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2020 Fiscal Year Annual Research Report

擬似的な一細胞ダイナミクスの再構成による時空間的な遺伝子発現制御機構の解明

Publicly Offered Research

Project AreaIntegrative understanding of biological signaling networks based on mathematical science
Project/Area Number 19H04970
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

前原 一満  九州大学, 生体防御医学研究所, 助教 (90726431)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2021-03-31
Keywords一細胞 / ダイナミクス / ホッジ分解 / 非線形次元削減
Outline of Annual Research Achievements

細胞分化における選択的な遺伝情報獲得のメカニズムに関与する膨大な数の転写・転写制御因子、そして、それらが結合するゲノム上の制御配列の組み合わせが同定されてきた。これら多種多様な分子の組み合わせは、大自由度の系でありながらも、そのダイナミクスは必要な応答の種類に限られる少数のモードによって表現可能であると考えられる。そこで、本研究ではまず、一細胞トランスクリプトーム解析により得られたデータから時間情報を推定し、並び替えた一細胞プロファイルを用い、系の時間発展を表す作用素の推定を試みる。推定した作用素から主要なモードを抽出することで、分化や組織損傷等の環境変化に対するエピゲノム・トランスクリプトームの応答の低コストなシミュレーションを可能にする技術基盤の開発を目指す。本年度は、組織損傷等の環境変化に対するエピゲノム・トランスクリプトームを解析するため、組織のエピゲノムデータから転写ダイナミクス抽出する方法を開発した。遺伝子座上のRNA PolymeraseIIの分布形状から、転写活性状態を推定する統計モデルを構築することで、骨格筋組織の再生に伴って急激に変化する細胞型の組成や遺伝子の転写活性状態の変化をうまく捉えられることがわかった(論文投稿中)。ダイナミクスの疎なモデル化の試みについては、時間発展作用素を取り込んだスパース回帰モデルにより、ダイナミクスを表現する疎な有向グラフを構成する情報解析手法を開発した(論文投稿予定)。さらに、一細胞エピゲノム計測法について、複数のタンパク質を同時解析するmulti-ChIL法を開発し、論文成果を得た。共同研究では、3報の論文成果を得た。

Research Progress Status

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (8 results)

All 2021 2020

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 4 results) Presentation (1 results) (of which Invited: 1 results) Book (3 results)

  • [Journal Article] Genome-wide analysis of chromatin structure changes upon MyoD binding in proliferative myoblasts during the cell cycle2021

    • Author(s)
      Wu Qianmei、Fujii Takeru、Harada Akihito、Tomimatsu Kosuke、Miyawaki-Kuwakado Atsuko、Fujita Masatoshi、Maehara Kazumitsu、Ohkawa Yasuyuki
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: - Pages: mvab001

    • DOI

      10.1093/jb/mvab001

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] H4K20me1 and H3K27me3 are concurrently loaded onto the inactive X chromosome but dispensable for inducing gene silencing2021

    • Author(s)
      Tjalsma Sjoerd J D、Hori Mayako、Sato Yuko、Bousard Aurelie、Ohi Akito、Raposo Ana Cl?udia、Roensch Julia、Le Saux Agnes、Nogami Jumpei、Maehara Kazumitsu、Kujirai Tomoya、Handa Tetsuya、Bag?s‐Arnal Sandra、Ohkawa Yasuyuki、Kurumizaka Hitoshi、da Rocha Sim?o Teixeira、?ylicz Jan J、Kimura Hiroshi、Heard Edith
    • Journal Title

      EMBO reports

      Volume: 22 Pages: e51989

    • DOI

      10.15252/embr.202051989

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Chromatin structure-dependent histone incorporation revealed by a genome-wide deposition assay2021

    • Author(s)
      Hiroaki Tachiwana, Mariko Dacher, Kazumitsu Maehara, Akihito Harada, Yosuke Seto, Ryohei Katayama, Yasuyuki Ohkawa, Hiroshi Kimura, Hitoshi Kurumizaka, Noriko Saitoh
    • Journal Title

      eLife

      Volume: 10 Pages: e66290

    • DOI

      10.7554/eLife.66290

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Chromatin integration labeling for mapping DNA-binding proteins and modifications with low input2020

    • Author(s)
      Handa Tetsuya、Harada Akihito、Maehara Kazumitsu、Sato Shoko、Nakao Masaru、Goto Naoki、Kurumizaka Hitoshi、Ohkawa Yasuyuki、Kimura Hiroshi
    • Journal Title

      Nature Protocols

      Volume: 15 Pages: 3334~3360

    • DOI

      10.1038/s41596-020-0375-8

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 生命現象を理解するためのオミクスデータ解析技法2020

    • Author(s)
      前原一満
    • Organizer
      バイオ統計セミナー
    • Invited
  • [Book] 1細胞エピゲノム解析技術開発の最前線2021

    • Author(s)
      大川 恭行,原田 哲仁,前原 一満
    • Total Pages
      6
    • Publisher
      医歯薬出版株式会社 週刊医学のあゆみ
  • [Book] 実験医学増刊 Vol.38 No.20 機械学習を生命科学に使う!「scRNA-seqを用いた細胞系譜の軌跡推定-データの背後の流れを読み取る技術-」2020

    • Author(s)
      前原一満, 大川恭行
    • Total Pages
      8
    • Publisher
      羊土社
    • ISBN
      978-4-7581-0391-6
  • [Book] 実験医学別冊 エピゲノムをもっと見るためのクロマチン解析実践プロトコール「少数細胞クロマチン解析法の性能を比較する」2020

    • Author(s)
      前原一満
    • Total Pages
      4
    • Publisher
      羊土社
    • ISBN
      978-4-7581-2248-1

URL: 

Published: 2021-12-27  

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