• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2019 Fiscal Year Annual Research Report

超高密度環境でロバスト性と汎 用性を実現した多物体追跡の研 究開発と応用

Publicly Offered Research

Project AreaResonance Biology for Innovative Bioimaging
Project/Area Number 18H04738
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

備瀬 竜馬  九州大学, システム情報科学研究院, 准教授 (00644270)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2020-03-31
Keywordsバイオイメージインフォマティクス / 細胞トラッキング / 画像情報学 / 深層学習
Outline of Annual Research Achievements

生体内・組織内における分子・細胞レベルでの静止画像・動画像・4D(3D+時間)画像の観測による生命現象の解明に関する研究において,細胞挙動情報の定量化は非常に重要である.昨年度から研究開発を進めている「対象物体が超高密度で大量分布している環境においてロバスト性と汎用性を実現する多物体追跡技術」をさらに発展させた.
昨年度までに開発した「細胞尤度マップの位置推定手法」及び「フレーム間細胞対応付けスコアの算出手法」(医療画像解析分野のトップ国際会議MICCAI2019(採択率:30%)に採択)を用いた細胞トラッキングは従来手法より高精度を達成したが,検出と対応付けを独立で行っており,その一貫性が保証できないという課題があった.そこで,細胞位置推定と対応付けを同時に表現及び学習可能なCNNを提案し,さらに高精度なトラッキングを可能とした.この内容は,コンピュータビジョン分野のトップ国際会議であるCVPR2020(採択率:22%)において高評価を獲得し,口頭発表として採択されている.また,昨年度に提案した移動尤度結果と周辺の細胞の配置情報から細胞分裂を推定する「細胞分裂イベントの尤度推定手法」の研究開発を進め,顕微鏡画像解析に特化したCVPR Workshop(CVMI2019)におけるオープンデータによるコンテストで,長年同タスクの研究開発を行っているチームが多数参加する中,世界2位となった.
開発した自動細胞トラッキング技術が位相差像,微分干渉像等の複数種の顕微鏡画像で広く機能することを確認し,様々なバイオ研究に展開できる状況にした.積極的に,研究成果を発表することで,バイオ研究者との新たな共同研究の開始につなげた.

Research Progress Status

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (9 results)

All 2020 2019

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results)

  • [Journal Article] MPM: Joint Representation of Motion and Position Map for Cell Tracking2020

    • Author(s)
      J. Hayashida, K. Nishimura and R. Bise
    • Journal Title

      IEEE CVPR, 2020.(oral, to be appeared, acceptance rate:22%)

      Volume: NA Pages: pp.1-10

    • DOI

      https://arxiv.org/abs/2002.10749

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Cell Tracking with Deep Learning for Cell Detection and Motion Estimation in Low-Frame-Rate2019

    • Author(s)
      J. Hayashida, and R. Bise
    • Journal Title

      MICCAI2019, 2019, (top conference in medial image analysis, early acceptance rate:16%)

      Volume: 1 Pages: pp.397-405

    • DOI

      https://doi.org/10.1007/978-3-030-32239-7_44

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 細胞の移動軌跡推定による低フレームレート動画像下における細胞トラッキング2019

    • Author(s)
      林田純弥, 備瀬竜馬
    • Organizer
      パターン認識・メディア理解研究会(PRMU),oral, 2019年5月
  • [Presentation] 時系列3D CNN回帰モデル による細胞分裂認識2019

    • Author(s)
      西村和也, 林田純弥, 備瀬竜馬
    • Organizer
      パターン認識・メディア理解研究会(PRMU),oral, 2019年9月
  • [Presentation] 細胞位置及び細胞対応付け同時学習CNNによる細胞追跡2019

    • Author(s)
      林田純弥, 西村和也, 備瀬竜馬
    • Organizer
      パターン認識・メディア理解研究会(PRMU),oral, 2019年10月
  • [Presentation] 細胞挙動推定による低フレームレート動画像下における細胞トラッキング2019

    • Author(s)
      林田 純弥, 備瀬 竜馬
    • Organizer
      画像の認識・理解シンポジウム MIRU2019. (Short Oral)
  • [Presentation] Cell Tracking with CNN for Cell Detection and Association2019

    • Author(s)
      Junya Hayashida, Ryoma Bise
    • Organizer
      In Joint Workshop on Machine Perception and Robotics, Japan, November 2019
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Deep learning for cell segmentation with less annotation2019

    • Author(s)
      Nishimura Kazuya, Dai Fei Elmer Ker, Ryoma Bise
    • Organizer
      In Resonance Bio International Symposium, Japan, November 2019
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Cell Tracking by estimating cell motions for high-throughput screening2019

    • Author(s)
      Junya Hayashida, Ryoma Bise
    • Organizer
      In Resonance Bio International Symposium, Japan, November 2019.

URL: 

Published: 2021-01-27  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi