2017 Fiscal Year Annual Research Report
初期神経発生過程に生じる体細胞変異の頻度とパターンの解析
Publicly Offered Research
| Project Area | Integrative research toward elucidation of generative brain systems for individuality |
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| Project/Area Number |
17H05954
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| Research Institution | Kumamoto University |
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Principal Investigator |
岩本 和也 熊本大学, 大学院生命科学研究部(医), 教授 (40342753)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | poly(I:C) / トランスポゾン |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、精神疾患動物モデルを用い、初期神経発生過程で生じる体細胞変異について頻度やパターンをエクソーム解析から明らかにすることを目的とする。精神疾患動物モデルとして、poly(I：C)投与妊娠マウスを用い、仔の脳神経系を対象とした解析を行う。本年度は、次年度以降の多数例のサンプル解析時の最適なシークエンシング条件の設定を行うことを目的とした。
妊娠マウスへのpoly(I:C)投与は、申請者らが既に確立した、レトロトランスポゾンLINE-1のコピー数が安定して増加する条件を用いて投与した。poly(I:C)投与妊娠マウスから得られた出産直後の仔マウスの前頭葉部位および心臓組織や尻尾組織などからゲノムDNAを抽出し、トランスポゾンLINE-1のコピー数定量を行い、最も顕著に前頭葉でのLINE-1コピー数増加を示した個体を選んだ。
選んだ個体由来の前頭葉ゲノムDNAを超高深度エクソーム解析に供した。エクソーム解析は、アジレント社のマウス用エクソーム解析プラットフォーム（SureSelect Mouse All Exon Kit）を用い、SureSelect XT HS Target Enrichment Sysmtem（アジレント社）プロトコールに従い、分子バーコード付加条件下で次世代シークエンス用ライブラリーを調整した。調整したサンプルは、Illumina社のHiSeq2500を用いたシークエンスを行い、約18億リード、総計約183Gbのシークエンス情報を得た。現在、quality controlを行った後、マウスゲノムへのマッピングおよび変異検出を行っている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
超高深度解析のためのシークエンスデータ取得に成功した。
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| Strategy for Future Research Activity |
得られたシークエンスデータについて詳細な検討を行い、限られた個体数ではあるが顕著にゲノム変異が生じている個体について体細胞変異のランドスケープを明らかにし、以後の多数例解析のための実験条件の設定を行っていく。
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[Journal Article] DNA methylation analyses of the candidate genes identified by a methylome-wide association study revealed common epigenetic alterations in schizophrenia and bipolar disorder2018
Author(s)
Sugawara H, Murata Y, Ikegame T, Sawamura R, Shimanaga S, Takeoka Y, Saito T, Ikeda M, Yoshikawa A, Nishimura F, Kawamura Y, Kakiuchi C, Sasaki T, Iwata N, Hashimoto M, Kasai K, Kato T, Bundo M, Iwamoto K
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Journal Title
Psychiatry and Clinical Neurosciences
Volume: 72
Pages: 245-254
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Identification of somatic mutations in postmortem human brains by whole genome sequencing and their implications for psychiatric disorders.2018
Author(s)
Nishioka M, Bundo M, Ueda J, Katsuoka F, Sato Y, Kuroki Y, Ishii T, Ukai W, Murayama S, Hashimoto E, Nagasaki M, Yasuda J, Kasai K, Kato T, Iwamoto K
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Journal Title
Psychiatry and Clinical Neurosciences
Volume: 72
Pages: 280-294
DOI
Peer Reviewed / Open Access
