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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Study of viral variability and taxonomy by giant virus structures

Publicly Offered Research

Project AreaNeo-virology: the raison d'etre of viruses
Project/Area Number 17H05825
Research InstitutionNational Institute for Physiological Sciences

Principal Investigator

村田 和義  生理学研究所, 脳機能計測・支援センター, 准教授 (20311201)

Project Period (FY) 2017-04-01 – 2019-03-31
Keywords巨大ウイルス / 電子顕微鏡 / 構造
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、昨今相次いで発見される巨大ウイルスにスポットを当て、その構造を電子顕微鏡を使って詳細に観察し、それを既知のものと合わせて比較分類することによって構造学的な系統進化地図を作成する。巨大ウイルスは、自己以外のゲノムを多く含み、内部構造や触手や口のような外部器官を持つものもあり、全体としてはバクテリアや細胞核に近いような構造を形成している。しかし、その詳細な全体構造がわかっているものは少なく、その正体は未だ謎に包まれている。本課題では特に、巨大ウイルスの詳細な全体構造を低温電子顕微鏡を用いて高分解能に解析し、さらに、巨大ウイルス粒子の形成過程を超高圧電顕トモグラフィーを用いて解析する。そして、これまで主としてゲノムの比較によって行われてきた系統進化研究に新しい知見を与える。
これまでに、1)巨大ウイルスの高分解能構造解析として、巨大ウイルス「ピソウイルス」「メルボルンウイルス」「トーキョーウイルス」の低温電子顕微鏡による構造解析を行い、2)大型ファージ「XacN1」の構造解析として、XacN1の高分解能低温電子顕微鏡像を多数撮影し、頭部は正二十面体対称性を、尾部はらせん対称性を過程してそれぞれ構造解析を行った。そして、3)新種「メデューサウイルス」形成過程の構造解析として、新種の正二十面体巨大ウイルス「メデューサウイルス」の低温電子顕微鏡単粒子解析を行うとともに、宿主アメーバ内での粒子形成過程を樹脂包埋切片により観察した。
これらの結果をもとに、ウイルス形態に基づく比較分類を開始し、系統進化地図を作成を行っている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

1)巨大ウイルスの構造解析: 巨大ウイルス「ピソウイルス」「メルボルンウイルス」「トーキョーウイルス」の低温電子顕微鏡による構造解析を行った。「ピソウイルス」の構造解析では、(1)粒子のサイズが多様(1,530±230 nm)で、(2)表面を低密度物質で覆われており、(3)粒子内を区画する膜状の構造が見られた。同属の「メルボルンウイルス」および「トーキョーウイルス」では、(1)核膜に包まれたウイルスゲノムがさらにT=304の巨大な正二十面体キャプシドタンパク質で覆われていること、(2)我々がLDB(Large and density body)と名付けたリボソームと同等のサイズの粒子を核質の中に1つ含むことを明らかにした。
2)大型ファージ「XacN1」の構造解析: XacN1の高分解能低温電子顕微鏡像を多数撮影し、頭部は正二十面体対称性を、尾部はらせん対称性を過程してそれぞれ構造解析を行った。頭部は各5回対称軸の頂点に短い突起構造を持つことがわかった。
以上、研究はおおむね計画通り進展している。

Strategy for Future Research Activity

1)巨大正二十面体ウイルス「トーキョーウイルス」については、超高圧クライオ電子顕微鏡を用いて高分解能電子顕微鏡像を多数収集し、サブナノメートル分解能での構造解析を行う。このことによって巨大正二十面体粒子の形成機構を明らかにする。
2)大型ファージ「XacN1」については、尾部の先端構造、尾部と頭部をつなぐ構造も含めて、さらに高分解能の構造解析を進め、巨大ファージ全体の構造基盤およびウイルスゲノムの保持、放出機構を明らかにする。
3)新種の「メデューサウイルス」については、低温電子顕微鏡単粒子解析によってキャプシドの構造を高分解能で明らかにするとともに、ウイルスを感染させたアメーバの径時的に固定した試料の樹脂包埋切片の観察から、まだ明らかになっていないウイルスゲノムのキャプシドへのパッケージングの瞬間を捉える。
本研究によって得られたウイルスの詳細な構造を既知のウイルス構造も含めて比較分類し、構造学的な系統進化地図を作成し、現在主流となっているゲノムによる系統進化地図と比較する。

  • Research Products

    (16 results)

All 2018 2017 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 4 results) Presentation (6 results) (of which Invited: 4 results) Book (1 results) Remarks (2 results)

  • [Int'l Joint Research] ウプサラ大学(スウェーデン)

