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2018 Fiscal Year Annual Research Report

光合成複合体間の連係プレイにおける構造基盤の解明

Publicly Offered Research

Project AreaCreation of novel light energy conversion system through elucidation of the molecular mechanism of photosynthesis and its artificial design in terms of time and space
Project/Area Number 18H05153
Research InstitutionIbaraki University

Principal Investigator

大友 征宇  茨城大学, 理工学研究科(理学野), 教授 (10213612)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2020-03-31
Keywords光合成 / 電子伝達 / 光電変換
Outline of Annual Research Achievements

本研究は、天然光合成の初期過程における集光・電荷分離と電子移動間の連係プレイ(Interplay)に関するものである。これらの素機能を担う光捕集複合体LH1、反応中心RC、水溶性電子伝達タンパク質HiPIPと膜内チトクロム(Cyt) bc1を研究対象とし、LH1-RC、HiPIPとCyt bc1からなる光捕集・電荷分離・電子伝達の3機能を併せもつ超分子複合体の共結晶化と構造解析を行い、これらの複合体間において機能調節を司る相互作用の構造基盤の解明を目指す。
本年度はまずHiPIPとLH1-RCの単離精製および特性評価を行った。好熱性紅色硫黄光合成細菌Thermochromatium tepidum由来のHiPIPを水溶性画分から、LH1-RCを膜画分からそれぞれ単離できた。吸収スペクトル、SDS-PAGEおよびMALDI-TOF/MSの測定結果から両タンパク質とも高純度に精製され、HiPIPは還元状態であることを確認した。次に、HiPIPとLH1-RCの共結晶化を行った。精製されたHiPIPとLH1-RCを界面活性剤を含む溶液でバッファー置換と濃縮を行い、HiPIPとLH1-RCを各種モル比で混合し、シッティングドロップ法とオイルバッチ法で結晶化を行った。約2週間後に一部の条件下で結晶の形成が確認されたが、MALDI-TOF/MS測定ではpHやHiPIPの割合によって結晶中に含まれるHiPIPの組成にバラツキがあった。有望と見られる結晶を回折実験で調べたところ、タンパク質が単独に存在する場合に得られた結晶と比べて、空間群や格子定数に変化が現れたことからHiPIPとLH1-RCとの共結晶が形成されたことを示唆した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本補助金を受ける前から通常の菌体培養から各種タンパク質の精製、特性評価までの手法を確立し、各種予備実験などを行ってきたため、本研究課題をスムーズに開始することができた。1年目の今年はHiPIPとLH1-RCの単離精製および特性評価までは順調に行ったものの、共結晶化条件のスクリーニングと共結晶形成の確認に予想以上の時間と労力がかかった。最終的には、協力研究者たちとの努力によって膨大な条件の組合せの中からかなり限られた条件まで絞り込むことができた。まだ結果の再現性などを確認する必要があり、これができ次第、速やかに成果を学会発表と国際学術論文誌を通して社会に発信する予定である。以上のことを総合的に判断した結果、上記の評価とした。

Strategy for Future Research Activity

現状では、共結晶化条件の更なる最適化が必要である。具体的に、pH、金属イオンの種類と濃度、沈殿剤PEGのサイズ、界面活性剤、温度、バッファーの種類などを調整して、得られる結晶の回折分解能で判断する。これと同時に共結晶の構造解析を開始する予定である。既存のLH1-RCの高分解能構造を用いて分子置換を行い、結合部位と考えられるところにHiPIPに対応する電子密度の有無を確認する。一方、LH1-RCとHiPIPとの相互作用を裏付けるために等温滴定マイクロカロリメトリーと赤外分光FT-IR測定を行う。これらの手法によって相互作用における熱力学的パラメータ(結合定数、化学量論比、Gibbs自由エネルギー、エントロピー、エンタルピーなど)と相互作用する界面における構造変化を調べることができる。

  • Research Products

    (13 results)

All 2019 2018 Other

All Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Peer Reviewed: 8 results) Presentation (4 results) (of which Invited: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Phospholipid distributions in purple phototrophic bacteria and LH1-RC core complexes2019

    • Author(s)
      Nagatsuma S.、Gotou K.、Yamashita T.、Yu L.-J.、Shen J.-R.、Madigan M.T.、Kimura Y.、Wang-Otomo Z.-Y.
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics

      Volume: 1860 Pages: 461~468

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2019.04.001

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Properties and structure of a low-potential, penta-heme cytochrome c552 from a thermophilic purple sulfur photosynthetic bacterium Thermochromatium tepidum2019

    • Author(s)
      Chen, J.-H., Yu, L.-J., Boussac, A., Wang-Otomo, Z.-Y. Kuang, T. & Shen, J.-R.
    • Journal Title

      Photosynth. Res.

