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2020 Fiscal Year Annual Research Report

タイプ1光合成生物のシトクロム複合体と反応中心の始原型共役反応機構

Publicly Offered Research

Project AreaNew Photosynthesis : Reoptimization of the solar energy conversion system
Project/Area Number 19H04724
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

大岡 宏造  大阪大学, 全学教育推進機構, 教授 (30201966)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2021-03-31
Keywords光合成 / 反応中心 / シトクロムbc複合体 / 電子伝達 / X線結晶構造解析 / NMR / 緑色イオウ細菌 / ヘリオバクテリア
Outline of Annual Research Achievements

1.ヘリオバクテリア反応中心の結晶化・構造解析:ヘリオバクテリア反応中心のコアタンパクについては、ようやく空間群R32結晶(結晶学的非対称)の高分解能解析(分解能2.28Å)が終了した。2つの構造が最終的に得られ(Form 1とForm 2)、さらにForm 2のキノン結合部位周辺には2つのconformers(立体構造異性体; molAとmolB)が観察された。一方、ヘリオバクテリア反応中心は電子供与体としてシトクロムc(PetJ)、末端電子受容体としてFA/FBタンパク(PshB)をサブユニットとしてもつ複合体であるが、反応中心の可溶化・精製段階で容易に外れてしまうことが分かっている。そこでPetJおよびPshBの大腸菌による大量発現系を構築し、X線結晶構造解析に取り組んだ。さらに複合体としての分子構築の情報を得るためにCryo電顕による解析も進めたところ、コアタンパクにPshBを結合させた複合体についてはデータ取得に成功した。コアタンパクにPetJサブユニットを結合させた複合体も、現在、解析中である。
2.緑色イオウ細菌のRieske/cyt b型シトクロム複合体の可溶化・精製の検討:b-DDM以外の界面活性剤を試みた結果、コール酸・b-OGの混合界面活性剤による可溶化が最も効率よいことが判明した。
3.電子伝達タンパク質の分子間相互作用のNMR解析: これまでのRieske/cyt bシトクロム複合体とcyt c-556との分子間相互作用の解析から、Rieske の[2Fe-2S]クラスター近傍の相互作用部位が同定された。この構造情報をもとにドッキングモデルを構築したところ、水溶性タンパク質の電子伝達で見られるような静電的な長距離相互作用は必要ではなく、近接タンパク質間に生じる非極性相互作用により電子伝達に適した配向が実現することが明らかとなった。

Research Progress Status

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (23 results)

All 2023 2022 2021 2020 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 1 results) Presentation (16 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Soluble domains of cytochrome c-556 and Rieske iron?sulfur protein from Chlorobaculum tepidum: Crystal structures and interaction analysis2023

    • Author(s)
      Kishimoto Hiraku、Azai Chihiro、Yamamoto Tomoya、Mutoh Risa、Nakaniwa Tetsuko、Tanaka Hideaki、Miyanoiri Yohei、Kurisu Genji、Oh-oka Hirozo
    • Journal Title

      Current Research in Structural Biology

      Volume: 5 Pages: 100101~100101

    • DOI

      10.1016/j.crstbi.2023.100101

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Purification of Emu IgY for Therapeutic and Diagnostic Use Based on Monoclonal Secondary Antibodies Specific to Emu IgY2022

    • Author(s)
      Yamaki Kouya、Ohta Kiyoe、Kobayashi Norihiro、Morita Izumi、Kiguchi Yuki、Oyama Hiroyuki、Ito Ken、Nanbo Asuka、Oh-oka Hirozo、Koyama Yutaka、Kawata Yoshiki、Fujisawa Hirotaka、Ohta Mitsuhiro
    • Journal Title

      Biological and Pharmaceutical Bulletin

      Volume: 45 Pages: 1022~1026

    • DOI

      10.1248/bpb.b22-00220

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Energy transfer fluctuation observed by single-molecule spectroscopy of red-shifted bacteriochlorophyll in the homodimeric photosynthetic reaction center2022

    • Author(s)
      Kondo Toru、Mutoh Risa、Arai Shun、Kurisu Genji、Oh-oka Hirozo、Fujiyoshi Satoru、Matsushita Michio
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 156 Pages: 105102~105102

    • DOI

      10.1063/5.0077290

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Photosynthesis | Green Bacteria: Energy Transfer and Electron Transport2021

    • Author(s)
      Oh-oka Hirozo、Harada Jiro、Azai Chihiro
    • Journal Title

      Reference Module in Life Sciences

      Volume: 1 Pages: 333~351

    • DOI

      10.1016/B978-0-12-819460-7.00031-1

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Energy transfer and primary charge separation upon selective femtosecond excitation at 810 nm in the reaction center complex from Heliobacterium modesticaldum2020

    • Author(s)
      Kojima Risa、Yamamoto Hayata、Azai Chihiro、Uragami Chiasa、Hashimoto Hideki、Kosumi Daisuke、Oh-oka Hirozo
    • Journal Title

      Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry

      Volume: 401 Pages: 112758~112758

    • DOI

      10.1016/j.jphotochem.2020.112758

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ヘリオバクテリア光合成反応中心のドナー/アクセプター側における反応特性2023

