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2019 Fiscal Year Annual Research Report

ロドプシンを起動分子とした「化学・力学・光」エネルギー発動機構の理解と利用

Publicly Offered Research

Project AreaMolecular Engine: Design of Autonomous Functions through Energy Conversion
Project/Area Number 19H05396
Research InstitutionOkayama University

Principal Investigator

須藤 雄気  岡山大学, 医歯薬学総合研究科, 教授 (10452202)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2021-03-31
Keywordsロドプシン / エネルギー変換 / 生物物理 / オプトジェネティクス / 受容体
Outline of Annual Research Achievements

ロドプシンは光エネルギーを吸収し、レチナールの異性化を介して化学エネルギーへと変換する。化学エネルギーは、タンパク質の構造変化として力学エネルギーに変換され、分子機能が発現する。また、ロドプシンは、蛍光を発する特性を有し、光エネルギーにも変換可能である。このように、本領域における『発動分子』の定義(外部エネルギーを別エネルギーに変えるもの)から、ロドプシンはまさに“発動分子”そのものと言える。このような背景のもと、本研究では、ロドプシンによる『光-->化学・力学・光』エネルギーへの変換機構の理解と光遺伝学的利用を行うことで、ロドプシン型『発動分子』の基礎学理構築を行うことを目的とした。

本年度は、以下に示す多様なロドプシンのマルチ『光-->化学・力学・光』発動機構(エネルギー変換)の理解を進めた。 さらに、これらを基盤に、分子機能(速度,収率,構造変化,生理応答,発光)の合理的改変の試みと光遺伝学への展開を行った。
1)『光-->化学』:多様なロドプシンに対し、“時間”分解測定(過渡吸収,ラマン・赤外)及び“空間”分解測定(ラマン・赤外,X線結晶構造,NMR)を行い異性化速度,量子収率,異性化に伴うレチナール及びタンパク質の構造変化を調べた。得られた定量的な数値とその比較から、『光-->化学』エネルギー変換の分子機構の理解を進めた。
(2)『光-->(化学)-->力学』:レチナールの異性化を引き金するロドプシンの構造変化,他分子との相互作用とその変化を、“時間”分解及び“空間”分解測定により明らかにした。加えて、生化学的・細胞生物学的解析を行い、構造と機能に関わる『化学-->力学』エネルギー変換機構を明らかにした。
(3)『光-->光』:定常蛍光分光法と各種時間分解分光法を組み合わせ、多様なロドプシンの蛍光特性の定量的比較解析と発光機構の解明を行った。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

研究開始から、1年程度であるが、既に、多様なロドプシンの『光-->化学・力学・光』エネルギーへの変換機構の理解と光遺伝学的利用でインパクトのある成果をあげており、PANS誌1報,eLife誌1報,Editor's choice(J. Phys. Chem. B)1報を含む9報の原著論文を発表している。未発表のデータの取得も順調に進んでおり、15報程度を準備中である。これまで成果は領域内共同研究を含むものであり、さらに5件程度の共同研究が進展中である。このように本研究は、当初の計画以上に順調に進んでいるものと判断している。

Strategy for Future Research Activity

本研究は、計画以上に進展しており、今後とも引き続き本研究の柱である『光-->化学・力学・光』エネルギーへの変換機構の理解と光遺伝学的利用についての包括的な研究を進める。投稿中・準備中の成果についても、順次成果として発表できるように注力する。

  • Research Products

    (17 results)

All 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 9 results,  Open Access: 2 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 5 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] モンテレーベイ水族館(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      モンテレーベイ水族館
  • [Int'l Joint Research] ワイズマン研究所(イスラエル)

    • Country Name
      ISRAEL
    • Counterpart Institution
      ワイズマン研究所
  • [Journal Article] Vectorial Proton Transport Mechanism of RxR, a Phylogenetically Distinct and Thermally Stable Microbial Rhodopsin2020

    • Author(s)
      Kojima Keiichi、Ueta Tetsuya、Noji Tomoyasu、Saito Keisuke、Kanehara Kanae、Yoshizawa Susumu、Ishikita Hiroshi、Sudo Yuki
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 10 Pages: 282

    • DOI

      10.1038/s41598-019-57122-2

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] How Does a Microbial Rhodopsin RxR Realize Its Exceptionally High Thermostability with the Proton-Pumping Function Being Retained?2020

