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2020 Fiscal Year Annual Research Report

高出力絶対定量法の開発によるシグナル伝達経路定量マップの構築

Publicly Offered Research

Project AreaIntegrative understanding of biological signaling networks based on mathematical science
Project/Area Number 19H04969
Research InstitutionNiigata University

Principal Investigator

松本 雅記  新潟大学, 医歯学系, 教授 (60380531)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2021-03-31
Keywordsプロテオミクス / シグナル伝達
Outline of Annual Research Achievements

1)シグナル伝達経路の定量技術の確立: 本年度は、ゲノムワイドなタンパク質リソースに対して、DIA (データ非依存取得)と呼ばれる手法によって、データ再取得を実施した。これらのデータをDIA-NNによるライブラリーフリーサーチを行い、従来の方法以上に多数のペプチドの同定を行うことが可能であった。DIAでは、定量に資するペプチドか否かの精査が可能であるため、その結果を用いてiMPAQTデータベースを更新した。次に、前年度完成させたiMPAQTver.2を用いて、様々なシグナル伝達経路タンパク質に対する内部標準タンパク質を作製した。さらに、個々の内部標準タンパク質自体を定量するためのバーコードタグの拡張を行い、100種類以上のタグの選定と合成、さらにはこれらを集約させた内々標準タンパク質であるQuantimerを五種類作製した。併せて、データ解析ソフトウェアの最適化など、本研究をより効率よく行うための情報基盤の整備をすすめた。また、DIAで検出できなかったタンパク質をparallel reaction monitoringと呼ばれる手法で再解析できる解析ワークフローを確立し、網羅的に多数のタンパク質の絶対定量が実施可能な基盤を構築した。
2)がん細胞パネルでの定量プロテオーム解析: 150種類以上のがん細胞パネルを構築し、これらを対象としてシグナル伝達関連タンパク質の絶対定量やリン酸化プロテオミクスを実施し、細胞特異的なシグナル伝達経路の定量マップの作成に成功した。本研究は途中廃止となったが、詳細なデータ解析を残して、ほとんどを予定通り進めることができた。

Research Progress Status

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (5 results)

All 2021 2020

All Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 3 results)

  • [Journal Article] Senolysis by glutaminolysis inhibition ameliorates various age-associated disorders2021

    • Author(s)
      Johmura Yoshikazu、(他4名)、Matsumoto Masaki、(他16名)、Nakanishi Makoto
    • Journal Title

      Science

      Volume: 371 Pages: 265~270

    • DOI

      10.1126/science.abb5916

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Transomics analysis reveals allosteric and gene regulation axes for altered hepatic glucose-responsive metabolism in obesity2020

    • Author(s)
      Kokaji Toshiya、(他19名)、Matsumoto Masaki、Nakayama Keiichi I.、Hirayama Akiyoshi、Soga Tomoyoshi、Kuroda Shinya
    • Journal Title

      Science Signaling

      Volume: 13 Pages: eaaz1236

    • DOI

      doi: 10.1126/scisignal.aaz1236

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A phospho-switch controls RNF43-mediated degradation of Wnt receptors to suppress tumorigenesis2020

    • Author(s)
      Tsukiyama Tadasuke、Zou Juqi、Kim Jihoon、Ogamino Shohei、Shino Yuki、Masuda Takamasa、Merenda Alessandra、Matsumoto Masaki、Fujioka Yoichiro、Hirose Tomonori、Terai Sayuri、Takahashi Hidehisa、Ishitani Tohru、Nakayama Keiichi I.、Ohba Yusuke、Koo Bon-Kyoung、Hatakeyama Shigetsugu
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 11 Pages: 4586

    • DOI

      https://doi.org/10.1038/s41467-020-18257-3

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Chemical acetylation of mitochondrial transcription factor A occurs on specific lysine residues and affects its ability to change global DNA topology2020

    • Author(s)
      Fang Yuan、Akimoto Masaru、Mayanagi Kouta、Hatano Atsushi、Matsumoto Masaki、Matsuda Shigeru、Yasukawa Takehiro、Kang Dongchon
    • Journal Title

      Mitochondrion

      Volume: 53 Pages: 99~108

    • DOI

      doi: 10.1016/j.mito.2020.05.003

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cell cycle?dependent localization of the proteasome to chromatin2020

    • Author(s)
      Kito Yuki、Matsumoto Masaki、Hatano Atsushi、Takami Tomoyo、Oshikawa Kiyotaka、Matsumoto Akinobu、Nakayama Keiichi I.
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 10 Pages: 5801

    • DOI

      doi: 10.1038/s41598-020-62697-2

    • Peer Reviewed / Open Access

URL: 

Published: 2021-12-27  

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