      Volume: 139 Pages: 281-293

    • DOI

      10.1007/s11120-018-0507-y

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structure of photosynthetic LH1?RC supercomplex at 1.9 A resolution2018

    • Author(s)
      Yu Long-Jiang、Suga Michihiro、Wang-Otomo Zheng-Yu、Shen Jian-Ren
    • Journal Title

      Nature

      Volume: 556 Pages: 209~213

    • DOI

      10.1038/s41586-018-0002-9

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Biochemical and Spectroscopic Characterizations of a Hybrid Light-Harvesting Reaction Center Core Complex2018

    • Author(s)
      Kimura Yukihiro、Hashimoto Kanako、Akimoto Seiji、Takenouchi Mizuki、Suzuki Kengo、Kishi Rikako、Imanishi Michie、Takenaka Shinji、Madigan Michael T.、Nagashima Kenji V. P.、Wang-Otomo Zheng-Yu
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 57 Pages: 4496~4503

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.8b00644

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Novel features of LH1-RC from Thermochromatium tepidum revealed from its atomic resolution structure2018

    • Author(s)
      Yu Long-Jiang、Suga Michihiro、Wang-Otomo Zheng-Yu、Shen Jian-Ren
    • Journal Title

      The FEBS Journal

      Volume: 285 Pages: 4359~4366

    • DOI

      10.1111/febs.14679

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cooperative Photoprotection by Multicompositional Carotenoids in the LH1 Antenna from a Mutant Strain of Rhodobacter sphaeroides2018

    • Author(s)
      Yu Jie、Tan Li-Ming、Kawakami Tomoaki、Wang Peng、Fu Li-Min、Wang-Otomo Zheng-Yu、Zhang Jian-Ping
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 122 Pages: 8028~8036

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.8b06080

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] New Insights into the Mechanism of Uphill Excitation Energy Transfer from Core Antenna to Reaction Center in Purple Photosynthetic Bacteria2018

    • Author(s)
      Tan Li-Ming、Yu Jie、Kawakami Tomoaki、Kobayashi Masayuki、Wang Peng、Wang-Otomo Zheng-Yu、Zhang Jian-Ping
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      Volume: 9 Pages: 3278~3284

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.8b01197

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Orientation assignment of LH2 and LH1-RC complexes from Thermochromatium tepidum reconstituted in PC liposome and their ultrafast excitation dynamics comparison between in artificial and in natural chromatophores2018

    • Author(s)
      Dai Ling、Tan Li-Ming、Jiang Yang-Lin、Shi Ying、Wang Peng、Zhang Jian-Ping、Otomo Zheng-Yu
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters

      Volume: 705 Pages: 78~84

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2018.05.043

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Where is the quinone gate in purple photosynthetic bacterial LH1-RC complex?2018

    • Author(s)
      大友 征宇
    • Organizer
      日本生物物理学会大会
    • Invited
  • [Presentation] Origin of the anomalous uphill energy gap in the light-harvesting reaction center from purple photosynthetic bacterium strain 9702018

    • Author(s)
      今西三千絵, 小林正幸, 竹中慎治, M. T. Madigan,大友征宇, 木村行宏
    • Organizer
      日本生物物理学会大会
  • [Presentation] BChl bをもつ好熱性紅色非硫黄細菌Blastochloris tepida由来LH-RCの特性評価2018

    • Author(s)
      川上知朗、鈴木駿平、本田舞、竹之内瑞貴、高市真一、塚谷祐介、木村行宏、M. T. Madigan、大友征宇
    • Organizer
      日本光合成学会
  • [Presentation] 963 nmにQy遷移をもつ紅色細菌Thiorhodovibrio strain 970由来LH1-RCの特性評価2018

    • Author(s)
      竹之内瑞貴, 川上知朗, 高市真一, 木村行宏, Michael T. Madigan, Jorg Overmann,大友征宇
    • Organizer
      日本光合成学会
  • [Remarks] 大友研ホームページ

    • URL

      http://biophys.sci.ibaraki.ac.jp

URL: 

Published: 2019-12-27  

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