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2018 Fiscal Year Annual Research Report

ダイナミクス・エナジェティクス融合による光合成水分解反応機構の解明

Publicly Offered Research

Project AreaCreation of novel light energy conversion system through elucidation of the molecular mechanism of photosynthesis and its artificial design in terms of time and space
Project/Area Number 18H05155
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

石北 央  東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (00508111)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2020-03-31
Keywords人工光合成 / photosystem II / プロトン移動 / 電子移動 / 水分解・酸素発生
Outline of Annual Research Achievements

植物などが行う天然光合成における水分解酸素発生反応は蛋白質photosystem II (PSII)で行われる。PSII水分解反応機構を理論化学的手法でアプローチする際には、この応募者も含めて、Mn4CaO5部位の量子化学的手法から水分解反応中間体のエナジェティクスを解析することで迫ることがほぼ定石であった。結果として、既に多くの水分解反応機構が提唱されているが、その中から妥当な反応機構を確定するには、裏付けに必要な「決定打」が必要である。水分解反応機構が妥当であるなら、「基質水分子の供給経路」(基質)、「酸素分子の排出経路」(主生成物)、「プロトン移動経路」(副産物)の3つの経路はMn4CaO5中の反応サイト1点で交わるはずである。この条件こそ、反応機構を確定するための「決定打」と本研究提案者は考えた。本研究では、PSII蛋白質全体の構造情報を最大限に有効利用すべく、分子動力学的手法と量子化学的手法を融合し「基質水分子の供給経路」、「酸素分子の排出経路」を解析・同定した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

本研究成果をまとめて多数の論文発表を行った。それらはMn4CaO5錯体および電子移動経路の電位に関するもの(Mandal et al., J. Phys. Chem. Lett. 11 (2020) 249)、励起エネルギー移動(Tamura et al. J. Phys. Chem. Lett. 10 (2019) 7623)、さらに分子動力学計算におけるプロトン移動と水分子移動の解析(Sakashita et al. Phys. Chem. Chem. Phys. (2020) in press)等、当初の目標として掲げた光合成反応の全領域にまたがり、PSII光誘起水分解反応を統合的に理解するという目標を達成している。また研究成果をGordon Research Conference(2019年7月)で講演した。

Strategy for Future Research Activity

反応中心における電荷分離反応と水分解反応の関連は、明らかになっていないものの、おそらく存在すると考えられる。その謎に迫るべく、電子移動反応尾解析にも注力する。

  • Research Products

    (16 results)

All 2020 2019 2018

All Journal Article (9 results) (of which Peer Reviewed: 9 results,  Open Access: 3 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 7 results)

  • [Journal Article] Vectorial Proton Transport Mechanism of RxR, a Phylogenetically Distinct and Thermally Stable Microbial Rhodopsin2020

    • Author(s)
      Kojima Keiichi、Ueta Tetsuya、Noji Tomoyasu、Saito Keisuke、Kanehara Kanae、Yoshizawa Susumu、Ishikita Hiroshi、Sudo Yuki
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 10 Pages: 282

    • DOI

      10.1038/s41598-019-57122-2

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Redox Potential of the Oxygen-Evolving Complex in the Electron Transfer Cascade of Photosystem II2019

    • Author(s)
      Mandal Manoj、Kawashima Keisuke、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      Volume: 11 Pages: 249~255

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.9b02831

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Long-Range Exciton Diffusion via Singlet Revival Mechanism2019

    • Author(s)
      Tamura Hiroyuki、Azumaya Koki、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      Volume: 10 Pages: 7623-7628

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.9b03029

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mechanism of protonation of the over-reduced Mn4CaO5 cluster in photosystem II2019

    • Author(s)
      Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics

      Volume: 1860 Pages: 148059~148059

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2019.148059

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] O2 evolution and recovery of the water-oxidizing enzyme2018

    • Author(s)
      Kawashima Keisuke、Takaoka Tomohiro、Kimura Hiroki、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 9 Pages: 1247

    • DOI

      10.1038/s41467-018-03545-w

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Energetic insights into two electron transfer pathways in light-driven energy-converting enzymes2018

    • Author(s)
      Kawashima Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      Chemical Science

      Volume: 9 Pages: 4083~4092

    • DOI

      10.1039/C8SC00424B

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Selective Removal of B800 Bacteriochlorophyll a from Light-Harvesting Complex 2 of the Purple Photosynthetic Bacterium Phaeospirillum molischianum2018

    • Author(s)
      Saga Yoshitaka、Hirota Keiya、Matsui Sayaka、Asakawa Hitoshi、Ishikita Hiroshi、Saito Keisuke
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 57 Pages: 3075~3083

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.8b00259

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mechanism of Radical Formation in the H-Bond Network of D1-Asn298 in Photosystem II2018

    • Author(s)
      Kawashima Keisuke、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 57 Pages: 4997~5004

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.8b00574

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Mutational analysis of the conserved carboxylates of anion channelrhodopsin-2 (ACR2) expressed in <i>Escherichia coli</i> and their roles in anion transport2018

    • Author(s)
      Kojima Keiichi、C. Watanabe Hiroshi、Doi Satoko、Miyoshi Natsuki、Kato Misaki、Ishikita Hiroshi、Sudo Yuki
    • Journal Title

      Biophysics and Physicobiology

      Volume: 15 Pages: 179~188

    • DOI

      10.2142/biophysico.15.0_179

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Proton transfer in photosystem II2019

    • Author(s)
      Hiroshi Ishikita
    • Organizer
      Gordon Research Conference
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Proton transfer and electron transfer in the same protein electrostatic environment2019

    • Author(s)
      石北 央
    • Organizer
      第19回日本蛋白質科学会年会
    • Invited
  • [Presentation] 基礎的な分子化学からタンパク質内反応を理解する2019

    • Author(s)
      石北 央
    • Organizer
      第46回生体分子科学討論会
    • Invited
  • [Presentation] 実験結果ありきではない蛋白質分子の理論研究をめざして2018

    • Author(s)
      石北 央
    • Organizer
      理研シンポジウム 計算で物事を理解する予測する
    • Invited
  • [Presentation] Electron and proton transfer reactions in photosynthetic reaction centers2018

    • Author(s)
      Hiroshi Ishikita
    • Organizer
      10th symposium on Discovery, Fusion, Creation of New Knowledge by Multidisciplinary Computational Sciences: CCS International Symposium 2018
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Redox potentials of cofactors in electron transfer branches in photosynthetic reaction centers2018

    • Author(s)
      Hiroshi Ishikita
    • Organizer
      光合成反応中心の構築および作動原理:キノンは必須か
    • Invited
  • [Presentation] Molecular structure and function of photosystem II2018

    • Author(s)
      Hiroshi Ishikita
    • Organizer
      1st Asia-Oceania International Congress on Photosynthesis
    • Invited

URL: 

Published: 2021-01-27  

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