2019 Fiscal Year Annual Research Report
Statistical modeling for cross-cutting understanding of life phenomena
Publicly Offered Research
| Project Area | Transomic Analysis of Metabolic Adaptation |
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| Project/Area Number |
18H04798
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
島村 徹平 名古屋大学, 医学系研究科, 教授 (00623943)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | マルチオミクス / ベイズモデリング / メタボローム / フローサイトメトリー / 一細胞解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
著しく変動する外界の環境変化に応じて、細胞は代謝経路を流動的に調整することで生体内の恒常性を維持しているが、その詳細な分子機構は未解明のままである。本研究課題では、さまざまなオミクスの階層横断的な情報統合を行い、代謝アダプテーションの分子機序を解明するための統計的モデリング技術を開発する。また、計画班との有機的な連携のもと、代謝アダプテーションへの知見と理解を深め、階層横断的な情報統合を行う数理アプローチによる知識発見・仮説生成から生命科学のイノベーションを創出する情報解析基盤の構築を目指す。令和元年度は以下の進展があった。①時系列一細胞解析のためのクラスタリング手法の開発：一細胞時系列フローサイトメトリーデータから、細胞集団と集団時系列推移を同時に同定するためのベイズモデリング技術を開発し、シミュレーションデータおよび実データで、開発技術の有用性を示した。②栄養飢餓耐性に寄与するがん代謝物の発見：マルチオミクス解析により、低栄養状態のがん組織において、栄養飢餓の中でも特にグルタミンの欠乏が、がんの悪性化に関わることを示した。また、がん細胞がグルタミンの欠乏に対して特異的にがん代謝物（オンコメタボライト）を蓄積して飢餓耐性を獲得するメカニズムとともに、ある特定のがん代謝物が患者予後に相関することを明らかにするとともに、代謝制御に基づく新たながん治療法の可能性を示すなどの成果を得た。
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| Research Progress Status |
令和元年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和元年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Journal Article] Coordinated demethylation of H3K9 and H3K27 is required for rapid inflammatory responses of endothelial cells.2020
Author(s)
Higashijima Y, Matsui Y, Shimamura T, Nakaki R, Nagai N, Tsutsumi S, Abe Y, Link VM, Osaka M, Yoshida M, Watanabe R, Tanaka T, Taguchi A, Miura M, Ruan X, Li G, Inoue T, Nangaku M, Kimura H, Furukawa T, Aburatani H, Wada Y, et al.
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Journal Title
EMBO J
Volume: 39(7)
Pages: e103949
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Phosphoethanolamine Accumulation Protects Cancer Cells under Glutamine Starvation through Downregulation of PCYT2.2019
Author(s)
Osawa T, Shimamura T, Saito K, Hasegawa Y, Ishii N, Nishida M, Ando R, Kondo A, Anwar M, Tsuchida R, Hino S, Sakamoto A, Igarashi K, Saitoh K, Kato K, Endo K, Yamano S, Kanki Y, Matsumura Y, Minami T, Tanaka T, Anai M, et al.
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Journal Title
Cell Rep
Volume: 29(1)
Pages: 89-103
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Replication stress triggers microsatellite destabilization and hypermutation leading to clonal expansion in vitro.2019
Author(s)
Matsuno Y, Atsumi Y, Shimizu A, Katayama K, Fujimori H, Hyodo M, Minakawa Y, Nakatsu Y, Kaneko S, Hamamoto R, Shimamura T, Miyano S, Tsuzuki T, Hanaoka F, Yoshioka KI.
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Journal Title
Nat Commun
Volume: 10(1)
Pages: 3925
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Distinct methylation levels of mature microRNAs in gastrointestinal cancers.2019
Author(s)
Konno M, Koseki J, Asai A, Yamagata A, Shimamura T, Motooka D, Okuzaki D, Kawamoto K, Mizushima T, Eguchi H, Takiguchi S, Satoh T, Mimori K, Ochiya T, Doki Y, Ofusa K, Mori M, Ishii H.
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Journal Title
Nat Commun
Volume: 10(1)
Pages: 3888
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Meflin-Positive Cancer-Associated Fibroblasts Inhibit Pancreatic Carcinogenesis.2019
Author(s)
Mizutani Y, Kobayashi H, Iida T, Asai N, Masamune A, Hara A, Esaki N, Ushida K, Mii S, Shiraki Y, Ando K, Weng L, Ishihara S, Ponik SM, Conklin MW, Haga H, Nagasaka A, Miyata T, Matsuyama M, Kobayashi T, Fujii T, Yamada S, et al.
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Journal Title
Cancer Res
Volume: 79(20)
Pages: 5367-5381
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Pathogenic Epigenetic Consequences of Genetic Alterations in IDH-Wild-Type Diffuse Astrocytic Gliomas.2019
Author(s)
Ohka F, Shinjo K, Deguchi S, Matsui Y, Okuno Y, Katsushima K, Suzuki M, Kato A, Ogiso N, Yamamichi A, Aoki K, Suzuki H, Sato S, Arul Rayan N, Prabhakar S, Goke J, Shimamura T, Maruyama R, Takahashi S, Suzumura A, Kimura H, Wakabayashi T, et al.
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Journal Title
Cancer Res
Volume: 79(19)
Pages: 4814-4827
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Divergent lncRNA MYMLR regulates MYC by eliciting DNA looping and promoter-enhancer interaction.2019
Author(s)
Kajino T, Shimamura T, Gong S, Yanagisawa K, Ida L, Nakatochi M, Griesing S, Shimada Y, Kano K, Suzuki M, Miyano S, Takahashi T.
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Journal Title
EMBO J
Volume: 38(17)
Pages: e98441
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Regnase-1-mediated post-transcriptional regulation is essential for hematopoietic stem and progenitor cell homeostasis.2019
Author(s)
Kidoya H, Muramatsu F, Shimamura T, Jia W, Satoh T, Hayashi Y, Naito H, Kunisaki Y, Arai F, Seki M, Suzuki Y, Osawa T, Akira S, Takakura N.
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Journal Title
Nat Commun
Volume: 10(1)
Pages: 1072
DOI
Peer Reviewed
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