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2020 Fiscal Year Annual Research Report

Screening for small molecule competitors of the phosphorylated substrates of beta-TrCP and their application for the induction of targeted protein degradation

Publicly Offered Research

Project AreaNew frontier for ubiquitin biology driven by chemo-technologies
Project/Area Number 19H05302
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

渡邉 信元  国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, ユニットリーダー (90221689)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2021-03-31
Keywordsユビキチン化 / 小分子探索 / タンパク質分解 / タンパク質間相互作用 / タンパク質リン酸化 / PROTAC / Fボックスタンパク質 / 蛍光タンパク質
Outline of Annual Research Achievements

昨年度までの研究で、これまでに代表者が確立してきた、他のタンパク質にリン酸化に依存して結合するタンパク質のリン酸化ペプチドへの結合をハイスループットに測定する探索系の技術を応用して、β-TrCPのリン酸化基質への結合に拮抗する小分子探索系を構築した。具体的には、蛍光タンパク質(monomeric Azami Green; mAG)と融合したβ-TrCP1あるいはβ-TrCP2をバキュロウイルスに導入して昆虫細胞に感染することでこれらの融合タンパク質を大量発現する系を構築した。さらにβ-TrCPの標的リン酸化ペプチドを96穴プレートに共有結合し、上述の感染細胞の細胞抽出液を入れたのちに洗浄し、結合を蛍光プレートリーダーで測定することで、融合タンパク質の結合をハイスループットに測定できることを示した。これらの結果からβ-TrCPの標的への結合阻害物質を直接ハイスループットに探索できる系を計画通り構築できたと結論した。β-TrCPの標的への結合を直接検出する阻害物質探索系はこれが初めての例であり、阻害物質の探索に極めて有効であると考えている。
本年度は、次にこの系の有効性の検証をさらに進めた。β-TrCPの阻害物質は文献上知られているものはほとんど無いが、その一つであるGS143について阻害能の確認を行い、それほど強くはないが(IC50=数十μM)、濃度依存の阻害が確認された。このシステムをもちいて、理研天然物ライブラリー(RIKEN NPDepo Library)の化合物について阻害物質の探索を行った。約500の物質を探索し、結合を有意に阻害出来る物質を12化合物得ることができた。これらについてその類縁体の解析、Gleevecの融合化合物がBcr-Ablタンパク質のProtacとして機能できる可能性へと研究を進める事への基盤作りに成功した。

Research Progress Status

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (9 results)

All 2021 2020 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Peer Reviewed: 5 results)

  • [Int'l Joint Research] Max Planck Institute(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      Max Planck Institute
  • [Int'l Joint Research] North East Normal University/Guangzhou Medical University(中国)

    • Country Name
      CHINA
    • Counterpart Institution
      North East Normal University/Guangzhou Medical University
  • [Int'l Joint Research] Universiti Sains Malaysia(マレーシア)

    • Country Name
      MALAYSIA
    • Counterpart Institution
      Universiti Sains Malaysia
  • [Journal Article] Discovery of a σ1 receptor antagonist by combination of unbiased cell painting and thermal proteome profiling2021

    • Author(s)
      Wilke Julian、Kawamura Tatsuro、Xu Hao、Brause Alexandra、Friese Alexandra、Metz Malte、Schepmann Dirk、Wunsch Bernhard、Artacho-Cordon Antonia、Nieto Francisco R.、Watanabe Nobumoto、Osada Hiroyuki、Ziegler Slava、Waldmann Herbert
    • Journal Title

      Cell Chemical Biology

      Volume: 28 Pages: 1-7

    • DOI

      10.1016/j.chembiol.2021.01.009

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] A traditional Chinese Medicine, YXQN, Reduces Amyloid-induced Cytotoxicity by Inhibiting Aβ42 Aggregation and Fibril Formation2020

    • Author(s)
      Wang Lichun、Liu Sitong、Xu Jiaqi、Watanabe Nobumoto、Di Jun、Wei Wei、Mayo Kevin H.、Li Jiang、Li Xiaomeng
    • Journal Title

      Current Pharmaceutical Design

      Volume: 26 Pages: 780~789

    • DOI

      10.2174/1381612826666200207120602

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Injectable hydrogel-loaded nano-hydroxyapatite that improves bone regeneration and alveolar ridge promotion2020

    • Author(s)
      Pan Yongsheng、Zhao Yue、Kuang Rong、Liu Hou、Sun Duo、Mao Tianjiao、Jiang Kexin、Yang Xinting、Watanabe Nobumoto、Mayo Kevin H.、Lin Quan、Li Jiang
    • Journal Title

      Materials Science and Engineering: C

      Volume: 116 Pages: 111158~111158

    • DOI

      10.1016/J.MSEC.2020.111158

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Emodin inhibits aggregation of amyloid‐β peptide 1-42 and improves cognitive deficits in Alzheimer's disease transgenic mice2020

    • Author(s)
      Wang Lichun、Liu Sitong、Xu Jiaqi、Watanabe Nobumoto、Mayo Kevin H.、Li Jiang、Li Xiaomeng
    • Journal Title

      Journal of Neurochemistry

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1111/jnc.15156

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Discovery of small-molecule modulator of heterotrimeric Gi-protein by integrated phenotypic profiling and chemical proteomics2020

    • Author(s)
      Kawamura Tatsuro、Futamura Yushi、Shang Erchang、Muroi Makoto、Janning Petra、Ueno Masayoshi、Wilke Julian、Takeda Shigeki、Kondoh Yasumitsu、Ziegler Slava、Watanabe Nobumoto、Waldmann Herbert、Osada Hiroyuki
    • Journal Title

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      Volume: 84 Pages: 2484~2490

    • DOI

      10.1080/09168451.2020.1812375

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] CHAPTER 5. Small Molecule Inhibitors of E3 Ubiquitin Ligases2020

    • Author(s)
      Watanabe Nobumoto、Osada Hiroyuki
    • Journal Title

      Protein-Protein Interaction Regulators

      Volume: 78 Pages: 109~123

    • DOI

      10.1039/9781788016544-00109

URL: 

Published: 2021-12-27  

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