVES2 (AS2) bound exon 1 of ETTIN (ARF3) and maintain gene body DNA methylation in ETTIN together with nucleolar proteins (2018)
  • Author(s): Vial Pradel S., Nomoto M., Takahashi H., Ando S., Suzuki M., Kojima S., Tada Y., Machida Y., Machida C.
  • Organizer: 第41回日本分子生物学会年会
• [Presentation] Bioinformatic identification method of evolutional ranges for functional small peptides on genomes (2018)
  • Author(s): Takahashi H., Hayashi N., Takahashi A., Onouchi H.
  • Organizer: The 2nd edition of Biotech France 2018 International Conference and Exhibition -Biotech France 2018-
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Arabidopsis zinc-finger-like protein ASYMMETRIC LEAVES2 (AS2) binds exon 1 of ETTIN(ARF3) and maintains gene body DNA methylation in ETTIN together with nucleolar proteins (2018)
  • Author(s): Vial-Pradel S., Nomoto M., Takahashi H., Ando S., Suzuki M., Kojima S., Tada Y., Machida Y., Machida C.
  • Organizer: EMBO Workshop "New shores in land plant"
  • Int'l Joint Research
• [Remarks] 高橋広夫研究室
  • URL: https://www.takahashi-lab.com/