    • Country Name
      SWEDEN
    • Counterpart Institution
      ウプサラ大学
  • [Int'l Joint Research] エクス=マルセイユ大学(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      エクス=マルセイユ大学
  • [Journal Article] クライオ電子顕微鏡によるタンパク質の動的構造解析2018

    • Author(s)
      ソン チホン, 村田 和義
    • Journal Title

      J. Comput. Chem.Japan

      Volume: 17(1) Pages: 38-45

    • DOI

      https://doi.org/10.2477/jccj.2018-0007

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Cryo-EM structure of a Marseilleviridae virus particle reveals a large internal microassembly2018

    • Author(s)
      Okamoto K, Miyazaki N, Reddy HKN., Hantke MF, Maia FRNC., Larsson DSD, Abergel C, Claverie JM, Hajdu J, Murata K, Svenda M
    • Journal Title

      Virology

      Volume: 516 Pages: 239-245

    • DOI

      10.1016/j.virol.2018.01.021

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] 巨大ウイルスの構造解析:クライオ電子顕微鏡の新たな挑戦,特集「クライオ電子顕微鏡で見えた生命のかたちとしくみ」2018

    • Author(s)
      岡本健太,村田和義
    • Journal Title

      実験医学

      Volume: 36 Pages: 1344-1348

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Cryo-electron microscopy for structural analysis of dynamic biological macromolecules2017

    • Author(s)
      Murata K, Wolf M
    • Journal Title

      Biochim Biophys Acta

      Volume: 1862(2) Pages: 324-334

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2017.07.020

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural variability and complexity of the giant Pithovirus sibericum particle revealed by high-voltage electron cryo-tomography and energy-filtered electron cryo-microscopy2017

    • Author(s)
      Okamoto K, Miyazaki N, Song C, Maia FRNC, Reddy HKN, Abergel C, Claverie J-M, Hajdu J, Svenda M, Murata K
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 7 Pages: 13291

    • DOI

      10.1038/s41598-017-13390-4

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Structural analysis of Pithovirus sibericum by Cryo-EM2018

    • Author(s)
      Kazuyoshi Murata
    • Organizer
      第12回日本ゲノム微生物学会年会
    • Invited
  • [Presentation] 温泉の底質泥から分離した新規巨大ウイルスA canthamoeba castellanii medusavirusの形態学的・ゲノム科学的研究2017

    • Author(s)
      武村 政春、吉川 元貴、Chihong Song、望月 智弘、Romain Blanc-Mathieu、村田 和義、緒方 博之
    • Organizer
      2017年度生命科学系学会合同年次大会
    • Invited
  • [Presentation] ピソウイルスのクライオ電子顕微鏡による構造解析2017

    • Author(s)
      村田 和義、宮崎 直幸、ソン チホン、岡本 健太
    • Organizer
      2017年度生命科学系学会合同年次大会
    • Invited
  • [Presentation] クライオ電子顕微鏡による生体分子の構造解析2017

    • Author(s)
      村田和義
    • Organizer
      医学生物学電子顕微鏡技術研究会第33回学術講演会
    • Invited
  • [Presentation] 温泉の底質泥から分離した新規巨大ウイルスについて2017

    • Author(s)
      武村政春、Chihong Song、望月智弘、吉川元貴、Romain Blanc-Mathieu、緒方博之、村田和義
    • Organizer
      環境微生物系学会合同大会2017
  • [Presentation] 巨大ウイルス群NCLDVに属する新規ウイルスOVのゲノム解析2017

    • Author(s)
      吉川元貴、Romain Blanc-Mathieu、望月智弘、Chihong Song、村田和義、緒方博之、武村政春
    • Organizer
      環境微生物系学会合同大会2017
  • [Book] ライフサイエンス顕微鏡学ハンドブック 「超高圧電子顕微鏡」2018

    • Author(s)
      山科正平・高田邦昭 責任編集 / 牛木辰男 ・臼倉治郎 ・岡部繁男 ・高松哲郎 ・寺川進 ・藤本豊士 編 / 村田和義 他 著
    • Total Pages
      344
    • Publisher
      朝倉書店
    • ISBN
      978-4-254-31094-8
  • [Remarks] 世界最大のウイルス「ピソウイルス」の詳細な構造を低温電子顕微鏡で解析

    • URL

      http://www.nips.ac.jp/release/2017/11/post_352.html

  • [Remarks] クライオ電子顕微鏡によるマルセイユ科巨大ウイルスの構造解析

    • URL

      http://www.nips.ac.jp/nips_research/2018/02/post_208.html

URL: 

Published: 2018-12-17   Modified: 2022-05-18  

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