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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Application of tensor decomposition based unsupervised feature extraction to histone modification analysis

Publicly Offered Research

Project AreaChromatin potential for gene regulation
Project/Area Number 19H05270
Research InstitutionChuo University

Principal Investigator

田口 善弘  中央大学, 理工学部, 教授 (30206932)

Project Period (FY) 2019-06-28 – 2021-03-31
Keywordsテンソル分解 / 教師無し学習 / インシリコ創薬
Outline of Annual Research Achievements

2019年度はテンソル分解と主成分分析を用いた教師無し学習についての著書を英文単著でシュプリンガー社から出版することができた。またテンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択法をシングルセル解析に適用し、ヒトとマウスの中脳の発生過程の統合解析を行った。また同様にシングルセル解析にテンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択法を適用することでアルツハイマー病のインシリコ創薬を行った。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

ンソル分解と主成分分析を用いた教師無し学習についての著書を英文単著でシュプリンガー社から出版することができた。

Strategy for Future Research Activity

マルチオミックスデータに提案手法を適用することを考える。

  • Research Products

    (24 results)

All 2020 2019

All Journal Article (18 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 6 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 3 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] Identifying suitable tools for variant detection and differential gene expression using RNA-seq data2020

    • Author(s)
      Dharshini S. Akila Parvathy、Taguchi Y.-H.、Gromiha M. Michael
    • Journal Title

      Genomics

      Volume: 112 Pages: 2166~2172

    • DOI

      10.1016/j.ygeno.2019.12.011

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Neurological Disorder Drug Discovery from Gene Expression with Tensor Decomposition2020

    • Author(s)
      Taguchi Y-h.、Turki Turki
    • Journal Title

      Current Pharmaceutical Design

      Volume: 25 Pages: 4589~4599

    • DOI

      10.2174/1381612825666191210160906

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Development of a novel anti-hepatitis B virus agent via Sp12020

    • Author(s)
      Hayakawa Michiyo、Umeyama Hideaki、Iwadate Mitsuo、Taguchi Y.-H.、Yano Yoshihiko、Honda Takashi、Itami-Matsumoto Saori、Kozuka Ritsuzo、Enomoto Masaru、Tamori Akihiro、Kawada Norifumi、Murakami Yoshiki
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 10 Pages: 47

    • DOI

      10.1038/s41598-019-56842-9

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] SCGRNs: Novel supervised inference of single-cell gene regulatory networks of complex diseases2020

    • Author(s)
      Turki Turki、Taguchi Y-h.
    • Journal Title

      Computers in Biology and Medicine

      Volume: 118 Pages: 103656~103656

    • DOI

      10.1016/j.compbiomed.2020.103656

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] テンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択法の一細胞RNA-seq解析への応用2020

    • Author(s)
      田口 善弘
    • Journal Title

      信学技報

      Volume: 119(360) Pages: 55-59

  • [Journal Article] 機械学習による遺伝子情報の解析技術と 医薬品開発への応用2020

    • Author(s)
      田口 善弘
    • Journal Title

      ファームステージ

      Volume: 19(11) Pages: 15-20

  • [Journal Article] Sp1を標的としたHBVウィルスの新規阻害剤の探索2020

    • Author(s)
      早川 路代 , 梅山 秀明 , 岩舘 満雄 , 田口 善弘 , 村上 善基
    • Journal Title

      情報処理学会研究報告

      Volume: 2020-BIO-61(1) Pages: 1-7

  • [Journal Article] Tensor Decomposition-Based Unsupervised Feature Extraction Applied to Single-Cell Gene Expression Analysis2019

    • Author(s)
      Taguchi Y-h.、Turki Turki
    • Journal Title

      Frontiers in Genetics

      Volume: 10 Pages: 864

    • DOI

      10.3389/fgene.2019.00864

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Discovery of a Robust Gene Regulatory Network with a Complex Transcription Factor Network on Organ Cancer Cell-line RNA Sequence Data2019

    • Author(s)
      Kalbuaji Bharata、Taguchi Y-H.、Konagaya Akihiko
    • Journal Title

