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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Systematic data science for virus-eco-sphia

Publicly Offered Research

Project AreaNeo-virology: the raison d'etre of viruses
Project/Area Number 17H05819
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

岩見 真吾  九州大学, 理学研究院, 准教授 (90518119)

Project Period (FY) 2017-04-01 – 2019-03-31
Keywords数理モデル / 定量的データ解析 / インフルエンザ
Outline of Annual Research Achievements

病原体の適応度地形は宿主の免疫応答により変化し、宿主の集団免疫は流行する病原体により変化する(ウイルスエコ・スフィアー)。次世代シークエンサーの登場とバイオインフォマティクス手法の発展により塩基配列解読のスループットは飛躍的に向上し、配列データの活用はウイルス学の幅広い分野において標準的となっている。しかし、ウイルスが生物の生命活動に及ぼす影響を定量的に理解するためには、さらなる異分野との融合を果たした生命現象に普遍的な進化動態を定量的に解析する数理科学基盤の開発が求められている。ここでは、集団遺伝学的な手法を用いて、インフルエンザの進化動態を分析できるシミュレータを開発した。まず、A/U/G/Cからなる1047塩基の配列を持つインフルエンザ親株をコンピュータ内で変異させ子孫プールを作る。そして、各子孫株の適応度を宿主集団の免疫状態及び親株との類似性などの要因を計算し、適応度に応じて翌年の流行株を選ぶ。この操作を繰り返し計算する事でインフルエンザ進化をシミュレートできる。ここで、塩基配列は認識領域と保存領域の2つの領域を持つと考え、変異の入る部分により適応度が変化すると仮定した。また、遺伝子配列には病原体と宿主の進化的攻防の歴史が刻まれている。そこで、宿主免疫にさらされるヘマグルチニンの遺伝子配列をdN/dS解析を実施して、進化のサインを検出した。今後は、、BEASTなどの既存のソフトウェアで集団遺伝学的解析および分子系統解析によって配列の進化速度や淘汰圧の定量化を進める。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

配列進化シミュレータから生成したA/T/G/Cの4文字からなる疑似配列を利活用して、ウイルスと宿主の共進化を分析できる点は前例がなく独創的である。膨大な組み合わせの進化経路を全て実験解析から探索し、「進化ルール」を見つけ出すことは不可能であるが、計算機実験と進化理論による大規模な擬似配列データ解析を援用することで達成されるからである。

Strategy for Future Research Activity

実データの背後に潜む法則性や基本原理を知るためには、実データを生み出すシステムの非線形ダイナミクスを知る必要がある。膨大な組み合わせの進化経路を全て実験解析から探索し、「進化ルール」を見つけ出すことは不可能であるが、計算機実験と進化理論による大規模な擬似配列データ解析を援用することで達成していく。

  • Research Products

    (12 results)

All 2019 2018 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 6 results) Presentation (3 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] INSERM(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      INSERM
  • [Int'l Joint Research] UNSW(オーストリア)

    • Country Name
      AUSTRIA
    • Counterpart Institution
      UNSW
  • [Int'l Joint Research] ICL(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      ICL
  • [Journal Article] Epidermal growth factor receptor is a host-entry cofactor triggering hepatitis B virus internalization2019

    • Author(s)
      Iwamoto Masashi、Saso Wakana、Sugiyama Ryuichi、Ishii Koji、Ohki Mio、Nagamori Shushi、Suzuki Ryosuke、Aizaki Hideki、Ryo Akihide、Yun Ji-Hye、Park Sam-Yong、Ohtani Naoko、Muramatsu Masamichi、Iwami Shingo、Tanaka Yasuhito、Sureau Camille、Wakita Takaji、Watashi Koichi
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: in press Pages: in press

    • DOI

      10.1073/pnas.1811064116

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Mathematical Analysis of a Transformed ODE from a PDE Multiscale Model of Hepatitis C Virus Infection2019

    • Author(s)
      Kitagawa Kosaku、Kuniya Toshikazu、Nakaoka Shinji、Asai Yusuke、Watashi Koichi、Iwami Shingo
    • Journal Title

      Bulletin of Mathematical Biology

      Volume: 81 Pages: 1427~1441

    • DOI

      10.1007/s11538-018-00564-y

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Quantitative Immunology by Data Analysis Using Mathematical Models2019

    • Author(s)
      Iwanami Shoya、Iwami Shingo
    • Journal Title

      Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology

      Volume: 2 Pages: 984~992

    • DOI

      10.1016/B978-0-12-809633-8.20250-1

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dynamics of HIV-1 coinfection in different susceptible target cell populations during cell-free infection2018

    • Author(s)
      Ito Yusuke、Tauzin Alexandra、Remion Azaria、Ejima Keisuke、Mammano Fabrizio、Iwami Shingo
    • Journal Title

      Journal of Theoretical Biology

      Volume: 455 Pages: 39~46

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2018.06.025

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] A PDE multiscale model of hepatitis C virus infection can be transformed to a system of ODEs2018

    • Author(s)
      Kitagawa Kosaku、Nakaoka Shinji、Asai Yusuke、Watashi Koichi、Iwami Shingo
    • Journal Title

      Journal of Theoretical Biology

      Volume: 448 Pages: 80~85

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2018.04.006

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Malaria incidences in South Africa linked to a climate mode in southwestern Indian Ocean2018

    • Author(s)
      Behera Swadhin K.、Morioka Yushi、Ikeda Takayoshi、Doi Takeshi、Ratnam Jayanthi V.、Nonaka Masami、Tsuzuki Ataru、Imai Chisato、Kim Yoonhee、Hashizume Masahiro、Iwami Shingo、Kruger Philip、Maharaj Rajendra、Sweijd Neville、Minakawa Noboru
    • Journal Title

      Environmental Development

      Volume: 27 Pages: 47~57

    • DOI

      10.1016/j.envdev.2018.07.002

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Quantifying antiviral activity optimizes drug combinations against hepatitis C virus infection2018

    • Author(s)
      Shingo Iwami
    • Organizer
      ECMTB2018
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] PKPDVD modeling for multi-drug treatment on HCV infection2018

    • Author(s)
      Shingo Iwami
    • Organizer
      KSIAM2018
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Characterizing SHIV infection in vitro and in vivo2018

    • Author(s)
      Shingo Iwami
    • Organizer
      SMB&JSMB2018
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2019-12-27  

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