    • Author(s)
      Hayashi Tomohiko、Yasuda Satoshi、Suzuki Kano、Akiyama Tomoki、Kanehara Kanae、Kojima Keiichi、Tanabe Mikio、Kato Ryuichi、Senda Toshiya、Sudo Yuki、Murata Takeshi、Kinoshita Masahiro
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 124 Pages: 990~1000

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.9b10700

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Methodology for Further Thermostabilization of an Intrinsically Thermostable Membrane Protein Using Amino Acid Mutations with Its Original Function Being Retained2020

    • Author(s)
      Yasuda Satoshi、Akiyama Tomoki、Nemoto Sayaka、Hayashi Tomohiko、Ueta Tetsuya、Kojima Keiichi、Tsukamoto Takashi、Nagatoishi Satoru、Tsumoto Kouhei、Sudo Yuki、Kinoshita Masahiro、Murata Takeshi
    • Journal Title

      Journal of Chemical Information and Modeling

      Volume: 60 Pages: 1709~1716

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.0c00063

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The Unlimited Potential of Microbial Rhodopsins as Optical Tools2019

    • Author(s)
      Kojima Keiichi、Shibukawa Atsushi、Sudo Yuki
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 59 Pages: 218~229

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.9b00768

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Photochemical Characterization of a New Heliorhodopsin from the Gram-Negative Eubacterium Bellilinea caldifistulae (BcHeR) and Comparison with Heliorhodopsin-48C122019

    • Author(s)
      Shibukawa Atsushi、Kojima Keiichi、Nakajima Yu、Nishimura Yosuke、Yoshizawa Susumu、Sudo Yuki
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 58 Pages: 2934~2943

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.9b00257

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Quantitation of the neural silencing activity of anion channelrhodopsins in Caenorhabditis elegans and their applicability for long-term illumination2019

    • Author(s)
      Yamanashi Taro、Maki Misayo、Kojima Keiichi、Shibukawa Atsushi、Tsukamoto Takashi、Chowdhury Srikanta、Yamanaka Akihiro、Takagi Shin、Sudo Yuki
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 9 Pages: 7863

    • DOI

      10.1038/s41598-019-44308-x

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A distinct lineage of giant viruses brings a rhodopsin photosystem to unicellular marine predators2019

    • Author(s)
      Needham David M.、et al.,
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 116 Pages: 20574~20583

    • DOI

      10.1073/pnas.1907517116

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] GABA neurons in the ventral tegmental area regulate non-rapid eye movement sleep in mice2019

    • Author(s)
      Chowdhury Srikanta、Matsubara Takanori、Miyazaki Toh、Ono Daisuke、Fukatsu Noriaki、Abe Manabu、Sakimura Kenji、Sudo Yuki、Yamanaka Akihiro
    • Journal Title

      eLife

      Volume: 8 Pages: e44928

    • DOI

      10.7554/eLife.44928

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Application of High-Sensitivity UV photoemission Spectroscopy to Examine the Electronic Structure of Thermophilic Rhodopsin2019

    • Author(s)
      Sano Daisuke、Ide Ichiro、Akiyama Tomoki、Tanaka Yuya、Sudo Yuki、Murata Takeshi、Ishii Hisao
    • Journal Title

      Molecular Crystals and Liquid Crystals

      Volume: 687 Pages: 34~39

    • DOI

      10.1080/15421406.2019.1648052

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ロドプシンの生物物理化学研究: 光 が くすりになる!?2019

    • Author(s)
      須藤雄気
    • Organizer
      第141回(2019年)・日本薬学会中国四国支部例会
    • Invited
  • [Presentation] 『光 が くすりになる!?』2019

    • Author(s)
      須藤雄気
    • Organizer
      岡山大学病院・市民フォーラム2019
    • Invited
  • [Presentation] A bottom-up approach to Utilizing Microbial Rhodopsins for Optogenetics2019

    • Author(s)
      Yuki Sudo
    • Organizer
      2019 ESP-IUPB World Congress
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 微生物型 ロドプシンによる ボトムアップ型 光操作ツール開発2019

    • Author(s)
      須藤雄気
    • Organizer
      ISSPワークショップ 「レチナールタンパク質の光機能発現の物理と化学」
    • Invited
  • [Presentation] Promoting Optogenetics by Microbial Rhodopsins2019

    • Author(s)
      須藤雄気
    • Organizer
      第11回・光操作研究会
    • Invited
  • [Remarks] 研究室ホームページ

    • URL

      http://www.pharm.okayama-u.ac.jp/lab/bukka/

URL: 

Published: 2021-01-27  

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