2020 Fiscal Year Annual Research Report
Genome analysis of an ancient human remain from the Penghu Channel
Publicly Offered Research
| Project Area | Deciphering Origin and Establishment of Japonesians mainly based on genome sequence data |
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| Project/Area Number |
19H05350
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
太田 博樹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40401228)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | 古代ゲノム / プロテオーム解析 / 古人骨DNA / NGS / PCRアンプリコン / シークエンス / 摂食物同定 / 海底堆積物 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
日本列島のヒト集団の成立を理解するのに東ユーラシアの古人骨ゲノム情報は不足している。より多くの古代ゲノム情報を得る目的で、日本列島およびその周辺から発掘された試料を対象とした古代プロテオーム解析、古人骨ゲノム解析、糞石ゲノム解析を進めた。
（1）古代プロテオーム解析：台湾・澎湖水道の海底堆積物から採掘された古人骨からDNA抽出を試みたが、分析対象とした骨片にはほとんどDNAは残存していなかった。そこで、古代プロテオームによる解析に変更することとした。現在、同じ海底堆積物から採掘された動物骨をもちいた古代プロテオーム解析を進め、古人骨でのプロテオーム解析の可能性を探っている。
（2）古人骨ゲノム解析：日本列島から出土した人骨を中心とし、ゲノム解析を進めている。汎用型の次世代シークエンサー（next generation sequencer：NGS）であるMiSeqによるショットガン・シークエンス（第1スクリーニング）で、マップ率の上位3個体を主たるターゲットとし、30xカヴァレジ全ゲノム配列を達成することを目標としている。並行してmtDNAの全シークエンス決定し、集団ゲノム解析を進めている。
（3）糞石ゲノム解析：糞石（糞便の化石）から抽出したDNAをライブラリー化し、NGS解析を行うことで、過去の人々の摂食物を同定する解析を進めている。既に2つの遺跡、11検体についてDNA抽出をおこない、うち9検体について十分量のDNAを得た。これらについて、植物性摂食物の同定を目的としたPCRアンプリコン・シークエンスを行い、6科、1属、4種の食物となりうる植物を同定することに成功した。
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| Research Progress Status |
令和2年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和2年度が最終年度であるため、記入しない。
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Research Products
(7 results)