      Chem-Bio Informatics Journal

      Volume: 19 Pages: 32~55

    • DOI

      10.1273/cbij.19.32

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Investigating the energy crisis in Alzheimer disease using transcriptome study2019

    • Author(s)
      Dharshini S. Akila Parvathy、Taguchi Y.-h.、Gromiha M. Michael
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 9 Pages: 18509

    • DOI

      10.1038/s41598-019-54782-y

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] テンソル分解と主成分分解を用いた教師なし学習による社会性昆虫のカーストの脳の遺伝子発現プロファイルとDNAメチル化の解析2019

    • Author(s)
      田口善弘
    • Journal Title

      情報処理学会研究報告

      Volume: 2019-BIO-58(61) Pages: 1-6

  • [Journal Article] 生物学と物理学2019

    • Author(s)
      田口善弘
    • Journal Title

      窮理

      Volume: 12 Pages: 1-9

  • [Journal Article] 『予備校のノリで学ぶ大学数学』2019

    • Author(s)
      田口 善弘
    • Journal Title

      大学の物理教育

      Volume: 25 Pages: 103~104

    • DOI

      10.11316/peu.25.2_103

  • [Journal Article] 機械学習のコモディティ化2019

    • Author(s)
      田口 善弘
    • Journal Title

      日本物理学会誌

      Volume: 74 Pages: 659~660

    • DOI

      10.11316/butsuri.74.9_659

    • Open Access
  • [Journal Article] テンソル分解に基づく教師なし学習による変数選択はMicroRNAトランスフェクションにより仲介されるmRNAの配列非特異的オフターゲット調節の普遍的性質を同定することができる2019

    • Author(s)
      田口 善弘
    • Journal Title

      情報処理学会研究会報告

      Volume: 2019-BIO-59(3) Pages: 1-7

  • [Journal Article] 『インストールいらずのLATEX入門』2019

    • Author(s)
      田口 善弘
    • Journal Title

      大学の物理教育

      Volume: 25 Pages: 147~148

    • DOI

      10.11316/peu.25.3_147

  • [Journal Article] テンソル分解を用いた教師なし学習による変数選択法のTCGAデータベースにおける卵巣がんデータのmicroRNA発現プロファイルとメチル化プロファイルへの適用2019

    • Author(s)
      田口 善弘 , 呉 家樂
    • Journal Title

      情報処理学会研究報告

      Volume: 2019-BIO-60(2) Pages: 1-7

  • [Journal Article] バイオインフォマティクスと倫理・社会2019

    • Author(s)
      田口 善弘
    • Journal Title

      信学技報

      Volume: 119(329) Pages: 47-50

  • [Presentation] Application of tensor decomposition based unsupervised feature extraction to multi- omics data set2019

    • Author(s)
      Y-h. Taguchi
    • Organizer
      BioInfOMICS2019
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Tensor decomposition based unsupervised feature extraction applied to bioinformatics2019

    • Author(s)
      Y-h. Taguchi
    • Organizer
      PreMed'19
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] テンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択のマルチオミックスデータ解析への応用2019

    • Author(s)
      田口善弘
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会 2019年12月3日 日本分子生物学会
  • [Presentation] Tensor decomposition based unsupervised feature extraction applied to drug discovery from gene expression analysis2019

    • Author(s)
      Y-h. Taguchi
    • Organizer
      The 5th IITM - Tokyo Tech Joint Symposium titled "Current trends in Bioinformatics: Big data analysis, machine learning and drug design"
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Book] Regulatory microRNA2020

    • Author(s)
      田口 善弘 , 王 秀瑛
    • Total Pages
      348
    • Publisher
      MDPI
    • ISBN
      9783038977681
  • [Book] Unsupervised Feature Extraction Applied to Bioinformatics A PCA Based and TD Based Approach2019

    • Author(s)
      Y-h. Taguchi
    • Total Pages
      321
    • Publisher
      Springer International
    • ISBN
      9783030224554

URL: 

Published: 2022-12-28  

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