2019 Fiscal Year Annual Research Report
Establishment of virome analysis system and molecular evolution analysis of newly identified viruses
Publicly Offered Research
| Project Area | Neo-virology: the raison d'etre of viruses |
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| Project/Area Number |
19H04843
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| Research Institution | Tokai University |
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Principal Investigator |
中川 草 東海大学, 医学部, 講師 (70510014)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | 新規ウイルス同定 / メタトランスクリプトーム解析 / モチーフ配列 / ウイルス進化 / バイローム解析 / メタゲノム解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
申請者はウイルスの多様性を明らかにするために、さまざまな生物・環境からシークエンスされたメタゲノム・トランスクリプトームデータから新規ウイルス配列とその塩基多型の同定し、分子進化解析を行っている。この目的のために、バイローム（大規模ウイルス配列）解析システムを構築し、東京大学医科学研究所のスーパーコンピュータSHIROKANEで運用した。特に、研究計画班の澤教授らのグループと共同し、ザンビア、ボリビア等でサンプリングした蚊由来のトランスクリプトームデータを中心に解析を行った。また、研究計画班の布浦グループと共同してFLDS法で取得した海洋や糞便サンプル由来のトランスクリプトームデータからアセンブルされたウイルス様配列について、実際にウイルスに類似するのかを確かめるためのウイルスモチーフデータベースの作成を行い、判定が難しかった配列について、ウイルス由来であることを強くサポートするようなデータを作成することに成功した。以上のように、今年度で新規ウイルス探索のための解析システムの大枠は完成し、実際に動作させることに成功した。更に、その探索範囲を広げるためのモチーフデータベースの構築も行った。本解析により、メタゲノム・メタトランスクリプトームデータから、様々なウイルス同定を同定できる基盤が整備できたと考えられる。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
今年度が本領域に参加して3年目ということもあり、連携が非常にスムーズに進み、初年度の開始早々から様々なデータにアクセスでき、解析パイプラインの構築もスムーズに進んだ。また、ウイルスの配列からモチーフ同定したものが、新規ウイルス探索にかなり役に立つ可能性が分かり、そちらも注力して行っている。一方で、パラメータ調整などに苦労し、解析できたデータ量はそこまでは多くなかった。
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| Strategy for Future Research Activity |
昨年度の結果を受けて、同定できたウイルスについてまとめて、どのような宿主から、どのような手法でライブラリを調整した場合にウイルスが効率的に見つかるのかを探索する。また、ウイルスモチーフデータベースについても共同研究者と検討を重ねて、更に幅広く、かつ偽陽性を減らす努力を行う。それぞれの研究における成果を論文にまとめて報告し、また、今後の新規ウイルス探索のためのデータとして活用しやすい形式でデータベース等の形での公開し、ウイルスの多様性の解明に貢献することを目標とする。
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[Journal Article] Molecular characterization of feline paramyxovirus in Japanese cat populations.2020
Author(s)
Sakaguchi, S., Nakagawa, S., Mitsuhashi, S., Ogawa, M., Sugiyama, K., Tamukai, K., Koide, R., Katayama, Y., Nakano, T., Makino, S., Imanishi, T., Miyazawa, T., Mizutani, T.
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Journal Title
Archives of Virology
Volume: 165
Pages: 413-418
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Identification of a distinct lineage of aviadenovirus from crane feces.2019
Author(s)
Mukai, Y., Tomita, Y., Kryukov, K., Nakagawa, S., Ozawa, M., Matsui, T., Tomonaga, K., Imanishi, T., Kawaoka, Y., Watanabe, T., Horie, M.
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Journal Title
Virus Genes
Volume: 55
Pages: 815-824
DOI
Peer Reviewed
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