    • Author(s)
      小島理沙,浅井智広,牧野祐希,川本晃大,栗栖源嗣,大岡宏造
    • Organizer
      第64回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] Energy transfer reaction upon carotenoids excitation in the photosynthetic reaction center of heliobacteria2022

    • Author(s)
      R. Kojima, M. Kida, D. Kosumi and H. Oh-oka
    • Organizer
      The 18th International Congress of Photosynthesis Research
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Energy transfer fluctuation in the photosynthetic reaction center2022

    • Author(s)
      T. Kondo, R. Mutoh, S. Arai, G. Kurisu, H. Oh-oka, S. Fujiyoshi and M. Matsushita
    • Organizer
      The 18th International Congress of Photosynthesis Research
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Exciton states on the type-I reaction center of the green sulfur bacterium Chlorobaculum tepidum studied by genetic manipulation of bacteriochlorophyll a and the structure-based theoretical modeling2022

    • Author(s)
      C. Azai, H. Oh-oka, H. Kitoh-Nishioka, A. Kimura and S. Itoh
    • Organizer
      The 18th International Congress of Photosynthesis Research
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Charge separation induced by a lower-energy bacteriochlorophyll in the reaction center complex of Heliobacterium modesticaldum2022

    • Author(s)
      R. Kojima, K. Hinago, H. Oh-oka, D. Kosumi, Y. Nagasawa and C. Azai
    • Organizer
      17th International Symposium on Phototrophic Prokaryotes
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Structure-function relationships between the Rieske/cytb complex and c-type cytochromes in photosynthetic green sulfur bacteria2022

    • Author(s)
      H. Kishimoto, R. Kawanami, C. Azai, R. Mutoh, H. Tanaka, Y. Miyanoiri,G. Kurisu and H. Oh-oka
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Analysis of excitation energy transfer of carotenoids in the reaction center of heliobacteria with femto-second pump-probe spectroscopy2022

    • Author(s)
      R. Kojima, M. Kida, D. Kosumi, H. Oh-oka
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 嫌気性緑色硫黄細菌におけるRieske/cytb複合体とc型シトクロムとの構造機能相関の解析2022

    • Author(s)
      岸本拓、浅井智広、武藤梨沙、田中秀明、宮ノ入洋平、栗栖源嗣、大岡宏造
    • Organizer
      第63回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] ヘリオバクテリア光合成反応中心におけるカロテノイド励起後のエネルギー移動反応解析2022

    • Author(s)
      小島理沙、野原大暉、浅井智広、小澄大輔、大岡宏造
    • Organizer
      第63回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] Structure-function relationships between the Rieske/cytb complex and c-type cytochromes in anaerobic photosynthetic green sulfur bacteria2021

    • Author(s)
      H. Kishimoto, C. Azai, R. Mutoh, H. Tanaka, Y. Miyanoiri,G. Kurisu and H. Oh-oka
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 細菌と植物のもつ多様な光合成I 型反応中心の光捕集機能に関する比較2021

    • Author(s)
      木村明洋、鬼頭宏任、浜口祐、米倉功治、川上恵典、菓子野康浩、浅井智広、大岡宏造、伊藤繁
    • Organizer
      量子生命科学会第3回大会
  • [Presentation] 緑色硫黄細菌におけるRieske/cytb複合体の嫌気的精製とc型シトクロムとの相互作用解析2021

    • Author(s)
      岸本拓、長岡孝浩、浅井智広、武藤梨沙、田中秀明、宮ノ入洋平、栗栖源嗣、大岡宏造
    • Organizer
      第62回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] Studies on interaction between Rieske/cytb complex and c-type cytochromes in strictly anaerobic photosynthetic green sulfur bacteria2020

    • Author(s)
      H. Kishimoto, T. Nagaoka, C. Azai, R. Mutoh, H. Tanaka, Y. Miyanoiri,G. Kurisu and H. Oh-oka
    • Organizer
      第58回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Studies on excitation energy transfer and primary charge separation in the reaction center complex from Heliobacterium modesticaldum2020

    • Author(s)
      R. Kojima, H. Yamamoto, C. Azai, C. Uragami, H. Hashimoto,D. Kosumi, H. Oh-oka
    • Organizer
      第58回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 緑色硫黄細菌におけるRieske/cytb複合体の精製検討とcyt c-556との相互作用部位の同定2020

    • Author(s)
      岸本拓、長岡孝浩、浅井智広、武藤梨沙、田中秀明、宮ノ入洋平、栗栖源嗣、大岡宏造
    • Organizer
      第61回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] Heliobacterium modesticaldumの反応中心におけるエネルギーおよび電子移動機構の時間分解分光測定2020

    • Author(s)
      小島理沙、山元颯太、浅井智広、小澄大輔、大岡宏造
    • Organizer
      第61回日本植物生理学会年会
  • [Book] 光合成2021

    • Author(s)
      日本光合成学会
    • Total Pages
      224
    • Publisher
      朝倉書店
    • ISBN
      978-4-254-17176-1
  • [Remarks] 光合成反応の分子機構

    • URL

      https://www.bio.sci.osaka-u.ac.jp/~ohoka/

URL: 

Published: 2023-12-25  

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