2019 Fiscal Year Annual Research Report
空間トランスオミクス技術の開発
Publicly Offered Research
| Project Area | Transomic Analysis of Metabolic Adaptation |
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| Project/Area Number |
18H04802
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
大川 恭行 九州大学, 生体防御医学研究所, 教授 (80448430)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | エピゲノム / オミクス / トランスクリプトーム / ローカライゾーム |
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| Outline of Annual Research Achievements |
独自に開発した1細胞レベル且つ固定化した細胞・組織切片上で解析可能な新たなクロマチン構造解析技術ChILseq法(Nat Cell Biol. 2018：責任著者)を更に発展させ、トランスクリプトームを同時解析する手法の確立を目指した。具体的には独自に開発した1細胞レベル且つ固定化した細胞・組織切片上で解析可能な新たなクロマチン構造解析技術ChILseq法(Nat Cell Biol. 2018：責任著者)を更に発展させ、トランスクリプトームを同時解析する手法の確立を行った。更に、トランスクリプトーム、エピゲノム、プロテオームの３つの情報を加えた空間トランスオミクス技術の開発を行った。
エピゲノム情報は、組織切片を予めChILT法、プロテオーム情報はCITEseqと同様のアプローチながらChILseq用プローブを発展的に改変した手法によりデータ取得を試みた。エピゲノム情報をpolyARNAに置換させておき、トランスクリプトーム取得時に同時に獲得に成功した。本法はChILseq2.0と命名し、予備検討に成功、現在論文発表準備を進めている。一方で、エピゲノム、プロテオーム情報を取得する手法については現在公開準備を進めている。またプロテオーム解析については、用いる抗体の数がボトルネックとなるため、現在利用可能な抗体数を最大化する新たなモノクローナル抗体開発法の確立を進めた（論文発表準備中）。また、空間オミクスは、１分子FISHを取り入れた新たな解析法の確立を進めた。ChILseq2.0については実データ取得を既に行い現在共同研究を進めている。
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| Research Progress Status |
令和元年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和元年度が最終年度であるため、記入しない。
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Research Products
(20 results)
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[Journal Article] Sustained expression of HeyL is critical for the proliferation of muscle stem cells in overloaded muscle.2019
Author(s)
Fukuda S, Kaneshige A, Kaji T, Noguchi YT, Takemoto Y, Zhang L, Tsujikawa K, Kokubo H, Uezumi A, Maehara K, Harada A, Ohkawa Y, Fukada SI
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Journal Title
Elife
Volume: 8
Pages: e48284
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] The Eleanor ncRNAs activate the topological domain of the ESR1 locus to balance against apoptosis.2019
Author(s)
Abdalla MOA, Yamamoto T, Maehara K, Nogami J, Ohkawa Y, Miura H, Poonperm R, Hiratani I, Nakayama H, Nakao M, Saitoh N
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Journal Title
Nat Commun.
Volume: 10
Pages: 3778
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Regulation of ectopic heterochromatin-mediated epigenetic diversification by the JmjC family protein Epe1.2019
Author(s)
Sorida M, Hirauchi T, Ishizaki H, Kaito W, Shimada A, Mori C, Chikashige Y, Hiraoka Y, Suzuki Y, Ohkawa Y, Kato H, Takahata S, Murakami Y
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Journal Title
PLoS Genet.
Volume: 15
Pages: e1008129
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] CLEC3A, MMP7, and LCN2 as novel markers for predicting recurrence in resected G1 and G2 pancreatic neuroendocrine tumor.2019
Author(s)
Miki M, Oono T, Fujimori N, Takaoka T, Kawabe K, Miyasaka Y, Ohtsuka T, Saito D, Nakamura M, Ohkawa Y, Oda Y, Suyama M, Ito T, Ogawa Y
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Journal Title
Cancer Med.
Volume: 8
Pages: 3748-3760
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Macrophage centripetal migration drives spontaneous healing process after spinal cord injury.2019
Author(s)
Kobayakawa K, Ohkawa Y, Yoshizaki S, Tamaru T, Saito T, Kijima K, Yokota K, Hara M, Kubota K, Matsumoto Y, Harimaya K, Ozato K, Masuda T, Tsuda M, Tamura T, Inoue K, Edgerton VR, Iwamoto Y, Nakashima Y, Okada S
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Journal Title
Sci Adv.
Volume: 5
Pages: eaav5086
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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