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2018 Fiscal Year Annual Research Report

NMRによる細胞生理活性と細胞内蛋白質構造の解析

Publicly Offered Research

Project AreaNovel measurement techniques for visualizing 'live' protein molecules at work
Project/Area Number 17H05873
Research InstitutionYokohama National University

Principal Investigator

児嶋 長次郎  横浜国立大学, 大学院工学研究院, 教授 (50333563)

Project Period (FY) 2017-04-01 – 2019-03-31
KeywordsNMR / 蛋白質 / 立体構造
Outline of Annual Research Achievements

本研究では生きている細胞内の蛋白質の立体構造を決定するNMR技術の開発を目的としている。具体的には、化学シフト帰属・NOE帰属・構造計算の3つのステップを一体的に自動最適化する全自動NMR構造解析プラットフォームと、細胞内で安定な還元耐性スピンラべル試薬およびキレート試薬を用いた新規NMR測定解析技術を開発し、研究代表者らが開発・整備を進めてきた独自のアミノ酸選択標識技術や本研究で開発する世界最先端のNMR技術・装置を組み合わせることで、生きている細胞内の蛋白質の立体構造を決定するIn-cell NMR技術の確立を目指した。また、様々な細胞状態下でIn-cell NMRスぺクトルを測定し、細胞の活動状態とNMRスぺクトルを相関させることでIn-cell NMR法を細胞生理活性の検出法として整備することも目的とした。
平成30年度は、平成29年度から継続して生きている細胞内での蛋白質の立体構造を決定するための基礎技術課題、(1)NMR統合解析プラットフォームMagROの開発と、(2)還元耐性スピンラベル試薬およびキレート試薬を用いたNMR測定解析技術の開発、を進めるとともに、独自のアミノ酸選択標識技術などと組み合わせ、(3)生きている細胞内での蛋白質の立体構造決定と、(4)In-cell NMR法による細胞生理活性の検出法の開発、に取り組んだ。特筆すべき成果として、大腸菌の系でIn-cell NMRスペクトルと増殖曲線に強い相関があることを見出し、In-cell NMR法が細胞の生理活性を鋭敏に反映する良い手法であることを示すことに成功した。

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (10 results)

All 2018 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 5 results) Presentation (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 3 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Goethe University Frankfurt(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      Goethe University Frankfurt
  • [Journal Article] Noise peak filtering in multi-dimensional NMR spectra using convolutional neural networks2018

    • Author(s)
      Kobayashi Naohiro、Hattori Yoshikazu、Nagata Takashi、Shinya Shoko、Guentert Peter、Kojima Chojiro、Fujiwara Toshimichi
    • Journal Title

      Bioinformatics

      Volume: 34 Pages: 4300~4301

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/bty581

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] NMR spectroscopic characterization of a model RNA duplex reflecting the core sequence of hammerhead ribozymes2018

    • Author(s)
      Hattori Yoshikazu、Yamanaka Daichi、Morioka Saori、Yamaguchi Taishi、Tomonari Honoka、Kojima Chojiro、Tanaka Yoshiyuki
    • Journal Title

      Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids

      Volume: 37 Pages: 383~396

    • DOI

      10.1080/15257770.2018.1473877

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Phosphoinositide binding by the PH domain in ceramide transfer protein (CERT) is inhibited by hyperphosphorylation of an adjacent serine-repeat motif2018

    • Author(s)
      Sugiki Toshihiko、Egawa Daichi、Kumagai Keigo、Kojima Chojiro、Fujiwara Toshimichi、Takeuchi Koh、Shimada Ichio、Hanada Kentaro、Takahashi Hideo
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 293 Pages: 11206~11217

    • DOI

      10.1074/jbc.RA118.002465

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Amino Acid Selective 13C Labeling and 13C Scrambling Profile Analysis of Protein α and Side-Chain Carbons in Escherichia coli Utilized for Protein Nuclear Magnetic Resonance2018

    • Author(s)
      Sugiki Toshihiko、Furuita Kyoko、Fujiwara Toshimichi、Kojima Chojiro
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 57 Pages: 3576~3589

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.8b00182

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The Helix Rearrangement in the Periplasmic Domain of the Flagellar Stator B Subunit Activates Peptidoglycan Binding and Ion Influx2018

    • Author(s)
      Kojima Seiji、Takao Masato、Almira Gaby、Kawahara Ikumi、Sakuma Mayuko、Homma Michio、Kojima Chojiro、Imada Katsumi
    • Journal Title

      Structure

      Volume: 26 Pages: 590~598.e5

    • DOI

      10.1016/j.str.2018.02.016

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 創薬 NMR 技術の開発とその植物生理学分野への応用2018

    • Author(s)
      児嶋長次郎
    • Organizer
      日本蛋白質科学会第18回年会
    • Invited
  • [Presentation] NMR tools developed for protein-drug and protein-protein interaction studies2018

    • Author(s)
      Chojiro Kojima
    • Organizer
      The 6th International Symposium on Drug Discovery and Design by NMR
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 植物構造生物学研究と創薬2018

    • Author(s)
      児嶋長次郎
    • Organizer
      植物科学シンポジウム 2018
    • Invited
  • [Remarks] Kojima Lab top page

    • URL

      http://nmrlab.ynu.ac.jp/labotop.php

URL: 

Published: 2019-12-27  

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